一、精英教育核心問題
( 一) 人才培養的取向
精英相對於大眾而存在，可以是個人，也可以是階層，即精英教育下人才培養的取向，要麼是具有某種先天稟賦或良好潛質的人，要麼是佔有社會大量資源的權貴人物子弟。隨著教育公平理念的影響，以出身定教育、教育尤其是高等教育是少數權貴人物的特權的階層式社會取向早已失去了主導權。以學生的資質與潛能為取向開始成為社會主流，這也是人類社會進步的重要標誌。
問題在於以個人為取向的精英教育是否足以迴應“錢學森之問”。精英教育的發展要理清取向和認清走向。由於各地教育、經濟發展水平的差異性，不可能用一個標準或尺度來衡量，即使是在一個教育系統或機構內部，精英教育在規模上也是動態數值。精英教育要避免大眾教育式的“圈養”所帶來的思維固化、不思進取。
( 二) 教育資源不均衡分配與公平
教育公平理念近年來備受關注，教育領域公平得到重視。公平理念決定了對教育資源的分配不可採取“拆東牆補西牆”的政策，既不科學也沒必要。社會應保證教育機會均等，大學的大門應向世俗而不是特權階層敞開。但由於教育資源稀缺性這一現狀，不可能人人都能均等地享有等量資源，所以平均主義同樣不值得提倡。
誰具備享有優質資源的特權及享有者選擇的評判標準是什麼，是解決教育資源分配與精英教育的重要問題。盧梭指出: “法律可以規定某些特權，但它絕不明確規定把這些特權給予哪一個人; 法律可以把公民分成幾個等級，甚至規定取得各個等級的權利的資格，但它絕不指明某個人可列入某個等級。”
( 三) 大眾教育與精英教育的博弈
大眾教育與精英教育是高等教育中的兩種不同型別教育。由於高校的擴招以及社會對技術人才的需求，精英教育的地位以及影響力逐漸讓位於大眾教育。但精英教育偏向於“識別”，強調教育對個人才能的發展，並通過此類人才發揮對社會的引領作用; 大眾教育偏向於“普遍”，強調教育對整個社會的效用。正確處理大眾教育與精英教育之間的關係是高等教育自身發展的內在需求。
二、精英教育模式與理念的轉型
( 一) 量化到質化
高等教育大眾化前，我國處於精英教育階段，高等教育是少數人的教育，大部分人被排除在外。這種傳統意義上的精英教育只是高等教育發展過程的一個階段劃分，其邏輯起點是一個量的概念。高等教育大眾化背景下，精英教育不應再是一個具有“量”的特徵的高等教育。布魯巴克指出“高等教育研究高深學問，關注的是深奧的.學問”。高等教育發展的新階段要求的精英教育應是一種“質”的教育，即教育主體是優質學生，教育客體是高深學問。
( 二) 進階式到分流式
在已往的高等教育體系中，精英教育的發展是以推行大眾高等教育為前提，即先實施大眾高等教育，再在此基礎上建立精英教育，精英教育的發展是進階式的。精英教育與大眾教育不是互相排斥，也並不具有先後順序，而是相容的，在整個高等教育系統內部，二者可實現分流發展;在某個教育機構內部，大眾教育和精英教育也可並存。
( 三) 補償式到發展式
傳統的教育觀念中，更加重視“短板彌補式教育”，過度追加學生缺點的彌補，從而導致優勢的泯滅。補償式的教育在另一種層面上也是一種標準化教育，過分注重整齊劃一，扼殺多元智慧人才的發展。對於社會提倡“傑克遜主義”應給予積極肯定，要提高學生的總體平均水平，但同時不能忽視“傑克遜主義”，要為少數具有特殊能力與稟賦的學生提供舞臺，在彌補“短板”的基礎上更加註重“長板”的發展。
( 四) 單一研究型大學到各型別院校
巨集觀而言，由於各行各業、各個學術領域，都不乏精英人物，因此，不可能完全由研究型大學來擔任各式精英培養任務。微觀而言，精英教育內部有層次、區域之分，因此，不同層次、區域的高校都有精英人才培養的任務。無論是專業教育還是通識教育，研究型教育還是應用型教育，精英教育都不會成為某項教育的專利，而應突破單一性，走向多元化。
隨著高等教育大眾化乃至普及化，精英的培養模式與理念還會不斷變化。但無論如何，精英教育的發展這點趨勢不會改變，即，本科教育的精英性將不斷淡化，精英教育日益國際化，現代化和開放性更加顯著，出現跨國界、多文化的新特徵。