l、審計線索的缺乏性
在電算化會計資訊系統中，原先審計所必須審查的大量書面資料都儲存在磁性介質中，資料處理的全過程在計算機內執行，所需的審計線索除少數部分打印出來以外，盡大部分是審計職員不能直接看見的。固然，治理部分從治理的角度出發，仍然儲存一部分肉眼可見的審計線索，但這些有限的審計線索，無論在形式上還是在上都與手工系統情況下有很大不同。另外，電算化會計資訊系統中的審計線索極易被銷燬或修改，但又無明顯痕跡，使審計發現錯誤的機會減少，難度增大。
2、審計內容、範圍的廣泛性
在對電算化會計資訊系統的審計中，除了手工審計的內容外，還必須兼顧系統的開發和執行兩個方面，包括系統開發各階段的審查、系統應用程式的審查，如審查系統應用程式的處理功能是否符合會計制度和財經法紀的規定、能否正確完成各項業務的處理、程式控制是否恰當有效等。另外，除對電算化會計資訊系統
進行事後審計、監視其正當性和正確性外，還提倡在系統的設計開發階段，審計職員要對系統的開發進行事前和事中審計。審計內容、範圍的廣泛性要求審計職員具備相應的知識和技能，而現有很多審計職員並不具備，計算機審計風險也不可避免。
3、內部控制的巨大侷限性
審計的一大特徵就是以測試被審單位的內容控制為基礎的抽樣審計，內部控制制度的恰當與否直接會計資訊的真實性和正確性。在手工會計系統中，內部控制主要從兩個方面實施：一是從組織形式上按財務部分業務的性質分為幾個不同的職能組，並且各職能組的職員只負責某一特定的業務領域，也就是對工作職員進行適當的職責分離，各職能組之間互相牽制，不易出現錯誤和舞弊；二是在會算帳務處理組織程式上，除了要保證憑證、帳簿、報表按一定程式分由不同職員記錄、編制外，還要做到帳帳核對，帳證核對、帳實核對、帳表核對，並保證其一致性。從而在很大程度上保證經濟業務處理的公道性、正當性。但在電算化會計資訊系統中，由於處理工具、資訊載體、會計組織都發生了根本的變化，手工會計系統中原有的很多控制措施都已失往意義。電算化會計和手工會計相比，內部控制環境更復雜，甚至有些環境因素超過制度的有效控制能力；建立嚴格的內部控制的本錢要高得多；對內部控制的評價更為困難。內部控制的更大侷限性使計算機舞弊有機可乘，增加了計算機審計風險。
4、軟體的大理想性
我國會計軟體從無到有、從單一業務處理到整合業務處理、從會計核算走向會計治理，確實取得了巨大成就但也有不足，特別是針對審計，表現在下面二個方面：一是很多會計軟體不具備雙向查詢功能。在對電算化會計資訊系統的審計中，會計軟體應答應審計職員按照憑證一明細帳（日記帳）一總帳一報表的順序進行雙向查詢，同時還應答應分別對日記帳、明細帳、總帳的期初餘額、本期發生額和期末餘額進行雙向查詢。但是我國盡大多數的會計軟體的查詢設計都是單向的，可以實現如由總帳查詢明細帳，由明細帳查詢憑證等過程，但當需要反問查詢時往往很困難。二是會計軟體不預留審計測試通道。在審計過程中，審計職員為證實業務處理的實際過程。，往往需要進行測試，既虛擬一筆業務輸進會計軟體，檢查其結果與預期結果是否相符。這種方法可以有效地驗證核算過程是否與設計一致。但是假如審計職員不能及時消除這些測試的，就可能導致會計軟體系統資料的混亂。恰當的'解決方法是在軟體設計時為以後的審計測試留下通道，既方便審計職員的隨時測試，也不會造成對整個系統資料的影響。但遺憾的是，幾乎所有的會計軟體都沒為審計測試預留通道。會計軟體的欠理想性加大了機審計風險。