電算化的實施，大大提高了會計資訊處理的速度和準確性，能為使用者提供及時、準確的會計資訊，是會計事業史上一次史無前例的飛躍。但在這個飛躍也給審計工作帶來很大的，歸納起來主要有下列幾方面：
一、審計線索的改變
由於會計實行電算化，使審計線索發生很大變化，傳統的手工會計系統中的審計線索在電算化系統中將會中斷甚至消失。在手工系統中，由原始憑證到記賬憑證，由過賬到財務報表的編制，每一步都有文字記錄，都有經手人簽字，審計線索十分清楚。審計人員進行審行，完全可以根據需要進行順查、逆查或抽查。但在電算化會計系統中，傳統的賬薄沒有了，絕大部分的文字記錄消失了，代之的是存有會計資料的磁碟和磁帶，這些磁性介質上的資訊是以機器可讀的形式存在的，肉眼不能識別。此外，從原始資料進入機，到財務報表的輸出，這中間的全部會計處理集中由計算機按程式指令自動守成，傳統的審計線索在這裡中斷了、消失了。傳統的查賬，對電算化的會計個體已不完全適用。為了能有效地審計電算化的會計個體，在電算化會計系統的設計和開發時必須注意審計需求，要留下新的審計線索。例如，要留下每筆業務的詳細記錄，而不能只留下更新後的當前餘額。有些系統中的暫存檔案，經過一定的時間就要被刪掉。如果審計需要查這些檔案，則應拷貝，以便查尋。
二、會計系統內部控制的改變
國際上近代的審計都是以系統為基礎的，即審計師要對會計系統的內部控制進行審查和評價，以作為制定審計方案和決定抽查範圍的依據。由於會計系統實現了電算化，手工會計系統原有的控制已不能適應資料處理的新特點，不能有效地降低電算化會計系統特有的風險。例如，在電算化會計系統中，會計資訊的處理和存貯高度集中於計算機，會使手工會計系統中的某些職責分離，互相寄制的控制失效。為了系統的安全可靠和系統處理與存貯的會計資訊準確完整，必須考慮電算化系統的特點，針對其固有的風險，建立新的內部控制。這些內部控制除了有關電子資料處理的制度、規定和人工執行的程式控制外，內部控制的程式化是電算化會計資訊系統的一個重要特點。如何識別、、審查和評價這些新的內容控制，尤其是程式化的內部控制，是會計電算化給審計提出的又一個新。美國註冊會計師協會發表的第3號審計準則概論指出："如果客戶在其會計系統中使用了電子資料處理，無論是簡單的帶是複雜的，審計員都要充分地瞭解整個系統， 使得能識別和評價系統的基本會計控制的特點。在包括較複雜的電子資料處理應用的情況下，審計員在執行必要的審計方案中將要就應用專業化的電子資料處理的專門知識"。在會計電算化條件下，由於內部控制變化了，審計人員必然研究電算化系統的內部控制，掌握其審查方法。對程式控制，審計員要利用計算機輔助審計技術進行審計。對於電算化會計資訊系統內部控制的弱點，審計人員要能評估其影響，並向被審單位提出改進的建議。
三、審計內容的改變
在會計電算化條件下，審讓的監督職能雖然沒有改變，但審計內容卻發生了變化。在電算化會計資訊系統中，會計事項由計算機按程式自動進行處理，如果系統的應用程式出錯或被非法篡改，則計算機只會按給定的程式以同樣錯誤的方法處理所有的有關會計事項，系統就可能被不知，鬼不覺地嵌入非法的舞弊程式，不法分子可以利用這些舞弊程式大量侵吞的財物。系統的處理是否合規、合法、安全可靠，都與計算機系統的處理和控制功能有直接關係。電算化會計資訊系統的特點，及其固有的`風險，決定了審計的內容要增加對計算機系統處理和控制功能的審查。在會計電算化條件下，審計人員要花費較多的時間和精力來了解和審查計算機系統的功能，以證實其處理的合法性、正確性和完整性，保證系統的安全可靠。 當一個系統已經完成並投用後，再對它進行改進，比在系統設計、開發階段進行困難得多，費用昂貴得多。因此，除要對投用後的電算化會計資訊系統進行事後審計處，還應提倡在系統的設計、開發階段，應有審計人員參與進行事前和事中的審計。他們在系統設計開發的各個階段要注意審查和考核下列問題：一是系統的功能是否恰當、完備、能否滿足使用者核算和管理的要求；二是系統的資料流程、處理方法是符合會計制度、法規、法令和財經紀律的要求；三是系統是否建立了恰當的程式控制，以防止或及時發現無意的差錯或有意的舞弊；四是系統是否保留了充分的審計線索，能否為日後順利開發審計提供必需的條件；五是系統的安全保密措施和管理制度是否健全，能否為系統日後安全可靠地執行系統的開發控制。審計人員還參與系統的除錯、檢測和驗收，儘可能及時地發現系統的問題，及時提出改進意見。
四、審計技術的改變
在手工處理的條件下，審計可根據具體情況進行順查、逆查或抽查。審查一般採用審閱、核對、、比較、調查和證實等。所有審查工作都是由人工完成的。在會計電算化條件下，會計的特點決定了審計的和技術的改變。雖然人工的各種審查技術仍是很重要的，但機輔助審計是必不可少的審計技術。 資訊處理的電算化和資訊存貯的電磁化，如果沒有全部列印輸出紙質的賬表文件，磁性介質上的會計資料是肉眼所不能識別的，審計人員只能利用計算機對它進行審查。即使系統的全部賬表都要硬拷貝，利用計算機比手工可以更迅速、更有效地完成審閱、核對、分析、比較等各項審查工作。例如，計算機可以幫助審計人員審閱賬務檔案，找出滿足指定條件的會計記錄；可以對眾多的會計事項進行統計抽樣，以便審計員對缺抽出樣本進一步審查；還可以根據系統所記錄的會計資料計算出各種財務比率、變化率和進行各種分析比較等等。 在會計電算化條件下，既要對計算機系統的處理和控制功能進行審查，又要採用計算機輔助審計技術。對計算機系統功能的審查，必須執行計算機，讓計算機執行各種操作和處理，也就是利用計算機開展審計。此項審查是不能離開計算機僅由人工來完成的。 另一個計算機輔助審計技術的是，在電算化會計資訊系統的設計開發過程中，可事先在被審計的計算機系統中的嵌入審計程式。這些程式可以執行審計監督，建立審計跟蹤檔案，記錄符合指定條件的會計事項及其操作處理的有關資訊，以便日後審計人員踴躍追查。這些程式還可以執行一些特殊的審計功能。
五、對審計人員的要求更高
在會計電算化條件下，由於審計線索內容控制、內容和審計技術的改變，決定了對審計人員的要求高了。不懂得計算機的審計人員，因審計線索的改變而無法踴躍審計；不懂得電算化會計系統的特點和風險而不能識別和審其內部控制；不懂得使有計算機而無法對計算機進行審查或利用計算機進行審計。因此，要求審計人員不僅要有會計、審計和實務知識，而且要掌握計算機和電算化會計方面的知識和技能。 由上述可見，會計電算化給審計提出了許多新、新要求。傳統的手工審計已不能適應電算化的要求。、和開展計算機審計是審計部門和審計人員的新課題和新任務。