制度經濟學有兩個典型學派，即以科斯、諾斯等為代表的新制度經濟學派和以凡勃倫、康芒斯等為代表的老制度經濟學派。詳細內容請看下文試論制度分析的整體主義方法。
他們都以制度分析為核心，以人和制度的關係為主線，對制度的起源、變遷及其對經濟的影響展開分析。但在方法論上，他們被認為是截然對立的，前者被歸結為個人主義方法，後者被認為是整體主義方法。由於對制度分析方法的'這種二分法，國內外一些研究者在分析馬克思的制度理論時，也往往籠統的或者將其歸結為個人主義方法，或者將其歸結為整體主義方法。筆者認為這兩種歸結都是對馬克思經濟學分析方法的誤解。
事實上馬克思對制度的分析方法既不能簡單認為是整體主義，也不能歸結為個人主義，他的根本方法是唯物辯證法。為什麼馬克思的制度分析方法不能簡單歸結為整體主義或個人主義?要說清這個問題，必須對個人主義和整體主義方法的綱領和實質有一個清楚認識，這是對制度經濟學深入研究的必要前提。對於制度分析的個人主義方法論與馬克思方法論的區別，筆者已有探討。因此，本文將集中探討整體主義方法論的由來、特徵、方法論本質及其侷限性。
整體主義(Holism或Wholism)作為一種思想，有著悠久的歷史和豐富的內容，對它進行全面考察是困難的。正如對整體論思想頗有研究的美國學者菲立普指出的要從中找出關於整體論中心思想的明晰表達是異常困難的，而對這些思想的評價也存在著相應的困難。基於此，本文只從對經濟學方法論產生影響的視角對整體主義思想加以考察整體主義思想是與個體主義思想相對而言的，它最早可以追溯到柏拉圖和亞里士多德關於一般和個別的論述，其中，柏拉圖的理想王國就是用整體思想構建的。到了中世紀，整體與個體之間的關係演變為經院哲學的實在論和唯名論兩種思潮。實在論者認為，整體先於個體而存在;而唯名論者則認為，只有個體才是真實的存在。儘管這種爭論是為了論證教權與皇權哪個更高的問題，但無形中卻對後來的整體主義與個人主義思想的形成產生了影響。