一、生物工程本科專業教學面臨的問題
1.1專業課程銜接性差
生物工程專業課程銜接性的不足主要體現在兩個方面：一是部分課程孤立，不能體現課程知識的承上啟下作用，造成專業人才培養方案失去體系性。例如某些高校生物工程專業開設有工程製圖課程，本意是想讓學生掌握識讀工程圖紙的技能，以便後續工程類課程的學習。但由於這些高校工程學教學力量弱，導致工程類課程偏少甚至缺失，如此一來，工程製圖這一門課程就在整個教學體系中失去了作用及意義。二是課程之間內容存在重複現象。由於教學計劃不夠完善，課程教師之間缺乏溝通，教材存在重複內容，導致部分課程在講授內容上存在重疊現象。實驗教學中，部分工程類實驗由於實驗條件的限制，往往用生物類實驗替代工程類實驗，使得生物工程專業實驗課程中生物類專業通用的實驗專案比例過大。
1.2教學師資隊伍薄弱
生物工程專業教師缺乏是一些新開生物工程專業高校普遍面臨的問題。生物工程學科屬於較新的學科，學科人才不像其他較成熟學科那麼豐富，從事高等教育的更是奇缺。高校往往通過引進生物技術、分子生物學與生物化學等專業的碩士、博士從事生物工程教學，或是利用本校一些相關專業的教師承擔生物工程專業骨幹課程的教學，導致整個教學體系遠離生物工程專業“工科”一端，偏向於其生物技術、生物科學的“理科”一端，使生物工程專業與其他生物學專業產生趨同性，喪失了自身專業的特色，培養出的人才專業優勢不明顯。
1.3缺乏必要的實驗、實踐教學平臺
實驗教學平臺和實踐教學平臺是高等教育培養體系中兩個重要的支撐平臺。實驗教學被認為是當前培養學生創新精神和創新能力的重要途徑，但目前實驗教學主要是一些驗證性的實驗，綜合性、研究性實驗偏少，實驗教學往往被等同於實踐教學。實踐教學應該更多地和生產實踐相結合。由於教學與生產應用之間缺乏緊密聯絡，實踐教學更多地停留在到企業參觀學習和以驗證性實驗替代實踐性教學的層面上，缺少以就業為導向的實踐教學環節，自然就不能保證人才培養的'質量。
1.4教學研究不繫統
我國生物工程教學研究還是以相對獨立的課程教學研究為主，缺少從生物工程專業整個教學體系出發的整體性、系統性研究；教學研究成果大多是描述性的結論，缺少實證性的調查分析資料支撐，這使得很多教學研究浮於問題的表面，不能從根本上解決生物工程教學中的問題。
二、生物工程專業教學改革措施
2.1完善教學計劃
生物工程教學團隊成員要共同制訂教學計劃，成員間共同協商，理順課程之間的關係，避免課程之間出現知識點的重複和遺漏，實現專業知識和技術的銜接性，體現課程的延續性。教學計劃是一個動態過程，在專業建設早期辦學條件不夠完善的條件下，更要注意經驗的積累。實際工作中，通過兄弟院校師生之間的交流、專業教師的培訓、邀請專家學者講學、教師之間的教學研討等多種形式互通有無，實現教學計劃與人才培養目標的協調與統一。
2.2鼓勵以學生為主體的教學方式改革
課程教學是整個人才培養的核心，授課方式應該以學生主動學習為主，教師引導答疑為輔，充分提高學生自主學習的積極性和有效性。ＴｈｏｍａｓＲ。Ｈａｒｒｉｓ認為：讓學生在課堂之外開展網路自主學習，然後帶著問題到課堂中與老師進行交流探討，這是生物工程教育中一種行之有效的做法。
2.3鼓勵現代教育技術的應用與資源共享
加強影像、聲音等多媒體技術手段在課程教學上的應用，讓抽象的理論具體化，讓呆板的文字生動起來。高校應該對自制多媒體課件、自制教學素材等教學行為進行嘉獎，從而提高廣大教師探索的積極性。高校應該根據自身的學科、技術優勢，開發獨有的優勢資源，通過一定的機制，在一定範圍內進行交流共享，更好地提升教學資源的質量和利用率。
2.4努力實現產學研相結合的專業可持續發展模式
企業的需求是高校培養人才的外部拉力，生物工程企業對人才專業技能方面的要求就是制定生物工程專業人才培養的標準。在生物工程專業學生培養過程中，要和生產企業進行產學研合作，新辦生物工程專業的高校應找準與中小型生物工程企業的對接點，以解決生產過程中實際問題為目標，形成產學研合作關係。這種對接可以包括幾個方面的內容：一是人才培養計劃和培養目標與企業對專業技能人才的需求標準的對接，二是高校科研專案和企業生產實踐遇到的技術難點的對接，三是學生生產實踐技能鍛鍊與企業員工培訓的對接。通過對接，使得高校既為小型生物工程企業輸送技術力量，也能推動企業的自身發展。企業的發展帶動了對生物工程專業人才的需求，使人才培養與產業發展產生聯動，從而使人才培養走上可持續發展的軌道。