股權分置，又稱股權的二元結構，是指在中國上市公司中，一部分股份不能流通，另一些股份可以流通的現象。前者主要是國家股、國有法人股，對於民營背景的上市公司則主要是家族持有的法人股，約佔65%，後者主要是社會公眾股，約佔35%。截至2004年底，我國上市公司的總股本為7149億股，其中非流通股份為4543億股，占上市公司總股本的63.55％，國有股份佔非流通股的74％，佔總股本的47％。對於上市公司而言，公司財務治理目標直接表現為全體股東財富最大化。
一、股權分置不利於財務治理目標的實現
股權分置時期，由於一個公司存在流通股和非流通股兩類股票，這一制度設計帶來一系列的弊端，不利於財務治理目標的實現。
（一）對兩類股票價值評判標準不一樣，不利於財務治理目標的實現
在股權分置狀況下，交易價格基本上跟流通股的二級市場交易價格沒有關係，因此股價不能成為非流通股股份價值的評判標準。價值評判標準的不同必然使得非流通股股東與流通股股東的價值取向和行為產生背離，客觀上形成了非流通股股東和流通股股東的“利益分置”。現實中，由於不能通過公司股價上漲或下跌帶來的收益和損失，把握控制權的非流通股股東通常通過其他方式侵佔流通股股東的利益，以致一些上市公司淪為大股東的“提款機”，利用違規擔保、非公允關聯交易佔用上市公司資金，侵犯公司利益。
（二）對治理層經營業績考核及激勵效果不佳，不利於財務治理目標的實現
根據委託代理理論，企業經營治理者的目標與股東的目標並不完全一致，因而必須對經營者進行有效的監視和激勵。但在股權分置的`狀況下，由於三分之二的股份不能上市流通，客觀上造成上市公司流通股本規模相對較小、股市投機性強、股價波動較大，加上交易機制不透明、價格發現不充分，從而扭曲了證券市場定價機制，使得股價不能真實地反映上市公司的業績。因此，不能通過二級市場股價來評價上市公司的經營業績，這樣導致公司治理層的目標主要是任期內的利潤最大化和淨資產的不斷增值，一般不關心公司股價和公司市值，不注重公司的長遠發展。由於對經營者的考核沒有采用市場化標準，因而對經營者的激勵和約束都很難到位，不能激發公司治理層努力經營企業、提升公司價值。
（三）難以利用資本市場進行科學公道併購，不利於財務治理目標的實現
在股權分置的狀況下，企業戰略併購的法律障礙及政策壁壘難以消除，併購的方式和手段都比較單一，不利於企業通過併購實現其財務治理目標。收購方式單一，由於控股股東所持有的股份不流通，通過要約收購或者二級市場競價收購公司的操縱難度很大，協議收購在數目上佔據盡對多數；支付方式單一，由於股權不是全部流通，難以體現其價值，企業很難利用換股等多樣化支付手段推動併購；在股權分置條件下我國資本市場上的併購不能通過股價的上漲來實現其利益，即使業績有了較大改善，競爭力有了進步，收購公司的投資收益也不可能通過股價的上漲來表現，因而很難實現市場的投資收益。
二、股權分置下，上市公司財務治理的目標錯位，導致“控股股東利益最大化”
由於股權分置造成了流通股東和非流通股東在權力行使、利益追求等方面存在著諸多差異，具體如表1：
我國的資本市場主要是為國有企業改制服務的。控股股東往往是包袱沉重、行動維艱的非流通股股東——大型國有企業。由於歷史原因，這些控股股東往往無意與上市公司“不分開”，上市公司產權不夠獨立，尤其是財權不獨立，導致其財務目標扭曲、財務行為非獨立化、財務治理不完善。上市公司***為控股股東代為支付用度，免費讓控股股東使用上市公司的優質資產，為控股股東借款提供擔保等。