校預算管理的主要特徵：
（一）“統一領導，分級管理”的財務。高等學校實行“統一領導、集中管理”的財務管理體制；規模較大的學校實行“統一領導、分級管理”的財務管理體制。其主要特徵是在學校建立健全財經規章制度，明確高等學校財務工作實行校（院）長負責制。符合條件的高等學校，設定總師，協助校（院）長全面領導學校的財務工作。凡設定總會計師的高等學校，不設與總會計師職權重疊的副校（院）長代行總會計師職權。高等學校必須單獨設定財務處（室），作為學校的一級財務機構，在校（院）長和總會計師的領導下，統一管校的各項財務工作，不得在財務處（室）之外設定同級財務機構。高等學校內後勤、科技開發、校辦產業及基本建設等部門因工作需要設定的財務機構，只能作為學校的二級財務機構，其財會業務接受財務處（室）的統一領導。高等學校二級財務機構必須遵守和執行學校統一的財務規章制度，接接受財務處（室）的監督和檢查。
（二）“量入為出，收支平衡”的財務管理原則。收入預算和支出預算的平衡對學校事業的持續健康發展起著至關重要的作用。預算編制既要實事求是又要有超前意識。預算編制一方面要貫徹積極穩健的原則，同時應堅持資金的來源多樣化，自力更生搞好創收。只要是合法，合規的都必須加以充分利用。高等學校的事業屬性決定財務管理的中心必然是以預算管理為中心。提高教育的綜合效益，實現教育資源的優化配置才是預算管理的本質所在。
（三）“以人為本，共同參與”的協調管理方式。高校財務管理需要全校上下的協調配合。學校財務部門與各預算單位應共同參與討論，相互溝通，提高預算指標的可靠性。事在人為，人是生產要素中最積極的因素，堅持“以人為本”是作好高校財務預算工作的保證。只要部門齊心協力，全體員工共同努力，就能編制出促進學校資源最優配置，實現學校最大目標的財務預算。
預算改革對預算管理的影響
作為以支出為目的的非贏利性組織，預算管理是其最重要的管理方式，是財務管理的核心。高等學校財務管理的好壞將直接關係到高等學校事業計劃的完成情況，直接影響到高等學校各項資金的使用效益。作為國家事業單位的重要組成部分-高校，部門預算改革將對其預算管理產生意義深遠的影響。高等學校的預算管理向來是高校財務部門的重點工作，財務部門一般都專設科室對學校的預算收入，支出進行測算。對預算支出進行分配，控制，對收入支出結構進行分析，以便為學校領導和各有關方面提供決策，參謀資訊。高等學校的預算管理實質是一種目標管理，強調的是預算的分配，高校財務部門這種僅行使目標管理方式下的預算管理，不僅使財務部門滿足於預算管理的.現狀，而且使得高等學校的各個方面和其他職能部門認為財務部門行使預算管理只能以此為界。此次部門預算改革重點側重於“反映細化某一部門的全部收支情況，強調部門行使職能過程中各項預算的全過程管理，突出預算的事前控制作用，實現了預算自微觀管理的延伸。”所以，今後高等學校預算管理也必然由目標管理轉向預算管理。
筆者認為，加強高等學校預算管理，不僅對我國事業的發展具有重要意義，亦將是落實科教興國戰略的一個具體表現。在此就目前高等學校預算管理中存在的問題提出建議和對策，以期達到加強學校預算管理，提高財務管理水平的目的。
（一）由於原因形成學校長期缺乏自主性，對學校事業計劃缺乏長期規劃，導致學校在預算時缺乏長遠性，科學性和連續性。高校預算一般是編制一年執行一年。預算的主要任務是保證學校年度內的正常執行。隨著教育的地位不斷提高，高校開始中長期發展規劃，但是在編制過程中，收入支出的預算沒有按照學校當年事業發展的規劃和任務的有關標準和定額編制，僅憑上年的實際數加預計的增加數來確定。這種方法會使預算和實際數發生很大差異，預算失去了嚴肅性和有效性，達不到原有的目的。但是這種發展規劃尚與學校的資金供求計劃脫節，沒有相應的學校預算的保證，這種缺乏連續性的預算不利於學校規劃的實施。由於產生對“基數”確定的不公平性，也因此使部分預算編制缺乏科學性。
（二）預算管理虛，資金管理散。在高校預算管理中，缺乏完整的預算控制系統，難以令高校的預算管理部門對由於預算執行過程受到各種主客觀因素的影響造成的變化進行快速反應。一些高校尚未建立健全預算管理制度，有的雖然有了預算管理制度卻有章不循，隨意更改，預算形同虛設。資金的收支缺乏統一的籌劃和控制。隨意性大，資金使用混亂。資金的流向與控制脫節，資金體外迴圈嚴重，事前監督不嚴，事中控制不力，事後監督因受多種因素影響效果不佳。不具備高校預算是大收大支的全口徑預算的特徵，既無法反映預算資金全貌，也不利於考核預算資金執行情況。
（三）預算控制力度不夠，指標下達時間置後。事前，由於編制時間及指標下達的置後，根本不可能進行事前的控制；事中，沒有制定有效的控制制度，使得無章可循；事後，對預算執行情況的分析不夠詳實，與同行業的比較不夠。而且通常預算指標的下達在預算年度的5，6月份，而這時已有1/2的經濟業務成為過去，無法進行事前事中控制，成為一種事後預算，失去了預算編制的作用。高校的預算是反映學校年度內所要完成的事業計劃和工作內容，同時也反映學校的事業發展和規模。所以，如果預算編制的時間置後，必然會使學校管理的有效性降低。
面對高等學校預算管理中存在的問題，筆者提出以下幾點建議：
加強預算執行力度，強化預算約束力
建立學校內部預算管理體系是與學校內部的財務管理體制相適應的。它是靠有效的內部責任制度和完善的內部組織結構執行的。預算管理的組織體系極其執行機制是執行預算，實現預算目標的組織保障。已經審定的財務預算執行如何關係到學校年度工作完成的好壞，影響學校事業發展和規劃。為此必須加強預算執行力度，強化剛性管理。如，大力加大對附屬單位的管理力度，並且將經濟指標與幹部任期目標相結合，更好地調動各方面的積極性，確保預算收入的完成。支出預算必須依章進行，不得隨便更改。合理安排本單位的支出，建立“一筆帳”制度，嚴把支出關。對於重大專案經費支出，必須有歸口領導審批，嚴格按照預算內容專案執行。
成立會計結算中心，集中進行財務管理
在校屬各單位資金使用權，財務自主權不變的情況下，成立會計結算中心。實行會計集中核算後，規範的辦事程式，嚴格的會計監督，使得各單位財務透明度進一步增加，財務收支的合法性進一步加強。在學校統一領導下，實行全面預算管理，一個“漏斗”進出，集中辦理全校各單位的資金核算和會計核算。登出各單位原來在開設的所有帳戶，在中心指定的銀行以學校名義開設一個總帳戶。在總帳戶下面給各單位開設分帳戶，主要用於各單位內部核算。校屬各單位收付款業務報帳，在領導審批後，直接到中心辦理。中心根據學校預算和有關的計劃，，對各單位的進出資金和每項結算業務的合理性，合法性進行監督，使之完全置於學校的監控之下。對資金調劑使用，模擬銀行結算，存款付息，借款收息，統一排程，調劑餘缺，合理安排。
預算編制的科學化，規範化
在預算的編制過程中，要按輕重緩急進行排序，優先安排急需可行的專案，實行專項專案滾動預算。可行的專案，當年安排不了的專案自動滾到下一年去。各收支專案必須有合理的編制依據，要有詳細甚至統一的定額標準，逐漸作到人員經費按人數，公用經費按定額，專項經費按專案來確定。分別建立教學基礎設施改造，公用服務體系建設，專項裝置建設，隊伍建設等專項建設專案庫，並根據學校的教育事業發展計劃，不斷更新，完善。使專項建設目標和學校總體規劃相適應，提高專項資金的使用效益。