這裡有朝夕相處的親密同學，更有摯愛的益友諍師。魯迅先生的這篇回憶性散文表達的是他對藤野先生的真摯懷念。藤野先生對於魯迅的幫助也同時體現了日本民眾對中國人的態度。民眾之間不會出現，也不應該出現敵視，甚至仇視。
剛到日本之時，魯迅先生對於清國留學生是極盡嘲諷，同時也沁透著魯迅先生對於晚清ZF的厭惡之情。文章前兩段看似是描述到東京的見聞，可是在每一句中都暗藏著對當時清朝留學生的諷刺，表達作者的失落，寫得暗藏不漏。之後，作者重點回憶了在仙台和藤野先生學醫的故事。
藤野先生本身就是一個生活簡樸、治學嚴謹的學者。對於教授歷史的老師來說，藤野先生知道中國與日本在歷史、文化上的傳承關係，因此，他並不會像當時一般日本人表現出的對中國人的對中國人的蔑視。藤野先生對魯迅的關心，認真幫魯迅改講義，表現了藤野先生自始至終認真負責的精神、態度。描繪出一個和藹的熱心的老教師形象。藤野先生曾為魯迅改正解剖圖，可見他對魯迅的嚴格要求及循循善誘。他尊重學生，更尊重科學。
作者認為要救國需要救思想，於是放棄了學醫，這點可以理解。可是讓我再一次感到失望的是，藤野很重感情地交給作者一張背面寫著“惜別”的照相後，作者卻沒有把自己的照片寄過去(作者當時沒有相片)，在離開西安之後也沒有補寄給他。
《藤野先生》也同樣記錄了作者的心路歷程，學醫救國到文藝救國的轉變，表達了作者深深的'愛國主義情感。在魯迅留學日本之時，是“風雨如磐暗故園”之時，也是魯迅個人處於“路漫漫其修遠兮，吾將上下而求索”的時期。他曾說：“我的夢很美滿，預備卒業回來，救治像我父親似的被誤的病人的疾苦，戰爭時候便去當軍醫，一面又促進了國人對於維新的信仰。“但從匿名信事件、看電影事件，中國人的麻木不仁中，魯迅才深刻地認識到，學醫可以拯救人的身體，卻不能拯救人的靈魂。魯迅說：“從那一回以後，我便覺得學醫並非一件緊要事，凡是愚弱的國民，即使體格如何強健，如何茁壯，也只能做毫無意義的示眾的材料和看客。”“我們的第一要著，是在改變他們的精神，而善於改變精神的是，我那時以為當然要推文藝，於是提倡文藝運動了。”
但是我仍然能夠看出魯迅還是很感激藤野先生，並以藤野先生的警示自己，要為中國革命繼續出力。只是我對他在以上幾件事情的處理有些不滿而已，我想在這點，我可以做得比他更好。