(一)關於工程內容和範圍的確認
招標人和中標人可就招標檔案中的某些具體工作內容進行討論，修改、明確或細化，從而確定工程承包的具體內容和範圍。在談判中雙方達成一致的內容，包括在談判討論中經雙方確認的工程內容和範圍方面的修改或調整，應以文字方式確定下來，並以“合同補遺”或“會議紀要”方式作為合同附件，並明確它是構成合同的一部分。
對於為監理工程師提供的建築物、傢俱、車輛以及各項服務，也應逐項詳細地予以明確。
(二)關於技術要求、技術規範和施工技術方案
一雙方尚可對技術要求、技術規範和施工技術方案等進行進一步討論和確認，必要的情況下甚至可以變更技術要求和施工方案。
(三)關於合同價格條款
依據計價方式的不同，建設工程施工合同可以分為總價合同、單價合同和成本加酬金合同。一般在招標檔案中就會明確規定合同將採用什麼計價方式，在合同談判階段往往沒有討論的餘地。但在可能的情況下，中標人在談判過程中仍然可以提出降低風險的改進方案。
(四)關於價格調整條款
對於工期較長的建設工程，容易遭受貨幣貶值或通貨膨脹等因素的'影響，可能給承包人造成較大損失。價格調整條款可以比較公正地解決這一承包人無法控制的風險損失。無論是單價合同還是總價合同，都可以確定價格調整條款，即是否調整以及如何調整等。可以說，合同計價方式以及價格調整方式共同確定了工程承包合閌的實際價格，直接影響著承包人的經濟利益。在建設工程實踐中，由於各種原因導致費用增加的機率遠遠大於費用減少的機率，有時最終的合同價格調整金額會很大9遠遠超過原定的合同總價，因此承包人在投標過程中，尤其是在合同談判階段務必對合同的價格調整條款予以充分的重視。
(五)關於合同款支付方式的條款
建設工程施工合同的付款分四個階段進行，即;預付款、工程進度款、最終付款和退還保留金。關於支付時間、支付方式、支付條件和支付審批程式等有很多種可能的選擇，並且可能對承包人的成本、進度等產生比較大的影響，因此，合同支付方式的有關條款是談判的重要方面。
(六)關於工期和維修期
中標人與招標人可根據招標檔案中要求的工期，或者根據投標人在投標檔案中承諾的工期，並考慮工程範圍和工程量的變動而產生的影響來商定一個確定的工期。同時，還要明確開工日期，竣工日期等。雙方可根據各自的專案準備情況、季節和施工環境因素等條件洽商適當的開工時間。
對於具有較多的單項工程的建設工程專案，可在合同中明確允許分部位或分批提交業主驗收(例如成批的房屋建築工程應允許分棟驗收;分多段的公路維修工程應允許分段驗收;分多片的大型灌溉工程應允許分片驗收等等)，並從該批驗收時起開始計算該部分的維修期，以縮短承包人的責任期限，最大限度保障自己的利益。
雙方應通過談判明確，由於工程變更(業主在工程實施中增減工程或改變設計等)、惡劣的氣候影響，以及種種“作為一個有經驗的承包人無法預料的工程施工條件的變化”等原因對工期產生不利影響時的解決辦法，通常在上述情況下應該給予承包人要求合理延長工期的權利。
合同文字中應當對維修工程的範圍、維修責任及維修期的開始和結束時間有明確的規定，承包人應該只承擔由於材料和施工方法及操作工藝等不符合合同規定而產生的缺陷。承包人應力爭以維修保函來代替業主扣留的保留金。與保留金相比，維修保函對承包人有利，主要是因為可提前取回被扣留的現金，而且保函是有時效的，期滿將自動作廢。同時，它對業主並無風險，真正發生維修費用，業主可憑保函向銀行索回款項。因此，這一作法是比較公平的。維修期滿後，承包人應及時從業主處撤回保函。
(七)合同條件中其他特殊條款的完善
主要包括：關於合同圖紙;關於違約罰金和工期提前獎金;工程量驗收以及銜接工序和隱蔽工程施工的驗收程式;關於施工佔地;關於向承包人移交施工現場和基礎資料;關於工程交付;預付款保函的自動減額條款等等。