社會保障會計管理體系是社會保障會計主體正常開展會計活動的前提，是社會保障基金安全性、保值增值性、流動性的根本保障。建立一個科學的、合理的、有效的社會保障會計管理體系，有利於社會保障基金經營管理機構順利開展經營管理活動，有利於社會保障基金迴圈過程的完整性和通暢性。社會保障會計管理體系包括社會保障基金經營管理組織機構及其職能、社會保障會計制度體系、社會保障會計機構和人員構成等。
一、社會保障會計主體及職能
社會保障會計主體，即社會保障基金經營管理機構，它是一個專門從事社會保障基金徵收、運作和社會保障金髮放等經營管理活動的組織，是一個依法設立、自主經營、獨立核算的盈利性組織。社會保障基金經營管理機構的設立，應經國家社會保障行政管理機構核准，到工商行政管理部門申請註冊、領取營業執照，方可開業。社會保障基金經營管理機構也應參照國際慣例的做法，引進民間投資基金，逐步實現社會保障基金管理民營化。
社會保險基金經營管理機構作為社會保障者的受託人，經營社會保障基金，對社會保障基金的安全性負有不可推卸的'經濟責任和法律責任。社會保障基金經營管理機構的職責主要包括：
（1）建立和健全社會保障基金經營管理機構管理規章制度、會計制度、財務制度、審計制度；
（2）依法管理社會保障基金，管好、用好社會保障基金；
（3）落實單位負責人責任制，搞好內部崗位責任制；
（4）合理組織社會保障基金徵收、運作、調劑、劃轉和發放等財務活動；
（5）科學制定社會保障基金盈利性投資計劃，高效運作社會保障基金；
（6）加強內部財務管理，提高資產的利潤率；
（7）及時、準確地披露具有一定質量特徵的會計資訊和管理資訊；
（8）嚴格遵守和執行國家的有關財經法律、制度和規定。
二、社會保障會計制度體系
社會保障基金經營管理機構應該根據國家的財經法規建立具有社會保障特徵的會計制度體系：
1、會計核算制度。它是會計制度的核心，是社會保障會計主體進行會計核算的依據。社會保障會計核算制度應根據國家統一頒佈的會計基本準則、會計具體準則，結合社會保障基金管理的具體情況制定。會計核算制度應包括：會計科目和會計賬戶的設定、名稱及其使用方法的規定，有關會計憑證、會計賬簿和記賬方法的規定，會計核算專案的範圍，會計核算年度的規定，會計政策的披露，資產、負債、淨資產、收入、費用和利潤等會計要素核算方法的規定，會計記錄文字的規定，會計報告的內容，會計報表的格式、編制方法和對外披露的規定，有關會計報表分析的規定，有關會計檔案保管、銷燬辦法的規定。
2、內部牽制制度。它通過對社會保障會計主體機構進行合理設定、明確職責分工的方式，實現經營機構內部會計監督功能。社會保障會計主體必須建立內部不同職責崗位相互分離和相互制約制度，保證記賬人員與經濟業務事項和會計事項的審批人員、經辦人員、財物保管人員的職責許可權明確，職務分離；重大經濟事項的決策與執行要分離並相互制約的制度，如社會保障基金盈利性投資決策、運營收益分配等決策者和具體執行者要分離；社會保障基金經營責任和會計責任相分離，如社會保障基金運作方案由經營部門制定，社會保障基金排程、劃轉由財務部門執行；此外，還必須建立社會保障基金經營執行業務和稽核業務相分離，業務執行與業務記錄相分離，資產保管與會計核算相分離等制度。
3、財產清查制度。社會保障會計主體應建立對各項有形資產進行盤點清查制度，以保證會計記錄的真實性。財產清查制度能確保會計核算的準確性，有形資產的安全完整性，會計賬簿和實物資產相符性，有利於加強社會保障基金經營管理機構內部財產管理，挖掘資產潛力，有利於保障社會保障者的合法權利。
4、會計檔案管理與崗位交接制度。社會保障會計主體應按規定歸檔保管日常會計檔案，如會計憑證、會計賬簿、會計報告等，並嚴格按照國家有關部門的統一規定，儲存和銷燬會計檔案。會計人員在因離職或工作調動時要辦理前任人員的移交手續和接管人員的接管手續。一般會計人員辦理崗位交接手續時，前任人員應將經營的會計憑證、會計賬簿、會計報告和會計檔案等編造移交清冊，由會計主管人員監交，待辦事項還需要向接管人員交代清楚。會計主管人員辦理崗位交接手續時，由單位負責人監交。
三、社會保障會計機構和會計人員
社會保障基金經營管理機構是獨立核算單位，要依照國家法規的規定設定會計機構，配備會計人員。
1、會計機構設立的原則。社會保障會計機構是專門負責組織領導和直接從事會計工作的職能部門，設立時必須遵循以下原則：會計業務的實際需求原則；獨立性原則；高效、精簡原則等。
2、會計機構職能。社會保障會計機構的職能體現在以下幾方面：根據國家統一的會計準則，制定本會計主體的具體辦法；對本主體經濟活動進行會計核算；對本主體實行會計監督；參與制定社會保障基金運作計劃、基金預算方案，考核、分析預算、財務計劃的執行情況；控制自身日常管理費用支出等。
3、會計機構人員的選派。按省、直轄市和自治區級設立的社會保障基金經營管理機構應設定財務總監。財務總監實行委派制，其任職資格、任免程式、職責許可權由國務院及其國家社會保障行政管理機構規定。會計機構人員應取得會計從業資格證書。擔任會計主體各會計機構的負責人，除取得會計從業資格證書外，還應當具備會計師以上專業技術職務或者從事會計工作三年或三年以上經歷，並具備一定的社會保障相關專業知識。會計人員從業資格管理辦法參照國家有關規定執行。此外，會計人員應當遵守職業道德，提高業務素質。社會保障基金經營管理機構應對會計人員進行職業道德教育和專業知識培訓。