農村宅基地使用權確權登記發證是農村土地制度改革的基礎，也是不動產統一登記的重要內容。
房地分離增加確權難度
房屋是農民私有財產，享有所有權;而宅基地所有權屬於集體，農民個人僅享有使用權，且不準隨意出賣和出租。同時，房屋所有權原登記部門為房產部門，宅基地審批、確權和登記則由國土資源部門承擔。
“一戶一宅”政策難以把握
因為農戶界定比較模糊，“戶”的彈性太大，使宅基地確權遭遇挑戰。本屬於一戶的夫妻之間、父母與子女之間單獨立戶，並按戶口簿分割房產，一個家庭中每人一本戶口簿的現象屢見不鮮。
農房私自流轉後宅基地難以確權
儘管政策規定宅基地使用權不允許隨意轉讓。但目前農村特別是城鄉結合部農村房屋私下交易非常普遍，甚至有些轉讓給城市人口。這給農村宅基地確權帶來了極大的阻力。
附屬設施用地難以納入宅基地
現實中，農民建好房後，往往會另外建設廚房、雜屋等附屬建築。哪些附屬設施用地應該納入宅基地範圍?如何給這些設施用地確權登記發證?在確權登記過程中難以把握。
農村宅基地確權發證的問題：
1、宅基地申請確權需要提供什麼資料(需要先走申請流程)
(1)土地登記申請書(國土部門印發，土地使用權人填寫並簽章);
(2)申請人身份證明材料(戶主身份證正反面影印件、戶口本中所有家庭成員影印件);
(3)土地權屬來源證明;初始登記提供土地批覆、宅基地審批表，換髮證書提供原土地使用證，涉及轉讓(買賣)、繼承(原權利人死亡)、贈與、置換(互換)，戶主更名、原土地證戶主名稱有誤更正、爭議糾紛已調處等原因發生的變更登記以及丟失補證還應提供下列土地權屬來源的證明材料：
(4)地籍調查表、宗地圖及宗地界址座標;
(5)地上附著物權屬證明;
2、確權所需地籍調查費、工本費是否需要農民掏錢
為減輕農民負擔，落實中央支農惠農政策，保證農村宅基地使用權登記發證工作的順利進行，對登記頒發農村宅基地《集體土地使用證》的地籍調查費、工本費一律免收。
3、耕地上已建成住宅如何處理
(1)符合土地利用總體規劃、村莊和集鎮規劃的，按照法律、法規規定的`程式，經補辦用地批准手續後進行登記發證。
(2)不符合土地利用總體規劃、村莊和集鎮規劃的零星宅基地，只統計備案，不予登記發證。
4、超佔面積的如何處理
(1)1982年《村鎮建房用地管理條例》實施前，農村村民建房佔用的宅基地，《村鎮建房用地管理條例》實施後至今未擴大用地面積的，可以按現有實際使用面積進行登記。
(2)1982年《村鎮建房用地管理條例》實施起至1987年《中華人民共和國土地管理法》實施時止，農村村民建房佔用的宅基地，超過當地規定的面積標準的，超過部分按當時國家和地方有關規定處理後，可以按實際使用面積進行登記。
(3)1987年《中華人民共和國土地管理法》實施後，農村村民建房佔用的宅基地，超過當地規定的面積標準的，按照實際批准面積進行登記，其面積超過各地規定標準的，可在土地登記簿和土地權利證書記事欄內註明超過標準的面積，待以後分戶建房或現有房屋拆遷、改建、翻建、政府依法實施規劃重新建設時，按有關規定作出處理，並按照自治區規定的面積標準重新進行登記。
5、實測面積與老宅基證不符如何確權發證?
(1)如果實測面積大於或等於原發證面積時，按原發證面積確權登記換髮證書。並在土地證記事欄中註明超佔的面積。
(2)如果實測面積小於原發證面積時，按實測面積確權登記換髮發證。
(3)對實測面積與原發證面積相差較大的宗地要實地查清面積有出入的具體原因，填寫到情況調查表備註欄裡。
(4)對未審批發證的宗地，嚴格按照《土地管理條例》規定的宅基地審批許可權，結合實測面積批量補報批發證。
(5)申請書、宗地圖、地籍調查表中宗地面積按實測面積填寫，地籍調查表中批准面積、土地審批表及土地使用證中使用權面積按審批面積。
6、、閒置的宅基地如何確認
對已取得《集體土地使用證》，但已滿二年未建房的宅基地，由集體經濟組織收回土地使用權，並報市、縣(區)級人民政府批准，登出其土地登記。農戶再申請宅基地建房時，重新依照審批程式批准，待房屋建成並實地檢查合格後，按照有關規定登記發證。
7、宅基地轉讓的情況如何處理
(1)已經發生轉讓且受讓人在本村有戶口的，按照一戶只能擁有一處宅基地的法律規定，可以進行登記發證。
(2)已經發生轉讓但在本村無戶口的，只統計備案，不予登記發證。
8、權屬調查中遇一戶多宅的情況如何處理
需查清其情況是繼承還是其它原因，再判斷其是否可以辦理兩證。舉例：如果戶主已有一處房屋，且還有一處是繼承的房屋，房屋在無改建變動的情況下，除繼承可以為其確權發證，其它情況只調查登記，不確權發證。
9、一戶多宅，已經擁有兩個宅基地證書的情況下如何處理
(1)調查其宅基地來源是否合法，且證、地相符者只換髮其中一處(本人選擇)宅基地使用證。如符合繼承、贈與條件，且子女已分獨立戶口且未分配宅基地的，經村委會稽核同意，可將另一宗宅基地變更登記給子女。
(2)調查後發現宅基地來源不合法，且證、地不符者，不予確權登記，並登出違規辦理的土地使用證。