審查企業合併形成母子公司關係的，母公司是否編制了合併日的合併資產負債表、合併利潤表和全並現金流量表；審查企業在報告分部確定方面是否合理，是否在企業財務中披露。編制合併財務報表時，參與合併各方的內部交易等，應當按照企業準則的規定處理。合併財務報表審查中的實質性審查主要採用核對、詢問和鑑證等方法收集證據。較單個財務報表不同的是，合併財務報表審計往往需牽涉到其他審計人員的工作，且在更多方面需要不同程度地依賴職業判斷，對審計人員的要求較高。對企業合併會計報表的審計方法主要表現在以下幾個方面：
一、合併財務報表合併範圍的審計
審計人員應按照有關規定，審計集團內公司間的股權關係，審查合併主體範圍的正確性，審查有無將納入合併範圍的子公司摒棄在外，將不應納入合併範圍的子公司包含在內；還應關計年度中因股權變動，被企業不再成為子公司的會計處理方法。
二、重視對個別財務報表的審計
在審查合併財務報表的編制之前，審計人員應重視對母公司和子公司個別財務報表的審計，避免搞單純的合併財務報表審計。審計人員應從個別財務報表的編制是否符合公認會計原則，財務報表在所有重大方面是否公允地反映了資產負債表日的財務狀況和所審期間的經營成果，現金流動情況和會計處理方法的選用是否符合一貫性原則等方面進行審查評價。在此基礎上，才能進行合併報表相關事項的審查。
三、合併工作底稿和抵銷分錄編制的審查
合併工作底稿的作用是為合併財務報表的編制提供基礎。對合並工作底稿和抵銷分錄編制的審查是企業合併會計報表審計的重點。對內部抵銷分錄編制的審計包括：
（一）內部投資業務抵銷處理的審查。一是審查內部股權投資與相對應的所有者權益的抵銷處理。母公司對子公司權益性資本投資專案與子公司所有者權益專案、子公司相互之間持有的權益性資本投資應相互抵銷。例如：在編制合併資產負債表時，子公司的“實收資本”、“資本公積”、“盈餘公積”和“未分配利潤”科目應與母公司的“長期股權投資”科目及合併報表中新設的“少數股權”科目抵銷。母公司對子公司長期投資數額與子公司所有者權益中母公司所擁有的數額不一致，依具體情況，借或貸記“商譽”。審計人員應審查母公司在子公司所擁有股份比例，以審查“少數股東權益”和商譽專案登記的數額是否正確。二是審查內部投資收益的換銷處理。母公司對子公司權益性資本投資的收益。在全資子公司的情況下，就是子公司本期淨利潤，在非全資子公司的情況下，是淨利潤中減去歸屬於少數股東的本期收益後的部分。由於母公司對子公司的投資採用權益法進行核算，子公司的期初未分配利潤已包括在母公司長期投資和母公司期初未分配利潤的賬面餘額之中，因此也必須加以抵銷。審查內部投資收益的抵銷處理，應審查是否借記母公司的“投資收益”、子公司的“期末未分配利潤”、合併利潤表的“少數股東損益”專案，貸記子公司的“利潤分配——提取盈餘公積”、“應付利潤”、“期末未分配利潤”等科目。三是審查子公司提取盈餘公積的調整抵銷處理。盈餘公積由單個企業按本期淨利潤計提。子公司當期計提盈餘公積作為整個企業集團利潤分配的一部分，應當在合併利潤分配表中予以反映。同時子公司計提的盈餘公積額也形成整個企業集團內部積累，應當在合併資產負債表中予以反映。因此，在合併財務報表中必須再通過抵銷分錄將已經抵銷的盈餘公積再調整回來。
（二）內部債權債務抵銷處理的審查。一是審查內部債權專案與債務專案的抵銷處理。審計人員應重點審查企業集團內部債權債務的對應關係是否存在，是否完整，在此基礎上審查抵銷分錄編制。二是審查本期內部應收賬款壞賬準備的抵銷處理。母公司和子公司對其所有的應收賬款都分別計提壞賬準備，並在期個別財務報表中列示。審計人員應審查是否按本期計提的內部應收賬款上的壞賬準備數借記“壞賬準備”，貸記“資產減值損失”等專案。三是審查前期內部應收賬款壞賬準備的抵銷處理。在連續編制合併財務報表時，將最終影響到本期合併利潤分配表中期初未分配利潤的影響予以抵銷，調整本期期初未分配利潤的數額。審計人員應審查是否按前期抵銷的內部應收賬款計提的`壞賬準備，借記“壞賬準備”，貸記“期初未分配利潤”專案。
（三）內部購銷業務抵銷處理的審查。一是審查本期內部購銷業務的抵銷處理。在企業集團內部銷售的情況下，銷售企業將產品或商品銷售給購買企業要能出現以下兩種情況：一種是購買企業內部購入的商品全部實現對外銷售時，應審查是否以該筆內銷中銷售企業的銷售收入借記“營業收入”，貸記“營業成本”進行抵銷處理。另一種是購買企業內部購入的商品未實現對外銷售時，應審查是否以銷售企業的銷售收入借記“營業收入”，以銷售企業的銷售成本貸記“營業成本”，同時以該筆銷售未實現的內部銷售利潤貸記“存貨”。二是審查前期內部的購銷業務的抵銷處理。在連續編制合併財務報表的情況下，前期內部購進存貨中包含的未實現內部銷售利潤抵銷，使本期合併利潤分配表中期初未分配利潤數額減少。審計人員應審查是否按前期內部購進存貨中包含的未實現內部銷售利潤錯記“期初未分配利潤”，貸記“營業成本”。
（四）合併現金流量表應抵銷經濟內容的審查。審查合併現金流量表應抵銷分錄，應注意成員企業間經營活動、投資活動、籌資活動專案中現金流入的一方與現金流出的一方同等金額相互抵銷的情況。
四、合併財務報表編制格式正確性的審查
合併財務報表與單個財務報表相比，增添了新的會計科目的內容。因此應審查合併財務報表上會計科目的分類、排列等編制格式的正確性。合併資產負債表設“商譽”，反映母公司對子公司長期股權投資數額與子公司所有者權益中母公司擁有數額間的差異。“少數股權”反映除母公司以外的其他投資者在子公司中的權益，應在“負債”類項和“所有者權益”類項間單列一類反映。合併利潤表較單個利潤表而言，應在“籌資活動產生的現金流量”類下增設“子公司吸收少數股東權益性投資收到的現金”、“子公司支付少數股東的股利”和“子公司依法減資支付給少數股東的現金”專案。
五、合併財務報表所列指標可信性的審查
對此可參照審查單個財務報表所使用的評價企業償債能力、獲利能力、經營能力、資金流轉狀況等的指標體系來進行。
六、合併報表附註資訊披露的審查
審查企業是否在附註資訊披露了下列資訊：一是子公司的清單，包括企業名稱、註冊地、業務性質、母公司的持股比例和表決權比例。二是母公司直接或通過子公司間接擁有被投資單位表決權不足半數但能對其形成控制的原因。三是母公司直接或通過子公司間接擁有被投資單位半數以上的表決權但未能對其形成控制的原因。四是子公司所採用的與母公司不一致的會計政策，編制合併財務報表的處理方法及其影響。五是子公司與母公司不一致的會計期間，編制合併財務報表的處理方法及其影響。六是本期增加子公司，按照企業會計準則的規定進行披露。七是本期不再納入合併範圍的原子公司，說明原子公司的名稱、註冊地、業務性質、母公司的持股比例和表決權比例，本期不再成為子公司的原因，其在處置日和上一會計期間資產負債表日資產、負債和所有者權益的金額以及本期期初至鼾處置日的收入、費用和利潤的金額。八是子公司向母公司轉移資金的能力受到嚴格的情況。九是需要在附註中說明的其他事項。