（一）立法上的不完善
1、查明事實、分清是非原則的誤區
當事人可以犧牲部分實體權利實現某些既得利益，或者只是為了恢復當事人之間的和睦關係，都是合理的價值取向。而調解的含義也允許對一些事實不清、責任不明的問題含糊不究，互諒互讓，以求達到解決糾紛而不傷和氣。調解在本質上表現為雙方當事人在合意的前提下通過協商、談判，就實體權利義務關係達成協議以解決爭議。所以只要當事人之間的合意既不違反法律的強制性、禁止性規定，又不侵犯第三人的合法權益的話，無論在何種程度上自願達成的調解協議，都是當事人依法行使處分權的體現。如果所有案件都要求在查明事實、分清責任的前提下進行調解，必然忽視了調解本身具有的靈活、效率、方便、簡捷的特點，會使效率和效益大打折扣，難以實現運用調解迅速、高效地解決民事糾紛的目的。
2、法律規定上的漏洞造成了當事人濫用反悔權
我國《民事訴訟法》第91條規定:“調解未達成協議或者調解書送達前一方反悔的，人民法院應當及時判決。”民訴法的.這一規定的確賦予了當事人行使處分權的充分自由，但是根據該規定，雙方當事人在審判人員的主持下即使經過協商，達成了調解協議，在調解書送達前任何一方都可以在沒有任何理由的情況下任意反悔而不會受到任何限制。由此造成的結果就是，雙方當事人已經達成的調解協議對當事人沒有任何約束力的情況，這不僅浪費了本來就有限的訴訟資源，而且更嚴重的是損害了對方當事人的信賴利益，使得當事人對於調解協議的約束效力大打折扣。
3、調解的監督機構不健全
我國《民事訴訟法》第182條規定:“當事人對已經發生法律效力的調解書，提出證據證明調解違反自願原則或者調解協議的內容違反法律的，可以申請再審。經人民法院審查屬實的，應當再審。”在實踐中，由於是當事人親自簽訂調解協議，就算是調解違法，要求當事人自己提出證據，並證明調解違反自願原則或者調解協議的內容違反法律，幾乎是讓當事人陷於舉證不能，而法院證明自身的錯誤又談何容易，除非造成嚴重後果，大都會將錯就錯。
（二）實務中的缺陷
1、自願原則與司法強制性的矛盾
在民事訴訟過程中案件的調解和裁判活動均由同一法官或合議庭主持進行。這種調審主體不分離的審判形式具有諸多的弊端：首先，由同一調解法官或者合議庭“一手操辦”案件使得程式的執行得不到監督和制約，法官因此而產生的任意性將有隨時侵害當事人合法權益的危險，法官或者合議庭會有可能略視當事人的自願原則的存在而以自己的意志主導程式的進行而非起引導的作用；更嚴重時，當事人的處分或者不處分行為易招致法官報復性的惡意裁判；其次在案件的調解審理過程中為法官謀取不當利益辦理人情案、關係案提供了可乘之機，極易導致司法的腐朽和權力的濫用。同時，雙重身份還不可避免地使法官陷入先入為主的思維定勢，將其在調解中獲取的與案件有關的資訊和形成的一些判斷帶到審判過程中，其中不能排除對當事人不利因素的存在。
2、調解適用的範圍過寬
民事訴訟法在訴訟調解的適用範圍上極其廣泛，幾乎涵蓋了除特別程式、督促程式、公示催告程式外的所有民事案件。如果對違反法律的強制性、禁止性規定，或者損害公序良俗的民事行為也適用調解的話，會給人一種法院執法不嚴謹的印象，影響國家審判機關工作的嚴肅性，也使一些當事人通過法院調解的合法形式掩蓋一方或雙方的非法目的。此外，民事訴訟法對調解的時限和審級沒有限制，法庭審判是社會正義的最後一道防線，是聖神無上的，其固定規範的程式是不容許隨意破壞、扭曲的。法律對調解的時限和審級模糊規定容易導致法律的尊嚴受到損害，法律的剛性和權威在一定程度上遭到消解。