工資是支付給職工的勞動報酬，也是企業最重要的現金結算款項，但由於主體的利益驅動和會計職員對“老闆”存在著明顯的依附關係，應付工資也是較為輕易出的一種活動負債，所以對應付工資存在的弊端進行，有著重要的現實意義。
一、應付工資存在的弊端
（一）虛報員工人數，虛增應付工資，轉移應付工資。主要表現為：有的單位虛增調進員工，擴大應付工資；有的單位則不刪除調出員工姓名，增加應付工資；有的單位故意不刪除死亡職工，虛增應付工資；甚至有的單位乾脆虛列員工姓名，無中生有，擴大應付工資。並將其金額轉進“小金庫”。
（二）冒領工資、貪婪佔用。主要表現為：有的會計職員利用單位臨時工的活動性特點，捏造臨時工用工人數、多報加班天數、夜班費，串通舞弊擴大工資，然後冒領工資，侵佔工資款項，貪婪佔用。
（三）工資不正確，擴大工資總額。主要表現為：有的不該列進應付工資總額的獨生子女補貼，職工調動工作的旅費和安家費、職工離退休支出、勞動保護費、納稅人負擔的住房公積金、職工生活困難補助、探親路費等列支於工資總額，擴大工資總額；有的固然工資總額專案正確，卻在工資加計總數時混水摸魚，擴大工資總額。
（四）借雞生蛋，損公肥私。主要表現為：有的會計職員將代扣款項瞞天過海，佔為己有；有的單位將代扣款，如代墊的房租、家屬藥費、個人所得稅根本不扣，而是作為福利分給職工。
（五）利用工資用度調節本錢，調控利潤。主要表現為：有的單位為了調節當期損益，將不該列進工資用度的用度列進工資用度，將不該列進生產本錢的工資列進了生產本錢，在治理用度和製造用度之間進行調節；有的單位偏離工資分配的正確分配，在完工產品和在產品之間進行調節，在主要產品和在建工程之間進行調節，從而調節本錢，達到調控利潤的目的。
二、應付工資的審計
（一）制定公道的應付工資審計目標，為實現應付工資審計指明方向。應付工資審計目標具體包括：
（1）明確應付工資的提取和支出依據的合規性；
（2）明確應付工資期末餘額的真實性和正確性；
（3）明確應付工資分配的公道性；
（4）明確應付工資總額的正當性；
（5）明確應付工資報表表露的恰當性。
（二）確定的應付工資審計程式，使應付工資審計不偏離審計目標並有條不紊地進行，從而進步審計工作的質量。
從廣義上來說具體審計程式如下：
（1）應付工資業務控制制度審計；
（2）應付工資業務處理流程審計；
（3）應付工資會計資訊審計。
（三）及時對應付工資業務控制制度進行審計，為實現應付工資審計目標打下堅實的基礎。具體包括：
（1）是否對應付工資建立了授權批准控制。如工資單的增加、廢除和改變是否在取得有關部分負責人正式簽發的書面通知書，由專門規定的行政治理職員或人事部分批准的職員辦理。工資單的總計是否由工資部分編制，並呈報總會計師批准後，才開具支票和工資通知單付款。加班工時和工時卡是否由部分主管書面批准，才作為計發工資的依據。工資單中的扣款事項是否做到每筆扣除數都有書面授權，並符合政策和的要求等；
（2）是否對應付工資所涉及事項進行了稽核控制。如工資銀行賬戶是否每月由不參與工資單編制或分發工資的`職員進行核對與調節。划進“生產”的工時是否與有關工資記錄逐月核對調節；
（3）是否對不相容職務實行了分離控制。如批准實際工時職員是否與編制工資單職員的職務分離。保管人事記錄和工資檔案職員是否與發放工資職員的職務分離。簽發支票職員是否與負責編制工資單職員的職務分離。簽發支票職員是否與空缺支票保管職員的職務分離；