一、將預算外資金納入財政總預算會計核算。
1998年的預算會計改革，行政、事業單位的預算外資金實行“收入按來源、支出按用途”的統一核算，財政總預算會計仍只核算預算內資金，不核算預算外資金。隨著收支兩條線管理改革的深化，部分預算外資金雖然實行了“財政專戶管理、收支脫鉤、收繳分離”，將預算外資金統一納入財政國庫集中支付，但會計核算仍然分設兩套賬，分別執行兩套會計制度，使財政總預算會計與行政、事業單位會計在支出數字上不銜接。實行部門預算改革後己改變了預算內、外資金管理“兩張皮”的做法，而會計核算上仍是“兩張皮”。
因此，將預算外資金納入財政總預算會計統一核算勢在必行。為此，應將預算外收支的繳撥與會計核算，納入財政國庫部門統一管理，取消《預算外資金財政專戶會計核算制度》，在財政總預算會計制度中相應增設有關過渡性的會計科目。在預算外資金全部納入預算管理後，再取消有關過渡性科目，統一按預算內科目核算。
二、將財政對行政事業單位的`基本建設撥款納入行政、事業單位統一核算。
實行部門預算後，預算單位的所有收支己統一納入綜合預算編制，基本建設、事業經費和行政經費的會計核算如繼續搞兩套賬，將會與預算管理口徑不符，不利於資金的統籌安排，不利於完整地反映預算執行和資金使用情況，所提供的會計資訊也不能滿足本單位和上級主管部門的需要。因此，行政事業單位在收入類應增設“撥入基建款”科目，用來核算財政撥入的基建資金；在支出類設定“結轉基建款”總賬科目，下設“結轉自籌基建款”、“結轉財政基建款”兩個明細賬，分別反映基建資金的不同來源。基建資金的結餘收回時，衝減“結轉基建款”賬戶。行政單位年終轉賬時，將“撥入基建款”和“結轉基建款”中的“結轉財
政基建款”互相對衝，對衝後“撥入基建款”賬戶的餘額為財政撥付基建款的結餘款，按規定交回或轉入“結餘一專項結餘”賬戶的貸方。“結轉基建款”中的“結轉自籌基建款”轉入“結餘——經常性結餘”中。事業單位年終轉賬時，將“撥入基建款”和“結轉基建款——結轉財政基建款”對衝，對衝後“撥入基建款”賬戶的貸方餘額為財政撥付基建款的結餘數，按規定交回或轉入“事業基金”賬戶中。“結轉基建款——結轉自籌基建款”賬戶的餘額，按自籌資金的來源渠道分別轉賬；用當年事業收入安排的，轉入“事業結餘”賬戶的借方；用事業基金、專用基金安排的，則直接借記“事業基金”和“專用基金”科目貸記本科目。
三、將社會保險基金納入財政總預算會計進行相對獨立的核算。
目前我國的社會保險基金是納入單獨的社會保險基金財政專戶（以下簡稱“財政專戶實行收支兩條線管理，專款專用，執行的是四種不同的會計核算制度：各級財政撥款補充的社會保險基金，按照《財政總預算會計制度》作一般預算支出核算；稅務機關征收繳入國庫的社會保險基金收入、從國庫劃轉到社會保險基金財政專戶的資金，按基金收支預算核算；納入社會保險基金財政專戶的各項保險基金，按照《社會保險基金財政專戶會計核算暫行辦法》核算；社會保險經辦機構經辦的社會保險基金，按照《社會保險基金會計制度》，分別按基本養老保險基金、失業保險基金、基本醫療保險基金等三套會計科目核算。由於會計核算的不統一，造成財政部門難以提供全面、清晰的社會保險基金會計資訊，不便於直觀地瞭解財政部門管理的社會保險基金的總體規模和收支情況。
為此，無論是繳存國庫的還是繳存財政專戶的社會保險基金，都作為收入核算，撥出時作支出核算，收支進行配比。鑑於社會保險基金大部分是職工個人和所在單位繳存的款項，不同於稅收和行政事業性收費形成的非稅收入，將社會保險基金納入財政總預算會計進行相對獨立的核算，社會保險基金經管機構的資金執行，仍按《社會保險基金會計制度》進行具體核算，財政部門不能替代。