一、現行醫院會計制度存在的缺陷
（一）科目設定缺陷具體表現在：
（1）缺乏對預付款項處理的科目。在醫院購買裝置、緊俏藥品及衛生材料過程中，不可避免會產生預付款的情況，現行制度未設“預付賬款”科目，致使大部分醫院在核算此類業務時，均將其納入其他應收款核算，混淆了醫院診療活動與診療活動以外支付資金的區別，不利於資金管理，同時科目設定也不相匹配，收入中設有“預收醫療款”，而在成本卻缺少與此相對應的科目。
（2）缺乏對銀行票據處理的科目。為解決流動資金短缺，降低資金成本，醫院在付款過程中廣泛使用銀行票據，該業務有別於一般商業欠款，一般到期即付，不可展期，理應單獨作為一類業務核算。現行制度未對這類業務單設科目核算，實際工作中普遍將其置於應付賬款下核算，致使管理者不能識別短期債務風險。
（3）融資租入固定資產核算規定過於粗略。現行制度規定，融資租入時，借記“固定資產”，貸記“其他應付款”，支付租金時，借記“事業支出”，貸記“固定基金”，同時，借記“其他應付款”，貸記“銀行存款”。如此處理未考慮裝置本身在採用這一購買方式中包含的利息費用因素，可能虛估固定資產和固定基金，不符合會計核算中的謹慎性原則，此外對期滿留購、租期內利率變化相應賬務處理均未做出規範，致使核算的準確性大大降低，不能提供準確的相關資訊。
（4）借款費用規定過於籠統。借款建設是醫療行業普遍現象，在整個建設週期中，利息費用是一個很大的數目，對構建資產價值和當期費用影響均較大，現行制度既未對資本化條件、時點做出規定，也未對資本化額、資本化率做出規定，依賴會計人員把握，降低了不同醫院間會計資訊的可比性。
（5）固定資產多渠道列支。現行制度規定“5萬元以下的裝置採購、10萬元以下的維修從支出科目列支，超過5萬元的裝置支出和10萬元以上的維修從專用基金列支”。該規定混淆了資本性支出和收益性支出的界限，大幅降低了當期支出，失去了支出應有的統計意義，給決策者傳遞錯誤的資訊。
（6）淨資產重複計列。在資產購置過程中，從資金總量上看，並不會帶來淨資產的.額外增加，僅涉及資產形態或債務的變化，設定“固定基金”科目虛增了淨資產。且該科目在資產持有期間一直不變，更與事實相違背，資產在實際使用中隨時間、使用情況不斷損耗，自身價值逐步降低，原有價值通過醫療收費和財政補償逐步轉化為流動資產和新的固定資產，轉化的具體數額已在“專用基金”中反映。尤其是在原有資產未處置的情形下，會形成“固定基金”的自我膨脹，更進一步虛增了淨資產。
（二）報表列報缺陷具體表現在：
（1）資產專案以總額列報，未以淨額列報。應收在院病人醫藥費、應收醫療款、其他應收款直接以總額列報。未對準備科目抵減，藥品和藥品差價同時列報，易使報表使用者產生錯覺，樂觀估計可用資源。
（2）列報專案直接以科目餘額填列，致使報表專案不能反映其所代表的真實經濟涵義。如應收款類，貸方餘額反映的是負債，在資產中列報，不僅低估資產，少計準備，而且隱瞞了真實債務；又如長期負債，一年內到期的債務本質是短期債務，不加區分一律在長期負債中列報，易使報表使用者低估短期債務風險。
（3）淨資產分類混亂，實際內容難以理解。國家投入資產通過結餘科目中轉最終放人事業基金，根據結餘提取部分本應放人事業基金又放入專用基金，根據資產總額提取修購實際是資產備抵科目又放人淨資產。這種分類方法非醫院專業人士難以理解，也不利於報表使用者做相關績效評判。
（4）管理費用分攤列報。一定規模的醫院如果按照規定配置，醫療成本和藥品成本應相差不大，較大差別產生於管理費用，而管理費用分攤到醫療成本和藥品成本後，掩蓋了醫院實際管理問題，誇大了兩類成本金額，降低了醫院加強管理的積極性，也不利於考核管理績效。
（5）財務費用分攤計人醫療和藥品成本，降低了不同醫院可比性。不同地區不同醫院負債規模不一樣，利息費用千差萬別，該費用本質是籌資問題，不是運營問題，一經分攤，嚴重扭曲了醫療和藥品成本，同規模不同醫院無法比較成本，也不利於相關方決策。
二、完善醫院會計制度的路徑及建議
（一）明確醫院會計報告的目標根據《事業單位會計制度》規定，現行醫院會計報告目標為“適應預算管理和有關方面瞭解事業單位財務狀況及收支情況的需要，並有利於事業單位加強內部經營管理”。此規定範圍過窄，不適用各方使用要求。目前醫院會計報告的使用者不僅包括主管部門、財政部門、醫院管理當局，還包括銀行等債權人及社會公眾，他們不僅關注醫院財務狀況、經營效率及現金流量，而且關注醫院管理層受託責任履行情況，還要評價管理層管理績效。因此現代醫院會計制度應融進受託責任觀。
（二）建立健全醫院會計科目體系，規範科目使用方法新頒佈的《企業會計準則》在很多科目上使用了以公允價值為計量基礎，《事業單位會計準則》規定公立醫院不以盈利為目的，收費專案均是政府定價，因此《企業會計準則》科目體系及相應規範不能全部借鑑引用，而應根據醫院業務特性，適當增減該，有選擇地借鑑吸收，並對有些業務，如金融投資等適當超前設計，以提高制度的適應性。
（三）完善報表體系在制定報表框架時，首先制定出列報專案的一般性框架，規定必報專案。在資產負債表中增加資本金專案，去除固定基金專案，在損益表中增加管理費用和財務費用專案。其次，規定報表賬目的填報要求，要求所有專案以淨值列報。最後，除資產負債表外，在收入和費用表中增加可比會計報表。
（四）強調重要性原則和謹慎性原則在會計實務中的運用採用重要性原則，對不重要的業務簡化進行處理，可提高工作效率而不致於降低會計資訊質量。謹慎性原則的運用能對公立醫院普遍存在的高估資產和收入、低估負債的傾向有一定的抑制作用，從而提高會計資訊的真實性。