一、海事賠償責任限制與海事賠償責任限制基金的關係
海事賠償責任限制是海商法中的一項特殊制度。海事賠償責任限制，是指在發生重大海損事故時，責任人依法將其賠償責任限制在一定範圍內的賠償制度。本文所討論的海事賠償責任限制，是指“綜合責任限制制度”(Global Limitation Of Liability System)，即因特定場合發生的事故所引起的合同之訴及侵權之訴而向海事賠償責任限制主體提起的請求總合，不同於海上運輸合同中承運人享有的“單位責任限制”(Unit Limitation Of Liability)，也不包括在其他的法律法規中對海事責任主體所規定的責任限制，如船舶油汙損害民事責任等。
關於海事賠償責任限制權利的性質和責任人申請海事賠償責任限制的程式，我國《海商法》和《海事訴訟特別程式法》（下稱《海訴法》）並沒有具體的規定。僅由最高人民法院在(2002)民四他字第38號覆函①中明確指出：“海事賠償責任限制屬於當事人的抗辯權，申請限制海事賠償責任，應當以海事請求人在訴訟中向責任人提出的海事請求為條件，不能構成獨立的訴訟請求。”
海事賠償責任限制基金，是責任人依法向海事法院申請設立的，保證在其責任限制的範圍內向債權人予以賠償的保證金或擔保，它表明責任人要求享受責任限制的意願，對於超過基金限額的部分，責任人可以依法免除其賠償責任，從而保障其所屬船舶或其他財產在基金設立之後不受扣押。
根據《海商法》第213條，責任人在要求限制賠償責任後，可以在有管轄權的法院設立責任限制基金。但是，《海商法》及《海訴法》並沒有要求責任人提出賠償責任限制申請後必須設立賠償責任限制基金。另根據最高人民法院“關於適用《中華人民共和國海事訴訟特別程式法》若干題目的解釋”（下稱《海訴法解釋》）第83條的規定，海事法院在利害關係人對賠償責任限制基金設立提出異議時，僅對基金申請人的主體資格、事故所涉及的債權性質和申請設立基金的數額進行審查。至於申請人是否因《海商法》第209條規定的情況而無權享有賠償責任限制，則需通過實體審理後才能作出認定。所以，海事賠償責任限制基金的設立也並非意味著申請人能夠當然地享受海事賠償責任限制。
因此，在我國目前的司法實踐中，海事賠償責任限制的申請與審理程式是存在於與海損事故有關的海事糾紛的實體審理中，而海事賠償責任限制基金的申請設立則可獨立於海事賠償責任限制申請程式，由當事人直接向有管轄權的法院申請設立。因此，海事賠償責任限制案件中實體審理和程式審理上的分離，有可能導致兩個甚至兩個以上獨立的管轄權。
二、設立海事賠償責任限制基金與有關海事糾紛管轄之間的關係
根據《海訴法》第102條及《海訴法解釋》第81條的規定，當事人可以在訴訟前或者訴訟中申請設立海事賠償責任限制基金。
假如當事人是在訴訟中設立基金，那麼根據《海訴法解釋》第81條，應當向受理有關海事糾紛案件的海事法院提出。也就是說，訴訟中設立基金程式的管轄與有關的海事糾紛案件的管轄是一致的。
但是，假如當事人是在訴訟前申請設立基金，那麼根據《海訴法》第102條，當事人可以選擇向事故發生地、合同履行地或者船舶扣押地的海事法院提出申請。同時《海訴法》也不排除當事人之間的協議管轄。②因此，可能導致審理有關海事糾紛與設立海事賠償基金的法院並非同一法院，對於海事責任限制案件的實體審理和程式審理分別在兩個或者多個不同的法院進行。