一、會計檔案管理中存在的問題
（一）會計檔案保管不規範 有些單位的會計檔案未按要求歸入單位綜合檔案室保管，而是由會計人員自行保管；有些單位沒有成立綜合檔案室，各類檔案分別由具體工作人員保管；有些單位雖設有專職檔案管理人員，但未接收會計檔案；有些單位由於領導不瞭解《會計檔案管理辦法》，要求會計人員自行保管會計檔案；還有個別單位由於檔案箱不足，將會計檔案裝入紙箱中，放在會計室的櫃頂上或任意堆放。
（二）會計檔案立卷不規範 有些單位會計憑證裝訂後沒有封粘，或者已封粘但在封粘處沒有會計人員簽章，會計憑證裝訂封皮專案填寫不全；有些單位的會計憑證、會計賬簿、會計報表以及會計檔案資料混亂放置，活頁賬簿沒按統一標準填寫封面，會計報表各月份分散存放。會計檔案移交時雙方沒有按冊清點，沒有移交清單，沒有按照永久、定期兩類分別保管，不僅查詢非常困難，而且銷燬檔案也不及時，造成會計檔案積累過多，無處存放。
二、解決會計檔案管理存在問題的措施
（一）加強會計檔案管理，理順會計檔案管理體制 實行委派制管理單位的會計檔案，應嚴格按照《檔案法》、《會計法》、《會計檔案管理辦法》等有關規定，明確會計檔案的所有權是委託單位，將委託單位的會計檔案整理規範，在核算中心暫保管1年，期滿後編制會計檔案案卷目錄，連同列印的紙質會計檔案和儲存會計資料的磁介質會計檔案，向委託單位的檔案機構移交。
（二）規範會計檔案立卷 裝訂會計憑證必須使用會計憑證裝訂封皮，封粘裝訂線，並在封粘處加蓋會計人員印章。封皮表面的有關內容必須逐項填寫齊全。裝訂完畢必須按月份的先後順序放入會計檔案（憑證）盒中，必須認真逐項填寫檔案盒面上的內容。年度終了必須封賬，活頁賬簿必須將空白賬頁取出，已設定會計科目但無業務發生的賬頁則應保留。必須按賬頁編號順序填寫“目錄”及“賬簿使用登記表”，與賬簿一併裝訂。裝訂後要將裝訂線封粘，由會計人員在封粘處加蓋印章。年度終了必須將會計報表逐頁編制序號，分別填寫“會計檔案卷內目錄”和“會計備考表”。
（三）規範會計檔案保管 已建立綜合檔案室的單位，財會部門應按綜合檔案室的要求辦理相關手續，將會計檔案移交綜合檔案室保管。未建立綜合檔案室的單位，會計檔案暫由財會部門妥善保管，但要由專人負責。要配置專用箱櫃及防盜、防火、防黴、防蛀設施。對已離任的`會計人員，其會計檔案應交本單位綜合檔案室或財會部門保管，不得自行存放。對已終止會計核算業務的單位或部門，其會計檔案應交上級檔案室保管。凡未移交的單位或個人，應立即辦理移交手續。
（四）規範會計檔案保管的期限管理和銷燬管理 各單位會計檔案的保管期限要嚴格按照《會計檔案管理辦法》的規定執行。會計檔案保管期滿需銷燬時，由本單位會計檔案管理部門提出銷燬意見，會同財會部門共同鑑定，嚴格審查後，編造會計檔案銷燬清冊。機關和事業單位報本單位領導批准後銷燬；企業單位經企業領導審查，報經上級主管部門批准後銷燬。對於其中未了結的債權債務的原始憑證，應單獨抽出另行立卷，由會計檔案保管部門保管到結清債權債務為止。各單位按規定銷燬會計檔案時，應由會計檔案保管部門和財會部門共同派員監銷。監銷人在銷燬會計檔案前，應認真清點核對，銷燬後，應在銷燬清冊上簽名蓋章，並將監銷情況報告單位領導。