隨著經濟的不斷髮展，建設工程專案日益增加，基建、修繕工程預決算審計中暴露出來的問題也日益突出。如何充分發揮建設資金投資效益，保護資金使用安全，避免損失浪費，保證基建工程的竣工決算質量，是基建工程審計人員面臨的重要課題。實踐和理論探索證明，全過程跟蹤審計方法是對建設工程風險控制的有效措施。
一、認真研究合同檔案，嚴格區分業主和承包單位的權力義務及合同風險
隨著國際通行工程承包合同的推廣，目前我國大部分工程均採用工程量清單報價的固定單價承包合同，即在工程招投標時，由招標人按國家統一的工程量計算規則提供工程數量，由投標人自主報價，經評審後按低價或合理低價中標。合同相關技術和商務條款，對各個工程量清單子項的技術及工藝要求、施工規範標準、工程量計量計價原則都進行了詳細的約定，要求承包單位在滿足合同要求和充分考慮風險的前提下，自主報價。承包單位為了中標，在投標時往往對工期、質量等各項承包義務做出高標準承諾，且在投標報價時一般採取低價競標的策略，而在履行合同時，又千方百計通過補充補償協議、工程變更、索賠等方式，儘可能地向業主轉嫁風險，爭取更多利益。由於業主和監理單位履職不到位、造價管理經驗不足，造成工程造價增加。根據近幾年來的工程造價審計實踐經驗來看，未嚴格履行合同約定而違規增加工程造價的問題，是目前工程結算中情況最為普遍，且對工程造價的影響也最大。
二、加強過程跟蹤審計，對整個施工過程進行全過程審計控制
1、檢查工程結算總額是否超過預算總額，預算變更及調整是否經有許可權有領導審批；單項工程預算編制是否真實、準確，包括工程量計算是否符合規定的計算規則，是否準確；分項工程預算定額選套是否合規，選用是否恰當。
2、注意簽證手續是否齊全，檢查簽證單是否有業主駐工地代表、承包商、監理工程師的簽字蓋章。簽證在簽字過程中模仿筆跡、變相影印、其他人代筆等多種形式。檢查簽證有無雙方單位蓋章，印章是否偽造，影印件與原件是否一致等是稽核的重要內容。
3、.注意工程量的是否相符，要稽核工程量時，特別注意是對於工程量的簽證，稽核時必須到現場逐項丈量、計算，逐筆核實。特別是對裝飾工程和附屬工程的隱蔽部分應作為稽核的重點。因為這兩部分往往沒有圖紙或者圖紙不很規範，而現場勘察又比較困難。對破壞性的稽核也不能大多。
4、注意裝置價格和檢查質材的檢查。在對裝置或材料進行審計時應注意合同價格的合理性，材料與質量是否與合同約定相一致，並將審查合同裝置清單及財務結算髮票相結合，對工程所需的裝置，要看採購合同清單，如果屬於業主直接採購的裝置，要注意裝置採購的運雜費、保管費的支付情況。
三、通過對預、結算進行全面、系統的檢查和複核，及時糾正所存在的錯誤和問題，使之更加合理地確定工程造價，達到有效地控制工程造價的目的
1、工程量的稽核。工程量的誤差分為正誤差和負誤差。正誤差常表現在土方實際開挖高度小於設計室外高度，計算時仍按圖計。樓地面孔洞、地溝所佔面積未扣；牆體中的圈樑、過樑所佔體積未扣；鋼筋計算常常不扣保護層；樑、板、柱交接處受力筋或箍筋重複計算等等；正誤差表現在完全按理論尺寸計算工程量，專案的遺漏。因此對施工圖工程量的稽核最重要的是熟悉工程量的計算規則。一是分清計算範圍，如磚石工程中基礎與牆身的劃分、混凝土工程中柱高的劃分、樑與柱的劃分、主樑與次樑的劃分等。二是分清限制範圍，如建築層高大於3.6m時，頂棚需要裝飾方可計取滿堂腳手架費用，現澆鋼筋混凝土構件方可計取支模超高增加費。三是應仔細核對計算尺寸與圖示尺寸是否相符，防止計算錯誤。對簽證憑據工程量的稽核主要是現場簽證及設計修改通知書應根據實際情況核實，做到實事求是，合理計量。稽核時應作好調查研究，稽核其合理性和有效性，不能有簽證即給予計量，杜絕和防範不實際的開支。
2、套用單價的稽核。工程造價定額具有科學性、權威性、法令性，任何人使用都必須嚴格執行它的形式和內容、計算單位和計量標準，不能隨意提高和降低。在稽核套用預算單價時要注意如下幾個問題：
一、對直接套用定額單價的稽核——首先要注意採用的專案名稱和內容與設計圖紙標準是否要求相一致，如構件名稱、斷面形式、強度等級（混凝土標號、水泥砂漿比例）等。其次工程專案是否重複套用。如塊料面層下找平層；瀝青卷材防水層，瀝青隔氣層下的冷底子油；預製構件的.鐵件；屬於建築工程範疇的給排水設施。在採用綜合定額預算的專案中，這種現象尤其普遍，特別是專案工程與總包及分包都有聯絡時，往往容易產生工程量的重複。另外定額主材價格套用是否合理，對有最高限價的材料的定額套用的規定等。如花崗石、大理石、木地板、外牆裝飾板等，主材價格未超過最高限價的，按定額規定，以預算價進入直接費，按實計補價差；主材價格超過最高限價的，則以最高限價進入直接費，按實計補價差。
二、.對換算的定額單價的稽核——除按上述要求外，還要弄清允許換算的內容是定額中的人工、材料或機械中的全部還是部分？同時換算的方法是否準確？採用的係數是否正確？這些都將直接影響單價的準確性。
改革傳統的建設專案審計監督模式，建立起真實性、合法性、效益性審計“三同步”的全方位監督模式。，以嚴格的程式、有力的手段，加強審計業務管理，規範執法行為，提升審計質量和水平，把好監督關口，向監督要效益。