正確理解企業內部控制與內部會計監督的關係
《中華人民共和國會計法》要求，“各單位應當建立健全本單位內部會計監督制度。”這裡的內部會計監督實際上就是內部會計控制。從狹義上來看，企業內部控制實質上也就是企業內部會計控制。按照《審計具體準則第9號——內部控制與風險》的解釋，內部控制是管理當局為了確保以有序和有效方式實現管理目標，包括遵循管理制度、保護資產的安全、防範和發現錯誤與舞弊、確保會計記錄的準確和完整、及時編制可信的財務資訊而制定的管理政策和控制程式。從這個定義所涵蓋的內容也可以看出，這裡的內部控制與我們所理解的內部會計控制或內部會計監督的涵義不謀而合。
正確處理企業內部控制制度與會計道德自律的關係
企業內部控制制度與會計道德自律兩者之間評價要求、標準不同，內部控制制度要求的是“必須”、“硬性的”規定，客觀上規範著會計人員及其他當事人的工作行為，會計道德自律要求是“應該、、“軟性的”約束，是靠理念、習慣、傳統和教育的力量來維繫的。但要使企業內部控制制度能夠得以落實，還必須依靠會計道德自律的力量。執行制度的是人不是物，企業內部控制制度落實好壞與否，重要的還取決於會計道德自律水準的高低。從這個意義上講，會計道德是執行企業內部控制制度的保證。
正確處理傳統內部控制方式與新型內部控制方式的關係
隨著計算機、網路技術在會計中的廣泛應用，會計技術手段全面更新，使得企業內部會計控制的準確性、效率性達到了前所未有的.高度，一些傳統的核對、計算、儲存等內部會計控制方式都被計算機這個新型內部控制方式輕而易舉地替代。但任何先進手段都是被人所指揮、所掌握，一些傳統的企業內部會計控制制度如職務分離控制、業務程式控制等仍有自身生存和發展的土壤，仍將有效地發揮自己的積極作用，在採用新型內部控制手段時，要結合堅持傳統有效的內部控制方式。否則，已經出現多起的利用高新技術和電腦舞弊犯罪之類的活動還會繼續在我們身邊發生。
正確處理企業內部控制效果與控制成本的關係
企業內部控制效果與成本應該是正相關的，但也並非絕對。如按職務分離控制要求，記賬人員與經濟業務事項和會計事項的審批人員、經辦人員、財物保管人員的職責許可權應當明確，並相互分離、相互制約；業務程式控制要求每項經濟業務事項和會計事項從發生到終結都要按照事先規定的授權——執行——記錄——複核等互相牽制的程式進行辦理，特別是執行、記錄、複核不得由一人包辦等等。所有這些控制效果，是建立在一定的內部控制人員成本和其它相應成本基礎之上的。但也並不是內控人員愈多，耗費成本愈大，效果就愈佳，關鍵在於內控人員職責要明確，許可權要清晰並要盡責盡力。要在實踐中逐步探尋一個內控效果與內控成本的合理結構比例，同時藉助於企業“外控”(外部審計和外部其它控制手段)的壓力與動力支援，既取得良好的內控效果，又能儘可能地節約內控所耗費的成本。
正確處理企業內部控制層次與工作效率的關係
企業內部控制人員、層次增加一成，從理論上講，企業內部經濟舞弊犯罪的可能性就減少一成，內控效果就會好一些。企業內部控制經過決策、授權、執行、審批、報賬、記賬、出納、稽核、複核、稽核等等一系列層次(或人員)，只要這些內控層次(或人員)守土有責，經濟舞弊犯罪活動若想擺脫這一層層內控機制的監控，決非易事。在實際工作中，不能僅僅過於追求企業內部控制的層次形式，企圖以增加層次的“人海戰術”來獲得較好的內控效果，結果可能因此貽誤“戰機”，得不償失。而須以高效、有用為出發點，合理設定內控層次(或人員)，明確各個層次的職責許可權，強化各相應層次的責任心，提高企業內部控制的有用性和效率性。