（一）重複徵稅
由於我國實行生產型增值稅，對當期購入固定資產的已徵稅款不允許抵扣，從而使這部分稅款資本化，分期進入產品成本中，成為其價格的一個組成部分。當產品以含稅價格銷售到以後的生產經營環節時，再增值、再徵稅，形成重複徵稅。而且產品流通次數越多，重複徵稅就越多。
（二）不利於產品在國際市場上競爭
加入WTO後，我國的產品將廣泛走入國際市場。出口產品以不含稅價格參與國際市場競爭是國際上的通行做法。為鼓勵產品出口，我國還採取“徵多少、退多少，徹底退稅“的原則。但由於是執行生產型增值稅，不允許抵扣的固定資產已徵稅款進入成本後，不僅導致出口產品的價格提升，而且出口退稅也不徹底。另外由於無形資產不屬於增值稅範圍，對那些智慧財產權含量高的產品，其產品中所含的營業稅不在出口退稅範圍之內，這樣也加大了出口產品的成本，不利於產品在國際市場上競爭。
（三）不利於調整和優化產業結構
由於生產型增值稅不允許抵扣固定資產的已徵稅款，這必然導致資本有機構成高的企業稅負重於有機構成低的企業。如能源、化工等基礎，其固定資產投資大，原材料消耗比重小，因而能抵扣的稅款比重小，企業稅收負擔重；而一些加工、零售業，由於固定資產比重小，能抵扣稅款的原材料比重大，因而企業稅負相對輕。這樣不僅對加工業的擴張起了誘導作用，而且抑制了我國本應鼓勵優先的基礎行業，阻礙了我國產業結構優化和調整的程序，不符合我國目前的產業政策發展方向。
二、增值稅需要轉型
增值稅按著稅基的寬窄不同分為三種類型：生產型、收入型和消費型。三種類型的主要差別在於對購進固定資產已徵稅款的抵扣上，生產型增值稅不允許抵扣；收入型允許抵扣當期轉移到產品價值中去的一部分已徵稅款；消費型對固定資產已徵稅款允許一次抵扣。由於抵扣方式和時間上的不同，三種類型增值稅對發展和財政收入都將產生不同的。
（一）的選擇
1994年稅制改革時，我國選擇生產型增值稅主要基於當時的經濟發展環境。首先，由於當時的投資體制還不完善，經濟發展有些過熱，非理性投資引起了投資膨脹，採用生產性增值稅有助於抑制投資膨脹，同時為實現我國經濟“軟著陸”奠定了一定的制度基礎。其次，由於不允許抵扣固定資產已徵稅款，也就限制了資本有機構成高的產業發展，有利於技術含量低勞動密集型企業迅速擴大，這可以解決當時一部分下崗職工再就業，為緩解就業提供了制度保障。再次，生產型增值稅的稅基大於收入型和消費型增值稅的稅基，因此實施生產型增值稅有利於財政收入的取得。
（二）增值稅需要轉型
相對於生產型增值稅存在的缺陷及新經濟環境下企業技術進步、技術創新的迫切要求，生產型增值稅已完成了歷史使命。我們認為實現轉型是歷史的必然，關鍵在於目標型別的選擇。實行收入型增值稅從某種意義講比較容易為納稅人所接受，同時對國家財政收入影響不大，但並沒有從根本上解決重複徵稅，不符合增值稅立稅本意。而且實行收入型增值稅會給增值稅管理帶來難度：一是企業固定資產核算複雜，就目前的徵管水平，很難準確核定出折舊，從而增加了徵管難度；二是會動搖增值稅憑票扣稅這個基礎，給增值稅的徵收管理帶來更大的問題。
因此，根據我國目前經濟發展具體情況，選擇消費型增值稅則是一個鼓勵企業實現技術創新的政策取向。所謂消費型增值稅，是允許納稅人在增值稅時，扣除當期因生產產品或勞務而外購的原材料、燃料、低值易耗品、包裝物等的已徵稅款，同時允許一次性抵扣當期外購固定資產的已徵稅款。
如果實施消費型增值稅，首先，將徹底消除重複徵稅的可能，而且使固定資產一部分投入能提前得到補償，這有利於加速企業資金週轉，充分調動企業投入的'積極性；其次，有利於實現市場對資源配置的基礎作用，實現不同行業、不同組織形式的企業真正的公平稅負、平等競爭；再次，有利於進出口貿易，在進口環節上，如果國內產品銷售採用消費型增值稅，可使國內產品的稅負輕於進口產品，從而抑制進口。在出口環節上，消費型增值稅能夠實現全面抵扣已徵稅款，符合終點課稅原則，最容易保證足額退稅。