內部審計與內部控制是行政事業單位實施管理的關鍵環節，兩者之間互相協作，促進行政事業單位的發展。內部控制是行政事業單位和企業管理的核心，內部審計促進內部控制的可持續發展。但是，從現在行政事業單位的發展狀況來看，內部控制和內部審計工作還存在很多的不足，如，行政事業單位缺乏科學的內部控制制度、內部審計單位設定不合理等，只有完善和解決內部控制與內部審計中存在的問題，才能推進行政事業單位的高效發展。
一、行政事業單位內部控制與內部審計存在的問題
(一)缺乏科學的內部控制制度
目前，很多行政事業單位都有一定的問題，主要表現為單位的內部控制制度不夠完善，制度難以實施。導致單位只能使用財務管理制度來替代內部控制，限制了內部控制範圍，財務管理制度只能按規定的資金使用方向對單位實施內部控制，難以保障資金的安全性。行政事業單位內部缺乏完整有效的內部控制制度，只憑藉著財務人員以往的工作經驗實施控制，對單位內控監管就大打折扣。
(二)對內部審計的重視程度不夠
行政事業單位如果對內部審計沒有足夠的重視，則會影響單位內部審計的有效性。近年來，部分行政事業單位領導認為單位的內部審計工作和自身的利益存在很大的衝突，對內部審計工作產生一定排斥。還有部分單位領導對內部審計工作有這樣的認識，認為內部審計工作主要由財政核算中心進行稽核，並且有相應的審計部門來實行定期審計，因此，建立內部審計部門好像對審計工作沒有多大的幫助。這就難以保障內部審計必要性和權威性。
(三)單位內部機構設定不合理
現階段，部分行政事業單位負責人對會計控制知識並不是很瞭解，認為會計就是記賬、算賬以及報賬，並不會關注單位內部控制的建設、經費投入等工作。此外，行政事業單位的工作人員較少，造成很多部門出現不合法的兼崗現象，很難實現不相容職位相分離，管理人員與保管人員之間並沒有明確的職權，單位的領導沒有對相關負責人的職權進行審批，導致工作難以開展，這樣的管理方式受到管理層的控制，導致行政事業單位內部控制制度的'作用難以發揮出來。
二、加強行政事業單位內部控制與內部審計的策略
(一)健全行政事業單位內部控制體系
科學有效的內部控制體系能夠確保內部控制的工作效率，近幾年，財政部制定了很多關於行政事業單位內部控制與內部審計的工作規範制度。由於行政事業單位的經費管理與資金來源非常特殊，單位必須要結合自身的內部控制管理體系，制定相應的授權審批制度以及內部財產管理制度等，充分明確內部控制人員的工作職責，進而完善與健全行政事業單位的內部控制制度體系。首先，應該合理設定單位內部控制崗位，明確內部控制崗位責任，科學地規劃內部控制工作程式，制定內部控制措施，使內部控制的業務流程規範有效、清晰簡潔；其次，單位內部可以制定相關的內部控制制度，主要有財務管理、會計核算、費用支出以及資金管理制度等，進行系統性的設計、監督內部控制管理體系；最後，單位內部的財務部門應該充分了解單位重要事項的決策與結果，對單位業務部門實施嚴格的財務控制，並加大對被審計部門的監管力度，構建科學有效的內部控制制度，同時增加對外部管理工作的監督，進一步健全行政事業單位的內部控制體系。
(二)強化行政事業單位內部審計監督
隨著行政事業單位的發展，要確保單位資金資產安全，促使內部控制行之有效，必須加強內部審計與監管。首先，行政事業單位要建立健全內部審計機構，成立專門的內部審計部門，並在單位負責人的直接領導下開展工作。要賦予內部審計部門相應的職權，保證內部審計的獨立性和權威性。其次，要強化單位內部審計監督與考核，對行政事業單位經濟活動和重大財務收支事項進行定期的審計與考核，並對稽核的結果進行分析與評價，找出行政事業單位內部控制中的設計缺陷和薄弱環節，對內部稽核中出現的問題及時改正糾偏，進而完善行政事業單位的財務管理制度、內部控制制度，規範會計核算方法。最後，行政事業單位還應不折不扣地落實好內部審計意見，杜絕把內部審計部門作為擺設、把內部審計意見擱置一邊、依舊我行我素的局面，要通過嚴格執行審計意見和審計建議，不斷完善規範規章制度，加強單位內部控制，進而全面提高行政事業單位的內部管理水平。
(三)提高行政事業單位內部審計人員整體素質
要想做好行政事業單位的內部審計工作，就必須提高審計人員的專業知識、整體業務水平以及綜合素質。由於多方面原因的限制，導致很多審計人員的綜合素質較低。因此，提高行政事業單位內部審計人員的基本素質和綜合能力，是審計工作順利開展的有效保障，同時也是行政事業單位提高審計質量、加強內部控制的重要環節。因此，行政事業單位必須依法構建嚴格的用人標準，加強對審計人員的素質要求，配備的審計人員必須要具備非常強的思想素質、優良的道德品行、紮實的專業知識、熟練的業務技能以及敏銳的思維能力等。
三、結束語
隨著國內行政事業單位內部控制制度的完善，很多單位也開始關注和重視內部控制，而內部審計在內部控制中的作用也逐漸顯現出來。行政事業單位是一個國家政策落實的執行者，相關的領導要不斷加強行政事業單位的內部控制管理機制，尋找更有效的途徑和方法加強內部審計與內部控制，從而推動行政事業單位的健康持續發展。