內控對一個單位或企業的發展非常重要，可以防範很多風險，也可以間接地節約成本費用。各行政事業單位積極推進內部控制建設'，取得了初步成效。但也存在部分單位重視不夠、制度建設不健全、內部控制意識相對薄弱等問題,完善行政事業單位會計內部控制工作還需要進一步的探索和完善。
1.行政事業單位會計內部控制存在的不足
現階段行政事業單位領導和管理人員都對會計內部控制給予了一定的肯定,但是受各種因素的影響，行政事業單位會計內部控制工作開展過程中還存在較多的不足，具體表現在以下幾個方面：
1.1行政事業單位會計內部控制意識相對薄弱行政事業單位領導更重視會計核算這方面的工作,對會計內部控制卻沒有給予更多的重視,這種“重核算，輕內控”的思想觀念給行政事業的會計內部控制工作的效率和質量帶來了極大地影響,使得行政事業單位日常財產清查、會計監督以及內部審計等工作不能做到有效的連結，影響了事業單位內部控制作用不能得到有效發揮，加之財務工作人員沒有給予內部控制更多的認識，也阻礙了會計內部控制職能的發揮。
1.2行政事業單位會計內部控制機制不健全在整個行政事業單位中,會計內部控制制度在平常工作中沒有涉及較多範圍,造成會計工作者在長期的工作過程中懶散的工作態度,而一些規模較大的行政事業單位經常出現財務和管理分離的狀況。在整個會計內部控制制度中,各部門職能的不明確。加上會計內部控制預算管理工作執行力較弱,預算編制與實際執行有一定差距等情況的出現,都主要是由於行政事業單位會計內部控制制度不健全造成’機制的不完善從而影響了內控作用的發揮。
1.3行政事業單位會計監督的作用未得到發揮行政事業單位內部審査管理力度的不夠,造成行政事業單位對會計工作以及平常的一些經濟事務無法做到有效監督,會計監督作用不能得到有效發揮,也大大降低了行政事業單位內部監督機制作用的發揮。加上部分行政事業單位過分的看重預算管理工作,沒有真正的發揮監督審查職能，缺乏對業務管理工作的重視,更沒有做到會計財務管理與業務管理脫節的有效結合,造成事業單位內部經費支出不夠規範化，業務流程不能得到有效執行，大大影響了行政事業單位工作的開展。
2.行政事業單位會計內部控制工作完善措施
2.1加強會計內部控制制度建設
要想切實加強行政事業單位會計內部控制建設,首先就要完善相關的制度建設，提髙單位內部控制活動的規範性和有效性。單位必須加強對財務人員的職能控制，實現會計記錄與業務經辦相分離、財產保管與會計記錄相分離、業務稽核與業務經辦相分離，形成完善的內部牽制制度,同時還需要建立完善的財務管理制度、資產管理制度。這樣才能更好的幫助會計工作更規範化。其次，單位要建立健全財務會計人員獎懲制度，鼓勵會計人員揭發會計失真現象，堅決杜絕尋私舞弊現象的出現，充分發揮會計內部控制的監督職能，確保企業財務和會計資訊的'真實性和完整性。
2.2完善行政事業單位內部審計監督機制行政事業單位會計內部控制的另一個重要內容就是內部審計監督機制,這樣才能保證制度切實發揮作用。首先,行政事業單位要完善會計內部審計機構設定,對於外部審計可以委託專門的註冊會計師事務所進行，內部審計由單位內部審計部組織實施，從而提高單位審計工作的科學性，保障會計內部控制制度的實施效果。其次，要加強行政事業單位審計制度體系建設，根據單位的實際發展情況科學的設定會計內部控制審計評價規範，包含審計制度的建立、評審方案的設計與運用、審計結果評價等各個方面，還要制定合理的審計評價標準以及科學的審計評價指標,建立一套科學有效的審計方法，最終使審計工作成為單位會計內部控制工作的重要輔助力量。
2.3堅持以人為本,提升會計人員素質行政事業單位會計內部控制制度最終是需要在實踐環境中去落實和檢驗,所以優化行政事業單位內部控制環境尤為必要。對於行政事業單位內部控制環境來講,會計內部控制度是由專業管理人員制定出現，但落實和完善則需要依靠行政事業單位員工和部分工作人員,人是影響其制度落實的關鍵。因此，行政事業單位需要強化人力資源管理工作,堅持以人為本，進行現代人力資源的管理和控制。首先是要嚴格把控用人,對行政事業單位會計內部控制有關人員進行嚴格控制,確保重要崗位人員充分發揮其作用。其次就是要做好會計人員的培訓工作,提升行政事業單位內部會計人員的專業技能和業務素質，全方位落實行政事業單位會計內控制度。第三就是要進行員工職業意識的強化，培養會計工作者控制意識、責任意識和法治意識,事業單位可以通過開展一系列的活動，讓會計工作者真正的在實踐中提升自身的責任意識，同時可以邀請著名的法律專家為會計員工進行法律知識的講座,讓會計工作人員都提升自身的法律觀念和意識。
3.結束語
行政事業單位在整個社會中佔有重要位置，所以需要行政事業單位能夠強化自身的會計內部控制意識，健全會計內部控制制度，做好會計內部監督等有關工作,真正的確保行政事業單位財務的真實和有效。當然更需要行政事業單位做到與時俱進,結合我國經濟形勢的變化進行調整和完善，確保行政事業單位今後的順利執行。