（一）認定機構要複核的風險
按照《高新技術企業認定管理辦法》的規定，企業被認定為高新技術企業後，每年要向科技部門提交自查表;要向稅務局提交減免稅備案資料和研發費用加計扣除備案資料；每月要向統計局填報高新企業統計表。企業如果在提供資料前不仔細核對，同一財務指標如營收收入相互不一致或者故意提供虛假資料則可能被科技部門、稅務局、統計局要求進行情況說明。
（二）認定機構要複審的風險
企業獲得高新技術企業資格證書後每隔三年要接受高新複審，高新技術企業複審仍需要重新提交研發費用等各項資料，如果研發費用佔管理費用比重的指標和毛利率指標不符合高新技術企業認定要求。高新技術企業資格證書將被取消，企業就不能享有稅收優惠政策。
（三）會計核算不規範的風險
1.不遵守會計準則。高新技術企業的稅務風險有相當一部分是由於收入費用核算不準確造成的。而收入費用核算不準確的原因主要是因為企業財務部門人員責任不強或者業務素質低。一些企業為了節約成本，廉價招聘不具備會計資格的人員擔任會計核算，以至於企業每次被稅務部門作為納稅檢查的重點對像。
2.研發費用佔管理費用比重不合理。《高新技術企業認定管理辦法》第九條規定，企業取得高新技術企業資格後，減免稅條件發生變化的，不能享受減免優惠，應按規定繳納企業所得稅。《企業所得稅法實施條例》第九十三條規定，高新技術企業的條件包括研究開發費用佔銷售收入的比例不低於規定比例。一些企業將屬於研發過程的部分費用歸集為製造費用，造成低估研發費用，一些企業將不屬於研發過程的部分費用歸集研發費用，這兩種方式都會造成研發費用佔管理費用比重不合理，都有可能引起稅務機關的關注，一旦被認定不滿足高新技術企業條件的，則不能享受減免優惠。
3.毛利率不合理。高新技術產品毛利率一般較高，但是由於企業核算不準確使得處於成長期和繁榮期的企業的毛利率與同行相比偏低，而處於衰退期的企業的毛利率與同行相比偏高。所以企業要注意分析毛利率不合理的具體原因，以免引起稅務機關的高度關注，一旦被認定不滿足高新技術企業條件的，企業就不能享受減免優惠。
二、如何做好稅務風險防範管理
（一）加強後續管理
1.成立專門的企劃部門負責跟蹤落實高新認定的標準，保證每年都滿足認定條件;另外企劃部也要負責研發活動、研發費用制度化的跟蹤和落實。企業在日常管理中就按有關高新認定的要求做，以防患於未然。
2.在提交複核複審資料的前，企劃部應該仔細的比對往年的備案資料，除了有合理理由外企業不能隨意調整已經備案的資料，如果必須調整已經備案的資料，企業應在未進行備案的年度進行調整，保證複審提交的資料與往年備案的資料在資料上保持一致。企劃部在提交複核複審資料前要由財務主管稽核，財務經理二次稽核，財務總監最後把關。3.最後企劃部對提交的.資料（如研發費需要合同、協議、成果報告、鑑定意見書）要建立臺帳進行專門的歸檔和保管。另外企劃部在工作中遇到了困難，應向公司領導溝通尋找解決問題的辦法，防止稅務風險的發生。
（二）加強內部審計與自查
企業要注重稅收風險管理的內部監督，要做好稅務、財務審計和稅務自查，為企業合理納稅提供保障，規避稅務風險。具體來說，在日常工作中，企業應該做好會計核算，定期對涉稅業務進行審計與自查，如果發現問題要立即查明原因並改正。對於在高新技術申報過程中，企業可聘請稅務專家來公司進行輔導培訓或代理申報，也可聘請精通稅務的專業律師長駐公司提供稅務諮詢或顧問服務。對於專題複審複核報告，企業可採用專項審計等方式，也可聘請專業稅務代理機構來指導稅務審計。
（三）建立業務能力過硬，責任心強的稅務人才隊伍
企業穩定和發展離不開人才，同樣稅務風險管理工作要做好也離不開專業人才。企業管理層要重視高素質的會計核算和稅務管理人才，因此企業要吸收和挽留高素質的會計核算和稅務管理人才，企業要給予他們優越的工作環境、好的激勵機制和及時的培訓機會，讓他們能感覺到作為企業的一員應該為企業創造出最大的價值。
（四）提高核算的準確性
企業要提高會計核算的準確性，要遵守會計準則，要全面地掌握國內外的稅收優惠政策及其變化和國際稅收協定；要和研發部門進行溝通，對企業研發和生產經營過程中同時消耗的人工費用進行準確、合理的計算和區分，準確核算其中的研究開發費用，以保證向稅務部門提供資料的準確性；對研發費用設定專門的科目，準確歸集並計算研發費用；要注重研發費用佔管理費用比重及合理的毛利率。