企業內部控制體系的建立，應重點體現在控制環境和財務控制兩個方面。
一、控制環境
控制環境是指對建立、加強或削弱特定政策、程式及其效率產生影響的各種因素。控制環境是內部控制體系的核心和基礎。控制環境不但直接影響內部控制的建立，還直接決定內部控制實施的效果以及內部控制目標的實現。影響內部控制的環境因素表現在：企業領導層的合理配置和經營理念、企業組織結構與權責分配、企業員工職業素質和品行以及管理模式等。因此，要健全、加強和完善內部控制，必須優化控制環境。
第一，建立良好的企業經營理念。企業經營理念是指企業在經營活動中企業領導層與員工之間培養或形成一體的意念，實際上是企業的經營哲學和企業精神的結合體。建立科學的企業經營理念：一是為了企業的長遠經營和發展確定戰略目標；二是凝聚企業員工精神力量的基礎；三是規範企業員工的企業行為和社會行為的基本準則；四是企業形象基本要素。企業經營理念是企業文化的濃縮，是企業領導人事業宗旨的體現，是員工精神目標的確定。
第二，建立良好的企業組織結構。企業的組織結構是提供規劃、執行、控制和監督活動的框架。良好的組織結構以執行工作計劃為使命，並具有合理科學的職位層次，流暢的資訊溝通渠道，協調的時間效率和愉快的合作關係。一個良好的企業組織結構，可以清晰界定資、權、利，從而強化和形成控制環境。
第三，建立良好的企業領導的激勵約束機制。內部控制作為企業管理的一個重要組成部分，它理所應當地要按照企業領導正確的意圖執行，尤其是主要領導的決策更具有決定性作用。因此，在企業內部控制系統執行過程中，企業領導所起的作用舉足輕重。企業領導的素質直接影響到企業的'行為，進而影響到企業內部控制的效率和效果。要建立完善的內部控制系統並使之真正發揮應有的作用，必須提高企業領導特別是主要領導的綜合素質。為此，一是人事管理部門要建立一個成熟、合理的企業領導人才管理庫，形成一個約束、監督與激勵企業領導的外部機制；二是建立一種約束激勵的控制方式，來引導企業領導的行為；三是從法律法規或制度方面要求企業領導搞好內部控制工作，並制定相應的懲罰性措施，以提高企業領導的素質。
第四，提高員工素質和對內部控制制度執行的認識。如果員工判斷錯誤或違背內部控制制度程式，甚至相互串通舞弊，就可能導致健全的內部控制部分或全部失效。因此，內部控制系統所設定的各個崗位，必須擇定精明強幹、忠於職守的員工承擔。在日常管理中，對員工要加強宣傳教育，使管理人員和員工充分認識內部控制的重要性；採用科學、合理、適用的人員管理制度和控制措施；關心員工生活和健康；加強職業道德教育，建立激勵機制，加強考核，促使員工按制度完成本職工作。
第五，建設良好的企業文化。企業文化是一種無形動力，它影響企業員工的思維、理念和行為。良好的企業文化可以促進企業的發展，激發企業員工的不斷進取，反之可能使企業陷入困境，弱化員工的凝聚力和進取心。
二、財務控制
財務控制是企業從財務的角度對經營活動和過程進行監督控制，為保證經營活動的有效進行和資產的安全、完整，保證會計資料的真實、合法、完整而制定和實施的政策、措施及程式。完善、合理、科學、適用的財務控制有利於企業改善經營方式，形成有效的科學決策、執行和監督機制，確保企業經營管理目標的實現；堵塞漏洞、防止並及時發現和糾正各種舞弊行為，保護企業財產的安全；規範企業會計行為，提高會計資訊質量。
目前，從企業經營情況看，財務控制方面主要存在以下問題： 一是收入不及時結轉，推遲確認當期利潤；二是成本費用管理不嚴，亂擠亂攤成本現象比較嚴重；三是不相容崗位職責劃分不清；四是往來賬目管理不善，藏收藏支；五是物資採購管理不嚴，加大了管理成本、資金成本；六是財務控制具有侷限性，不能對企業領導提供絕對擔保，不相容職務的分離不能防止兩人以上或部門合夥作弊，不能防止財務人員因粗心大意、理解或判斷錯誤曲解指令，不能有效防止管理越權行為及濫權。因此，財務控制應注意以下幾個方面：
第一，建立財務組織機構控制。一是明確企業財務管理委員會、企業分管領導和財務主管領導的職責和權利；二是實現不相容職務分離：授權與執行經濟業務的職務分離，執行與稽核的職務分離，執行與記錄經濟業務的職務分離，保管與記錄財產的職務分離；三是實現組織機構的相互控制，保證各部門在授權範圍內的職權不受其他部門的干預，同時每一項工作在運作過程中接受其他相關部門的檢查和監督。
第二，完善財務授權批准控制。在處理經濟業務時，必須得到授權批准。明確授權批准，可以確保重大的經濟業務事項能夠通過集體研究和決策，防止某些部門或某個上級的許可權過大和權利超越，獨斷專行，造成不必要的損失和浪費。
第三，突出財務會計系統控制。要根據《會計法》和財務會計制度以及企業的上級組織確定的財務會計管理辦法，制定適合本企業實際情況的財務會計制度和管理辦法，明確會計業務的處理程式，建立和完善會計檔案保管和會計人員工作程式，實行會計人員崗位責任制，充分發揮財務會計的監督職能。
第四，明確財務控制的重點。一是預算管理控制。包括籌資、融資、採購、生產、銷售、投資、管理等經營活動的全過程。控制環節是預算編制所確定的企業的經營管理目標、責任的科學性；預算指標分解的合理、科學性；預算在執行中授權批准調整的嚴肅性，及時或定期反饋預算執行情況；預算執行結果的考核及獎懲的嚴格性。二是財務資產控制。控制環節是資金管理，主要是賬戶管理、銀行存款日常管理、內部資金劃撥、支付結算、庫存現金管理、銀行承兌匯票管理、其他應付款管理；固定資產管理；無形資產管理、債權管理、對外擔保的稽核等。三是實物資產控制。控制環節是實物資產的安全、完整、有序、合理、有效使用。資產的購置由專職管理人員驗收、登記、保管；資產的使用實行全程管理，責任到人；資產的處置由單位領導集體研究決定，並報國有資產管理機構稽核備案。四是成本控制。控制環節是原材料採購的成本控制；材料使用的成本控制（包含目標成本控制、作業成本控制）；產品銷售的成本控制。五是固定資產投資管理控制。控制環節是立項、設計、開工、建設、核算、竣工、轉資。六是產品銷售控制。控制環節是勞務收入，預收貨款，現收貨款，定期結算及發票管理。