一、我國現行企業所得稅制的弊端
1.不符合國際稅收慣例，不能適應我國加入WTO的新形勢 從形式看，內外資企業所得稅的法定稅率都是33%，但兩套稅法無論是在法律效力，還是稅前扣除專案標準和資產稅務處理規定、稅收優惠政策等方面都存在明顯差異，外商投資企業的窄稅基、多優惠和內資企業的寬稅基、少優惠直接導致兩者實際稅負的差距，據統計，外商投資企業所得稅實際平均稅負一直在10%左右，而內資企業則在25%以上。實行內外有別的兩套稅法，既違背市場經濟要求的公平稅負、平等競爭原則，也不符合國際慣例，中國已經加入WTO，外資企業將進一步進入我國，成為我國經濟不可或缺的組成部分，我國的企業也將進一步走向國際市場，參與國際競爭，對企業所得稅在內外資企業之間、地區之間實現統一提出了迫切要求。
2.稅基界定不規範，內資企業稅前扣除限制過嚴 稅法對稅基的確定存在的主要問題：一是與企業會計制度的關係不協調，由於稅收制度和會計制度在職能、目標和核算依據等諸多方面存在差異，近年來，為適應市場經濟和建立現代企業制度的需要，會計制度已經發生了很大變化，且不斷處於調整之中，而稅法沒有建立一套獨立的所得稅稅基確定原則，有些規定甚至在沿用老的會計制度，如對銷售收入的確認、對資產的稅務處理等。二是稅法對界定稅基的一些概念比較模糊，如對業務招待費、支付給總機構的管理費都以收入的一定比例為計算依據，收入淨額和總收入是會計概念還是稅務概念，其內涵和外延有多大，並不明確。三是對內資企業稅前扣除專案列支標準規定過嚴，如內資企業計稅工資標準，廣告性支出的限額、對摺舊方法和折舊年限的嚴格限定等，使得為取得應稅收入而發生的許多費用不能在稅前足額列支，不符合市場經濟條件下企業發展規律，也不利於內資企業的健康發展。
3.稅收優惠政策導向不明確，稅收優惠形式單一 一是稅收優惠政策不能有效體現國家巨集觀調控需要。內資企業的優惠比較少，且多屬照顧性，或是替代財政支出性的優惠，稅收優惠偏重於解決機制轉換過程中的臨時性困難，對資源優化配置的引導不足。而對外商投資企業的優惠政策，其效果偏重於鼓勵吸引外資總量，不能有效調節外商投資的方向。二是稅收優惠方式單一，政策效果不確定，容易引起企業偷稅、避稅現象。所得稅優惠政策以直接優惠居多，間接優惠較少，主要是減稅、免稅和低稅率。這些優惠措施，容易誘使企業通過頻繁註冊新企業、人為安排獲利年度、利用關聯交易轉移定價調節企業間的利潤水平，鑽稅法的空子。目前，與我國簽訂稅收協定的國家有79個，已經生效的65個，而有稅收饒讓條款的國家只有30多個，我國給予外商投資者的低稅率和減免稅等直接優惠措施，外方需要在母國補繳稅款，實際轉化成了投資者所在國的稅收收入，並沒有使投資者最終受益。三是優惠政策的實施主觀性、隨著性大。我國內外資企業所得稅每年都有一些優惠政策以法規、規章甚至規範性檔案形式出臺，加上各地區為了本地區利益，無視稅法的統一性和嚴肅性，用減免稅優惠政策作為招商引資廣告，隨意擴大優惠範圍，越權減免稅，採用地方稅先徵後還、即徵即退等形式變相減免稅，搞低稅優惠競爭，擾亂了正常的稅收秩序。我國已經加入WTO，這種有失公平、公正、多變的稅收優惠政策很可能面臨外國投資者的訴訟。
4.企業間稅負差異過大，部分企業稅負過重 我國現行稅制對同一經濟行為在各類主體之間稅收待遇上的差異性，尤其是在所得稅上表現最為明顯。如內資企業與外資企業、高新技術開發區內企業與區外企業、現代企業制度試點企業與非試點企業、上市與非上市公司、境外上市與境內上市公司之間在適用稅率以及所享受的稅收優惠政策方面存在著較大的差異，導致稅收待遇不公現象非常突出。
我國的企業所得稅稅制所存在的上述弊端亟待通過所得稅制改革來完成。在中國已經加入WTO的今天，在世界經濟日益一體化的'今天，中國的稅制改革不能脫離國際主流稅制的發展方向，不能莫視稅制的國際慣例，不能莫視稅制差異對國際資本流動的影響。所得稅制的國際借鑑，對探討我國所得稅制改革具有重要意義。