我國水庫數量眾多而且覆蓋區域廣泛，在水庫的管理工作中也存在這樣那樣的問題，這些問題都會制約水庫功能的發揮和影響水庫的防洪蓄洪的效果。那麼，水庫管理中存在的問題是什麼呢?
1.庫區裝置不健全
水庫的安全性要依靠專業部門的監管和修繕來作為保證的，但是在我國，水庫的建設地點都是比較偏遠或者交通不便的地方，所以對水庫的設施更新跟不上現代裝置的步伐，尤其是防洪預警裝置的更新緩慢，跟不上防洪救濟的`需要。但是在水庫的建設中，施工方往往只是注重水庫的修建，但是在後期的配套設施的建設上，都是草草了事，為水庫庫區的長遠建設使用帶來了障礙。加大配套設施的資金投入和管理力度是目前庫區管理中履待解決的一項問題。
2.水庫環境破壞和法律體系不完善
水庫周邊往往是一些村落或者人口的居住地，這樣，一方面，農業人口的過渡耕種或者放牧等汙染了環境，破壞了水庫的環境。另一方面，城區的分佈使得汙水和垃圾的排放量增大，使得庫區的汙染加重。同時，水庫監管部門對於水庫環境方面的監管也是力度不夠，法律監管方面混亂。這就要求水庫監管部門對於水庫的監管實行切實可行的規章制度。
3. 管理人員綜合素質偏低
由於水庫地處偏遠地區，這就使得水庫的管理人員大都是從當地招的臨時工或者水庫處於無人管理的狀態。加之水庫的管理工作通常重複、單調，加之自然環境的閉塞和惡劣，工作的環境比較的簡陋，導致水庫缺乏技術指導，缺乏專業的水利技術方面的人員。整體管理隊伍人員文化素質低下，對業務不熟練等。