合併財務報表是財務會計中的重要部分，在直接的實務處理中抵銷分錄形式複雜，借貸方對應關係模糊，不容易發現其中存在的錯誤。針對上述問題，本文重點從參與合併以及合併後形成的企業主體的角度出發，論述企業併購過程中涉及到權益交易和非權益交易兩種情況下的抵銷處理原理，認為企業合併從實質上已經突破了會計主體的假設，但在會計處理上仍然可以基於會計主體假設進行，通過分析企業併購的交易實質，對企業合併中關於會計的主體假設適應性，對合並商譽的實質問題進行探索性的思考。
因為合併後形成新的合併主體，因此參與合併的單個報告主體之間發生的業務聯絡，對合並主體來講就是集團內部的資產負債的變化不需做業務處理，實際上就等同於單個的報告主體並沒發生業務，這就給我們一種啟示，即在編制抵銷分錄時，就可以將參加合併的單個企業對此所作的業務處理反向沖銷來代替合併報表的抵銷分錄。
例如，A企業和B企業發生合併，合併後經濟實體假設是C，在以A、B為報告主體時，對業務往來雙方都會分別進行單獨賬務處理，期末在基於主體C編制合併報表時就需要做相應的抵銷處理，按照上文論述就可以直接將A、B做的會計分錄分別反做一遍，原來的借記貸，原來的貸記借，再將雙方反做的分錄合併後即可，合併分錄就是合併的抵銷分錄。
一般認為，企業合併過程中涉及到權益交易和非權益交易對上述不同的會計主體來講是有所區別的。下面就上述兩種情況分別舉例分析。
一、合併主體涉及股權交易的抵銷處理
例1：甲企業2010年1月1日採用控股合併的方式以銀行存款1 000 000元購買乙企業原股東的股權，取得其100%股權。其中，乙企業的資產賬面價值合計為1 500 000元;負債賬面額為600 000元;股本為900 000元，資本公積為50 000元，盈餘公積為20 000元，未分配利潤30 000元，假設其賬面價值與公允價值相等，要求編制收購時的相關抵銷分錄。假設乙企業的原股東用B標識，新股東用A標識。
本例中，甲企業對乙企業長期股權投資的數額為1 000 000元，與乙企業所的所有者權益總額正好相等，說明乙企業的股權投資數額均為甲企業所有，通過抵銷分錄將甲企業長期股權投資總額、乙企業的所有者權益總額在編制合併報表時重複計算的因素全部剔除，消除其對企業集團合併報表的影響。編制合併報表時，編制抵銷分錄
借：股本——A 900000
資本公積——A 50000
盈餘公積——A 20000
未分配利潤——A 30000
貸：長期股權投資 1000000
下面我們按照上文的分析作相應的處理。
基於甲企業為會計主體，甲企業購買乙企業的業務處理：
借：長期股權投資 1000000 ①
貸：銀行存款 1000000
上述收購業務基於乙會計主體，就是將屬於B股東的權益變為屬於A的權益，實際上可以分解成兩部分：一是A股東購買乙企業的股票;二是乙企業回購原股東B的股票，相應的業務處理
借：銀行存款 1000000 ②
貸：股本——A 900000
資本公積——A 50000
盈餘公積——A 20000
未分配利潤——A 30000
借：股本——B 900000 ③
資本公積——B 50000
盈餘公積——B 20000
未分配利潤——B 30000
貸：銀行存款 1000000
按照上文我們的分析需要做①、②的逆分錄，分錄③是乙企業與其原股東的回購業務，不屬於我們上文分析的甲、乙企業交易，不在抵銷的範圍內，①、②的逆分錄分別
借：銀行存款 1000000
貸：長期股權投資 1000000
借：股本——A 900000
資本公積——A 50000
盈餘公積——A 20000
未分配利潤——A 30000
貸：銀行存款 1000000
將上述分錄合併後，合併報表的抵銷分錄為：