凡參合物件，報銷流程如下：
參合農民持《新農合證》在定點機構門診治療，由定點醫療機構按《新農合證》家庭門診帳戶診帳戶現有的金額直接減免醫藥費用，超出部由參合農民自付。定點醫療機構應及時與農醫所進行結算。
參合農民在市、縣、鄉定點醫療機構住院治療的，由該定點醫療機構進行直補。由定點醫療機構對其發生的醫藥費用進行稽核，按實施辦法規定標準墊付應補助金額。
參合農民在省級定點醫療機構和非定點醫療機構住院治療的，一律到鄉鎮農醫所補償。其住院醫療費用一次性在2000元以下(含2000元)的由鄉(鎮)農醫所稽核報銷，2000元以上或對住院資料有疑問的由鄉(鎮)農醫所稽核後交縣農醫局複核批准後方可報銷。
申領補償時，需帶身份證、戶口本、《新農合證》(此三證原件稽核後影印存底)醫療機構的'有效住院發票、出院小結(或病歷)、費用清單和轉診證明。
患門診大病(慢性病)的參合農民在規定時間(一般在每年7月和12月份)，需帶身份證、戶口本、《新農合證》、門診發票及清單、門診病歷、檢查報告、二級甲等以上醫院或專科醫院的門診大病(慢性病)證明到鄉(鎮)農醫所辦理。
對已參加了商業保險的參合農民和參加了學生醫療保險的在校學生，出院後既要商業保險賠付又要新農合補償時，參合農民應先將住院發票原件和發票影印件先交農醫所或縣級定點醫療機構核對後予以補償，再將住院發票原件到商業保險公司賠付。發票影印件由農醫所或縣級定點醫療機構儲存，但外傷病人只能原件報銷(學生除外)。
住院費用實行限時報結制度，出院後三個月內可隨時辦理補償結算手續，超過三個月的視為自行放棄補償(外出務工者可延遲到年底)。農醫所按實施辦法規定標準應補償的金額在10個工作日內支付給參合農民。