衛生監督協管檔案管理是指對衛生監督協管本底資料、監督檢查情況、群眾投訴舉報記錄、工作記錄和相關檔案等資訊進行收集、整理、保管。
一、衛生監督協管檔案資料應按上級檔案、計劃總結、會議記錄、投訴舉報、轉交案件、宣傳培訓、年度報表、被監督單位本底資料、行政相對人監督檔案等專案進行分類，並裝訂成冊。
二、檔案分類及內容：
1、上級檔案：上級衛生行政部門和衛生監督機構下發的檔案。
2、計劃總結：衛生監督協管室年度工作計劃、總結、情況彙報、檢查安排、其他專項工作小結及圖片資料等。
3、會議記錄：衛生監督協管室召開或參加各類工作會議應留有記錄。
4、投訴舉報：群眾投訴舉報的受理和查處結果記錄。
5、轉交案件：衛生監督協管員向縣衛生監督所轉交案件的'交接文字性材料以及處理結果。
6、宣傳培訓：衛生監督協管開展衛生法律法規宣傳活動的計劃、總結、宣傳資料、工作記錄及圖片影像資料；衛生監督協管參加縣衛生監督所組織的培訓活動課件、學習筆記；衛生監督協管對衛生監督資訊員開展培訓活動的培訓計劃、通知、課件、簽到冊、試卷及圖片資料。
7、年度報表：每年報送衛生監督協管工作資訊彙總表的存檔。
8、被監督單位本底資料：衛生監督協管轄區單位名冊。
9、行政相對人監督檔案：按照職業衛生、公共場所衛生、餐飲單位、供水單位和醫療機構進行劃分，並做到一戶一檔。每戶行政相對人監督檔案中應包含：被監管單位的名稱、地址、負責人、衛生知識培訓、從業人員健康證持有情況和衛生監督協管現場檢查記錄、衛生監督意見書及存在的主要問題等。