作為管理控制系統的一個分支，財務控制在取得控制效益——有序性效益、資訊有用性效益和效率性收益的同時，也會帶來一定的成本。這在另一方面告訴人們，不要過於追求財務控制的複雜性和完美性，在設計富有效率和效果的財務控制系統的同時，還應使財務控制系統的設計和執行符合成本效益原則。由於財務控制系統的效益往往難以準確衡量，因而財務控制成本成為財務控制成本效益分析的最主要內容。因此，人們追求的是在獲得效率和效果的財務控制系統的前提下，儘量使財務控制成本最小化。
一、財務控制成本產生的理論分析
從理論上來講，財務控制系統主要是由於各利益相關者的利益衝突和契約不完備性引起的代理機制的需要而存在，因而契約理論、委託代理理論和資訊不對稱理論成為財務控制成本產生的理論基礎。
（一）契約理論一般將現代企業理論稱為“企業契約理論”（the contractual theory of the firm）。按照契約理論，企業實質上是由一系列的契約所組成的，一般可以將企業契約分為完全契約和非完全契約。前者是指簽約各方都能完全預見契約期內可能發生的各種情況，因而在契約中已經包含了各方在未來預期的事件中所有的權利和義務。後者與完全契約理論相反，由於人的有限理性和資訊的非完全性，企業的各種契約不可能包括未來的各種事件及其概率，因而是不完全的。
一般認為有以下因素制約了完備契約的制定：即有限理性；績效的組成部分和衡量的標準是準確界定的可能性；資訊的完全性。傳統經濟學的`前提就是經濟理性，即未來是可以預知的，各種可能的選擇是可以預測的；未來各事件的結果是可以確定的，能夠預知各種事件的分佈概率；人是經濟理性的人，是追求自我利益最大化的經濟人。事實上，這些假設是不存在的，由於未來是不確定的，而人的預見能力是有限的，不可能對未來事件的所有事件及這些事件的概率都能夠了如指掌，尤其是資訊的傳遞要受到時間和空間以及人的理解能力的影響，因此，西蒙提出了其有限理性理論。有限理性理論認為，實際社會中的人並非是完全理性的，作為企業的管理者總是介於完全理性和不完全理性之間，管理人的目標是多元的，其知識、能力、經濟是有限的，資訊的獲取和解釋能力也是因人而異，因而管理者不可能對未來的事件及其概率都能完全知道，也不可能作出完全理性的經濟決策。因此，契約理論下的企業特徵主要有企業的契約性、契約的不完全性和契約不完全所導致的所有權的重要性。
（二）委託代理理論從當前的發展來看，企業契約理論主要有交易費用理論與代理理論。交易費用理論的重點限於研究企業與市場的關係；代理理論則側重於分析企業內部組織結構及企業成員之間的代理關係。現代企業一般以投資人與管理者的分離、所有權與經營控制權相脫節為主要特徵，從而形成了代理理論。根據該理論，企業實際上是由一個代理鏈所組成的。在這個代理鏈中，委託人（投資人）將企業實際控制權交由受託人（企業管理當局），受託人則應按照有關契約的要求完成一定的使命，通常假設為企業價值的最大化。管理者在完成其使命過程中，還要進一步分解其經濟責任，從而形成了一系列企業內部的委託受託責任關係。在所有委託代理關係中，最主要的是企業投資人與企業經營管理者之間的代理關係。由於企業契約的不完備性和經營管理者目標與投資人目標並不總是一致，從而導致了財務控制在內的公司治理的需要，即投資人需要運用一定的方法對管理者進行監督。這種監督一方面會消耗一定的資源，另一方面也會因為監督可能約束管理者積極性或能動性的發揮，或者及時的決策而導致損失的發生。