內部稽核制度是銀行內控的最後一道防線，是對控制的再控制。首先必須確立稽核工作的權威性地位，實行垂直領導，真正形成稽核監督部門的威懾力量。其次，要切實根據需要強化稽核監督職能，起到抓關鍵、帶全面的效果。同時，要實行稽核處罰制和稽核告誡制，發現違章違規問題要按嚴格規定進行處罰，防止稽核檢查走過場。對稽核部門的內部管理實行主稽人負責制，對稽核人員實行問責制等管理辦法。最後，要不斷提高稽核人員業務素質，要不斷吸納熟悉金融法規和制度規定，具有豐富工作經驗和綜合分析能力的人員從事稽核工作，並採取經常性培訓制度，更新知識結構，使稽核人員能適應新形勢，確保內控制度的全面執行。
此外，要強化職能部門的管理責任，要建立職能部門管理責任追究制，要堅決糾正上級行對下級行只管理，出了事不負責的現象，下級行出了問題，上級行職能部門必須承擔相應的管理責任。
4、加強商業銀行內部控制的貫徹落實工作。
商業銀行要貫徹落實好內部控制，就必須通過培養、考試、考核等方式，使員工理解相關內部控制制度，掌握、熟悉崗位操作規範，具體的說，要監督做好以下工作：
（1）業務授權管理工作。嚴格按照業務授權進行經營活動，不得超越許可權經營。
（2）重要崗位管理工作。強化不相融崗位之間的制約。
（3）銀行承兌匯票管理工作。票據業務的開展必須嚴格遵守操作規程。
（4）計算機及網路安全管理工作。重點加強計算機口令和資料庫訪問許可權的安全管理，按有關要求對網路和系統執行的各個環節進行安全監控。
（5）財務管理工作。實行報賬制，重點加強對出租資產以及抵債物處置的管理和監督。
（6）大額資金轉賬和提現管理工作。重點加強對前臺、後臺和支付環節的複核、監督和檢查，對大額可疑資金建立嚴格的審查制度，堵住漏洞。
（7）印章、重要單證和賬戶對賬管理工作。加強對各種重要憑證、印押的管理，建立嚴密的保管、使用和責任制制度。
（8）幹部員工廉潔從業管理工作。問題一經發現，即按規定嚴肅處理，決不姑息。
總之，商業銀行內部控制工作，貫穿於商業銀行經營管理活動的始終，涉及銀行業務的各個環節，如何不斷推進和完善商業內部控制建設，防範商業銀行經營風險，提高商業銀行經營效益，仍需進一步深入探索，更是今後一個時期面臨的一項急迫任務，我國商業銀行也迫切需要轉變思想觀念，以適應現代商業銀行制度的要求，儘早與國際銀行業的內部控制模式接軌，以達到防範風險，保證商業銀行總體經營目標的順利實現。
