我國的高等院校（除部分民辦高校外），實行的是行政事業單位管理，隨著我國高等教育事業的發展，資金的籌集渠道也逐漸多元化。在資金的使用方面，高校通常涉及到基礎設施建設、教學科研、物資採購以及後勤保障等業務。加強高校財務內部控制制度，可以有效地提高資金的使用效率，減少違規違紀行為的發生。2014年1月1日開始正式施行的《行政事業單位內部控制規範（試行）》，為高等院校加強內部控制建設提供了指引。
一、高等院校內部控制存在的問題
1.內部控制意識淡薄，認識不到位。
內部控制是高校內部風險防範的機制，目的是為了提高管理效率，充分有效地獲得和使用各種資源，達到既定的目標。目前高校的內部控制制度從制定到執行，存在著較大的脫節，主要原因之一就是內部控制的意識淡薄。有些院校的領導對於內部控制不重視，把內部控制當作一種形式，未採取實質性的措施，導致內部財務工作人員對於內部控制認識不到位，內控意識薄弱，內部控制中的重要部門之一的內審機構嚴重缺失。
2.內部控制體系不健全，執行情況不理想。
內部控制體系不健全，直接影響到了高校內部控制制度的建設，很多高校領導權力得不到有效的束縛，而依託高校建立的內部審計部門獨立性很差，無法按照制度執行相關的工作，導致一些高校的內部控制流於形式，內部審計工作也只能停留在基礎的層面，難以深入下去，甚至個別高校中出現內審部門與管理人員串通舞弊的情況。此外，高校的內部控制制度本身也存在諸多有待完善的地方，一些高校的內部控制制度更新速度慢，難以適應改革的需要，導致內部控制系統制度產生漏洞。在內部控制制度的執行方面也存在著很多需要完善的地方，最突出的就是執行不到位，不按照內部控制的要求執行，嚴重地削弱了高校內部控制制度的效力。
3.會計崗位職責不明，會計人員素質偏低。
由於高校財務部門工作比較繁重，需要處理各方面的事物，僅教職工報賬，就是十分龐雜的一項工作，需要大量的人員進行處理。有時候會出現人手短缺，導致一人多崗、工作交叉等情況的出現。而財務部門的很多崗位是不相容的，這樣很容易出現內部控制的漏洞。一些辦學規模較小的高校中，內部控制方面的工作沒有獨立出來，而是由財務部門來完成，這樣的內部審計結果也就無法進一步完善內部控制體系。此外，很多高校中財務人員職稱、學歷、年齡結構不合理，對於新的會計準則、內部控制制度等新制度的貫徹學習不夠，導致專業知識跟不上時代的步伐，高校內部控制水平低下。
4.缺乏有效的外部評價系統，審計監督力度薄弱。
新的《行政事業單位內部控制規範（試行）》中，設計了一套較為完整的體系，但是其中缺乏有效的外部評價機制，即沒有引入第三方審計監督。在《規範》中對於行政事業單位如何對內部控制實施的效果如何沒有評價的機制，這對於提升高校內部控制效果十分不利。此外，高等院校的內部監督力度也相對薄弱，目前，我國的高等院校的內部監督主要由內部審計部門擔任，但是內部監督缺乏獨立性，在實際的審計監督過程中無法進行全面有效的審計，很多時候流於形式。雖然各大高校每年會定期進行內部審計，但是從實際的審計監督效果看，效果不理想，僅僅是對個別違規行為進行查處，而且處罰的力度也不夠，沒有形成很好的'威懾力。
二、強化高等院校內部控制的對策
1.高校領導重視內部控制，提高整體的內部控制意識。
目前高校內部還是呈現較為明顯的集權制，高校的主要負責人對於制度的實行有著十分關鍵的作用。因此，內部控制意識的強化需要領導給予足夠的重視，在內部控制制度建立以後，還要以身作則，積極督促，提高執行的效果，而不是僅僅把內部控制制度當作一種形式。如果高校的領導都不重視內部控制制度，在執行相關的內部控制制度時，下面的員工就很可能出現消極應對、敷衍了事的情況。因此，高校領導的重視至關重要。
2.依據最新的規章制度，不斷健全內部控制體系。
高校必須根據新頒佈的行政事業單位內部控制規範，結合自身的財務工作特點，建立、健全內部控制制度。首先，在《規範》的指導下，根據自身的實際情況，構建針對性強、執行性好的內部控制制度。其次，強化內部控制系統審計工作，這樣可以與制度的執行效果形成有機的銜接，從而形成有效的權力約束機制，防止內部控制執行效果不到位而出現的舞弊、挪用公款等問題。這就要求高校的財務部門必須嚴格執行財務規章制度，嚴格執行《會計法》和會計基礎工作規範。
3.明確崗位職責，提高財務人員專業素質。
崗位分離是財務工作的基礎，不能因為工作繁重，而產生內部控制制度中禁止的崗位交叉和一人多崗的情況。要在內部明確各個崗位的職責，對於不相容崗位的工作必須分離。加強學習，進一步提升財務人員的專業素質，特別是有關內部控制重點的學習。高校可以選擇一家師資力量雄厚的會計機構，對財務人員進行定期的培訓。此外，高校可以根據自身的情況，引入獎懲機制，對於執行內部控制制度表現優秀的工作人員給予一定的獎勵，形成良好的示範作用。而對於內部控制制度執行中消極應對、執行不到位的，進行內部通報批評，並適當進行處罰，從而有效的提升高校的內部控制管理水平。