案情簡介：近期在對一工業製造企業進行稅收評定中發現，該企業對本公司員工代扣代繳個人所得稅2650萬元，稅務部門按規定給企業2%的代扣代繳手續費53萬元，該企業認為手續費收入為免稅收入，未將這部分手續費合併計算繳納企業所得稅。稅務部門按照稅法規定補繳了該企業13.25萬元企業所得稅。下面本站小編長了關於三代手續費繳納企業所得稅的方式。
稅法分析：財政部、國家稅務總局、中國人民銀行《關於進一步加強代扣代收代徵稅款手續費管理的通知》(財行〔2005〕365號)規定：“三代”(代扣代繳、代收代繳、委託代徵)單位所取得的手續費收入應該單獨核算，計入本單位收入，用於“三代”管理支出，也可以適當獎勵相關工作人員。《中華人民共和國企業所得稅法》第五條規定：企業每一納稅年度的收入總額，減除不徵稅收入、免稅收入、各項扣除以及允許彌補的以前年度虧損後的餘額，為應納稅所得額。第六條規定：企業以貨幣形式和非貨幣形式從各種來源取得的收入，為收入總額。包括：
(一)銷售貨物收入;
(二)提供勞務收入;
(三)轉讓財產收入;
(四)股息、紅利等權益性投資收益;
(五)利息收入;
(六)租金收入;
(七)特許權使用費收入;
(八)接受捐贈收入;
(九)其他收入。
所以，稅務機關返還給企業的代扣代繳、代收代繳、委託代徵稅款手續費收入應按規定繳納企業所得稅。
企業所得稅計算方法
扣除專案
企業所得稅法定扣除專案是據以確定企業所得稅應納稅所得額的專案。企業所得稅條例規定，企業應納稅所得額的確定，是企業的收入總額減去成本、費用、損失以及准予扣除專案的金額。成本是納稅人為生產、經營商品和提供勞務等所發生的各項直接耗費和各項間接費用。費用是指納稅人為生產經營商品和提供勞務等所發生的銷售費用、管理費用和財務費用。損失是指納稅人生產經營過程中的各項營業外支出、經營虧損和投資損失等。除此以外，在計算企業應納稅所得額時，對納稅人的財務會計處理和稅收規定不一致的，應按照稅收規定予以調整。企業所得稅法定扣除專案除成本、費用和損失外，稅收有關規定中還明確了一些需按稅收規定進行納稅調整的扣除專案。
主要包括以下內容：
⑴利息支出的扣除。納稅人在生產、經營期間，向金融機構借款的利息支出，按實際發生數扣除;向非金融機構借款的利息支出，不高於按照金融機構同類、同期貸款利率計算的數額以內的部分，准予扣除。
⑵計稅工資的扣除。 條例規定，企業合理的工資、薪金予以據實扣除，這意味著取消實行多年的內資企業計稅工資制度，切實減輕了內資企業的負擔。但允許據實扣除的工資、薪金必須是“合理的”，對明顯不合理的工資、薪金，則不予扣除。今後，國家稅務總局將通過制定與《實施條例》配套的《工資扣除管理辦法》對“合理的”進行明確。
⑶在職工福利費、工會經費和職工教育經費方面，實施條例繼續維持了以前的扣除標準(提取比例分別為14%、2%、2.5%)，但將“計稅工資總額”調整為“工資薪金總額”，扣除額也就相應提高了。在職工教育經費方面，為鼓勵企業加強職工教育投入，實施條例規定，除國務院財稅主管部門另有規定外，企業發生的職工教育經費支出，不超過工資薪金總額 2.5%的部分，准予扣除;超過部分，准予在以後納稅年度結轉扣除。
⑷捐贈的扣除。納稅人的公益、救濟性捐贈，在年度會計利潤的12%以內的，允許扣除。超過12%的部分則不得扣除。
⑸業務招待費的扣除。業務招待費，是指納稅人為生產、經營業務的合理需要而發生的交際應酬費用。稅法規定，納稅人發生的與生產、經營業務有關的業務招待費，由納稅人提供確實記錄或單據，分別在下列限度內准予扣除：。《企業所得稅法實施條例》第四十三條進一步明確，企業發生的與生產經營有關的業務招待費支出按照發生額的60%扣除，但最高不得超過當年銷售(營業收入的5‰，也就是說，稅法採用的是“兩頭卡”的方式。一方面，企業發生的業務招待費只允許列支60%，是為了區分業務招待費中的商業招待和個人消費，通過設計一個統一的比例，將業務招待費中的個人消費部分去掉;另一方面，最高扣除額限制為當年銷售(營業)收入的5‰，這是用來防止有些企業為不調增40%的業務招待費，採用多找餐費發票甚至假髮票衝賬，造成業務招待費虛高的情況。
⑹職工養老基金和待業保險基金的扣除。職工養老基金和待業保險基金，在省級稅務部門認可的上交比例和基數內，准予在計算應納稅所得額時扣除。
⑺殘疾人保障基金的扣除。對納稅人按當地政府規定上交的殘疾人保障基金，允許在計算應納稅所得額時扣除。
⑻財產、運輸保險費的扣除。納稅人繳納的財產。運輸保險費，允許在計稅時扣除。但保險公司給予納稅人的無賠款優待，則應計入企業的應納稅所得額。
⑼固定資產租賃費的扣除。納稅人以經營租賃方式租入固定資產的租賃費，可以直接在稅前扣除;以融資租賃方式租入固定資產的租賃費，則不得直接在稅前扣除，但租賃費中的利息支出。手續費可在支付時直接扣除。
⑽壞賬準備金、呆賬準備金和商品削價準備金的扣除。納稅人提取的.壞賬準備金、呆賬準備金，在計算應納稅所得額時准予扣除。提取的標準暫按財務制度執行。納稅人提取的商品削價準備金准予在計稅時扣除。
⑾轉讓固定資產支出的扣除。納稅人轉讓固定資產支出是指轉讓、變賣固定資產時所發生的清理費用等支出。納稅人轉讓固定資產支出准予在計稅時扣除。
⑿固定資產、流動資產盤虧、毀損、報廢淨損失的扣除。納稅人發生的固定資產盤虧、毀損、報廢的淨損失，由納稅人提供清查、盤存資料，經主管稅務機關稽核後，准予扣除。這裡所說的淨損失，不包括企業固定資產的變價收入。納稅人發生的流動資產盤虧、毀損、報廢淨損失，由納稅人提供清查盤存資料，經主管稅務機關稽核後，可以在稅前扣除。
⒀總機構管理費的扣除。納稅人支付給總機構的與該企業生產經營有關的管理費，應當提供總機構出具的管理費彙集範圍、定額、分配依據和方法的證明檔案，經主管稅務機關稽核後，准予扣除。
⒁國債利息收入的扣除。納稅人購買國債利息收入，不計入應納稅所得額。
⒂其他收入的扣除。包括各種財政補貼收入、減免或返還的流轉稅，除國務院、財政部和國家稅務總局規定有指定用途者，可以不計入應納稅所得額外，其餘則應併入企業應納稅所得額計算徵稅。
⒃虧損彌補的扣除。納稅人發生的年度虧損，可以用下一年度的所得彌補，下一納稅年度的所得不足彌補的，可以逐年延續彌補，但最長不得超過5年。