隨著財稅管理體制改革的不斷深化和人民銀行職能的調整，國庫工作的地位和職能作用日益突出。國庫作為國家預算執行的重要參與者，擔負著經理國家金庫，監督管理國庫資金、確保國庫資金安全的重任。然而，隨著國庫資金清算新體系的建立，國庫資金清算業務風險、監管職責模糊風險、法律缺失等風險日益顯現，這給今後的國庫工作帶來了諸多困難，提出了更高的要求。
一、目前國庫工作中存在的風險
（一）國庫會計核算系統設計自身存在的風險。目前國庫部門執行的國庫會計核算系統（2．0版），無論是在功能上還是在安全設計的考慮上，相對於1．0版都有質的飛躍，但在執行中也暴露出了諸多系統上的漏洞。
1、設計風險。一是列印的組合報表沒有報表序號，不利於控制報表的漏缺、偷換，影響事後監督和實地業務檢查。二是在人民銀行內部的網路上，人民銀行系統內任何一臺內聯網機器，只要安裝了2．0版軟體後，就很容易成為另一臺國庫終端機，這對風險防範提出了新的挑戰。
2、操作風險。在新的核算模式下，國庫部門由原來的單一資金渠道改變為多渠道的資金通道，包括行庫往來、大額支付、同城票據交換、內部往來四種清算方式。若業務不熟悉或工作不認真及易產生差錯。
3、道德風險。在系統設計存在缺陷、資金匯劃渠道增多、操作風險加大的情況下，無疑增加了道德風險防範的難度。因為國庫資金的支付清算最終由人來實現，如果個別國庫人員的人生觀、價值觀及思想道德發生偏差，國庫資金的安全將得不到有效保障。道德風險是國庫風險隱蔽性最強的風險，看似看不見摸不著，但卻是應首先防範的。
（二）法律法規滯後帶來的風險。一九九四年財稅體制改革，實行了分稅制，財稅體制發生了深刻的變化；金融改革的不斷深入，也使人民銀行職能發生了改變，但相應的法律法規卻沒有跟上，使國庫工作出現了制度風險。
1、相關法規滯後。國庫職能、職責的依據主要是《國家金庫條例》，這一條例實施於1985年3月，然而財政、稅務、金融的改革卻一刻也沒有停止，《國家金庫條例》卻沒有因改革而修訂過，這其中的許多條款已經明顯不適應於實際工作。
2、業務制度滯後。國庫業務中最常用的規章就是《中國人民銀行國庫資金清算業務處理手續（試行）》，而這一規章中有的規定並不符合實際。比如：國庫部門辦理大額支付往來業務時，接受來賬可列印支付系統專用憑證，而發起往賬未明確規定需列印支付系統專用憑證，同時國庫會計核算系統不能產生詳細的大額支付往賬清單，這無疑會給資金劃轉帶來風險。同時，《中國人民銀行國庫資金清算業務處理手續（試行）》和中國人民銀行《大額支付業務處理辦法》的有些條款不一致，也給國庫資金清算造成了風險。
3、內控制度滯後。新系統的應用，使核算和管理的重要空白憑證增多，並增加了支付系統操作員卡，密押機的保管、使用，這些對國庫部門來說都是一個新業務，如何加強印、押、證的管理成為國庫部門不容忽視的問題。而在實際工作中，由於管理人員對新業務、新知識還欠熟悉，容易造成管理手段不到位，管理制度不健全的現象，產生管理漏洞，給國庫資金安全帶來隱患。
（三）監管職責模糊帶來的風險。《中國人民銀行法》雖然賦予了各級人民銀行經理國庫的職能，但沒有賦予國庫監管職能。這使得人民銀行在國庫監督中缺乏依據和乏力。《國家金庫條例》及其《實施細則》，僅籠統規定國庫對預算收入入庫、庫款支撥、退庫等有監督權，而對於入庫過程中發生的虛增收入、延壓庫款、資金流失、混庫、退庫及庫款支撥中存在的違規情況，未有明確的處罰規定及制裁措施。隨著財政國庫管理制度改革不斷深入，國庫在監管中遇到的'情況越來越多。特別是對庫款的支撥、預算收入的退庫，沒有具體、統一的操作規則，造成監管職能模糊，無明確的權力去進行有效的監督。
（四）財政預算管理體制帶來的風險。目前進行的財政國庫管理制度改革使財政資金能夠合規使用，堵住了不合理的開支，造福於社會各項事業的發展。但是，從近幾年的情況看，還存在一些財政開支繞過國家的規定，沒有按規定的用途使用，甚至流失的情況。主要表現為：
1、模糊理由支撥。財政部門對一些需要提供依據的撥款，往往提供一個內容籠統的書面檔案、紀要等作為依據，甚至多筆撥款都用一個檔案，這些檔案所列明的理由往往模稜兩可，而又讓人無法拒絕。再加之國庫缺少對財政資金使用的監測跟蹤制度，造成了國庫難以對大額財政資金走向的監測、監督。
2、庫款的集中支撥。這種情況主要存在於縣級財政。縣級財政實行由會計核算中心集中核算的預算管理體制，這給預算支出逃避國庫監管帶來一定便利。比如：對一些無法提供合規依據的撥款，財政部門往往將資金統一撥往會計核算中心等財政部門在商業銀行賬戶，通過商業銀行賬戶分散資金支出，從而達到了避開國庫監管的目的。
上述種種隱患，給人民銀行履行國庫職能帶來了諸多困難，只有不斷強化國庫風險意識，也才能有效提高國庫服務水平，為貫徹好貨幣政策、財政政策提供支援。
二、防範風險的措施
（一）健全國庫法律法規。首先應儘快修訂《國家金庫條例》。要按照金融、財稅體制改革遇到的實際問題，明確國庫部門的監管地位、監管範圍，制訂具有約束力的國庫監管章程。特別是要對中央、地方預算收入的退付庫款，要做出明確的規定，對於違規者國庫並有權拒絕受理。其次是要儘快對相關制度規定進行修訂、補充、完善。包括對《國庫會計管理規定》、《國庫會計核算業務操作規程》、《人民銀行國庫資金清算業務處理手續》、《國庫同城清算管理辦法》、《大額支付系統業務處理辦法》、《大額支付系統業務處理手續》等作進一步修改完善，從制度上來嚴密會計核算手續，規範業務操作，明確崗位職責，做到有章可循，依法行政，突出對風險防範的約束力。
（二）完善國庫會計核算系統軟體。一是要增設風險防範手段，增加事後監督核查程式，使當日賬務通過程式自動轉入事後監督崗，並且設定各種監督專案，達到對整個業務流程及手續進行核查的目的。二是要加強對軟體的細節改進。如改進新系統中計算機自動化管理功能，對編輯、列印轉賬憑證等行為進行防控制，堵塞住不法分子補制、偽造、偷換憑證之門；增設列印的組合報表的序號，防止報表的漏缺、偷換等。
（三）加強國庫監督檢查。一是要確立國庫監管者的地位。國庫單一
賬戶的實施以及國庫核算方式的改變，對國庫監督管理提出了更高的要求，國庫監督管理的層面更深更寬，因此要用法律的形式確定國庫監管者的地位和職責，確保國庫資金的安全和正確使用。二是要加大對國庫業務流程全方位的監督檢查力度，逐步構建事前、事中、事後三位一體的全方位資金監控網路，消除風險隱患。三是要從國庫核算準確性和資金清算安全性出發，健全國庫監督機制，實現國庫監督“零風險”，為資金清算系統安全、準確、高效執行和國庫資金的安全提供強有力的保障。
（四）加強隊伍建設。一是要按照崗位設定和人員配置要求，配足人員，避免內部一人多崗行為，杜絕因人員不足造成的風險。二是要開展多層次、多渠道的培訓工作，並以各種形式促進工作人員不斷學習新知識，掌握各項政策、法規和監管制度，努力提高國庫人員業務素質和管理水平。三是要做好政治思想工作，加強職業道德教育，從思想上徹底清除享樂主義、拜金主義等腐朽觀念，使國庫人員樹立正確的人生觀、世界觀和價值觀。