在發展不斷提速的社會中，需要使用協議的場合越來越多，簽訂協議可以保障自身的權益不被侵害。想必許多人都在為如何寫好協議而煩惱吧，下面是小編精心整理的三方協議付款可以抵扣增值稅嗎，希望對大家有所幫助。
三方協議付款可以抵扣增值稅嗎
可以作為增值稅扣稅憑證抵扣進項稅額
拓展：
A企業向B企業採購材料，獲得B企業開具的增值稅專用發票進而抵扣相應的進項稅額，但付款時將貨款直接付給企業C，因為A、B、C簽訂了三方協議。協議主要內容為：因B企業欠C企業款項，經A、B、C三方同意，由A企業將B企業的貨款直接打給C用於還款。在此種經營模式下，是否存在稅務風險？B企業是否會被稅務機關認定為虛開增值稅專用發票，從而導致A企業取得的進項稅額不能抵扣？那麼，B企業是否屬於虛開增值稅專用發票？
根據《中華人民共和國發票管理辦法》第二十二條規定，任何單位和個人不得有下列虛開發票行為：
（一）為他人、為自己開具與實際經營業務情況不符的發票；
（二）讓他人為自己開具與實際經營業務情況不符的發票；
（三）介紹他人開具與實際經營業務情況不符的發票。
因此，結合B企業的業務實質，B企業不屬於虛開增值稅專用發票，那麼，A企業是否能申報抵扣進項稅額？
根據《國家稅務總局關於加強增值稅徵收管理若干問題的通知》（國稅發〔1995〕192號）第一條第三款規定，納稅人購進貨物或應稅勞務，支付運輸費用，所支付款項的`單位，必須與開具抵扣憑證的銷貨單位、提供勞務的單位一致，才能夠申報抵扣進項稅額，否則不予抵扣。
此條款從1995年釋出至今一直都是有效的，按照該檔案的規定，A企業因購進貨物的單位與付給款的單位不一致，因而A企業獲得的增值稅進項稅額不能申報抵扣。在實務中，很多稅務機關也會依據此檔案規定，嚴格執法，若A企業抵扣了此進項稅額，則會被追繳增值稅稅款及相關的滯納金。但對於此檔案的規定，在現行的經營環境中，顯得較為嚴苛且不合時宜，那麼，A企業的進項稅額真的就不能抵扣了嗎？筆者做如下分析。
首先，三方抵款協議是為清償債權債務關係而簽訂的，此項行為符合合同法的相關規定，國稅發〔1995〕192號檔案立法的根本目的是防止虛開增值稅專用發票，A企業整個過程業務真實發生，並未偷稅漏稅，增值稅鏈條並未間斷，此進項稅額應該予以抵扣。
其次，三方轉賬屬於企業正常的債權債務清償方式，實質上最終收款方與增值稅專用發票上開具的收款單位是一致的，三方抵款協議下，增值稅進項稅額的抵扣實質上並不違背國稅發〔1995〕192號檔案。
再次，按照《國家稅務總局關於納稅人對外開具增值稅專用發票有關問題的公告》（國家稅務總局公告2014年第39號）規定，對外開具增值稅專用發票同時符合以下情形的，不屬於對外虛開增值稅專用發票。
1、納稅人向受票方納稅人銷售了貨物，或者提供了增值稅應稅勞務、應稅服務；
2、納稅人向受票方納稅人收取了所銷售貨物、所提供應稅勞務或者應稅服務的款項，或者取得了索取銷售款項的憑據；
3、納稅人按規定向受票方納稅人開具的增值稅專用發票相關內容，與所銷售貨物、所提供應稅勞務或者應稅服務相符，且該增值稅專用發票是納稅人合法取得、並以自己名義開具的。
因此，受票方納稅人取得的符合上述情形的增值稅專用發票，可以作為增值稅扣稅憑證抵扣進項稅額。