海關增值稅抵扣流程是什麼?有什麼步驟?下面是小編整理的海關增值稅抵扣流程，歡迎大家查閱!
一、政策依據及相關規定
《國家稅務總局 海關總署關於實行海關進口增值稅專用繳款書“先比對後抵扣”管理辦法有關問題的公告》(2013年第31號)
《國家稅務總局 海關總署關於實行海關進口增值稅專用繳款書“先比對後抵扣”管理辦法有關事項的通知》稅總髮〔2013〕76號
根據規定，自2013年7月1日起，增值稅一般納稅人(以下簡稱納稅人)進口貨物取得的屬於增值稅扣稅範圍的海關繳款書，需經稅務機關稽核比對相符後，其增值稅額方能作為進項稅額在銷項稅額中抵扣。
1、納稅人進口貨物取得的屬於增值稅扣稅範圍的海關繳款書，應按照《國家稅務總局關於調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》(國稅函〔2009〕617號)規定，自開具之日起180天內向主管稅務機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》(電子資料)，申請稽核比對，逾期未申請的其進項稅額不予抵扣。
2、稅務機關通過稽核系統將納稅人申請稽核的海關繳款書資料，按日與進口增值稅入庫資料進行稽核比對，每個月為一個稽核期。
海關繳款書開具當月申請稽核的，稽核期為申請稽核的當月、次月及第三個月。
海關繳款書開具次月申請稽核的，稽核期為申請稽核的當月及次月。
海關繳款書開具次月以後申請稽核的，稽核期為申請稽核的當月。
3、稽核比對的結果分為相符、不符、滯留、缺聯、重號五種。
相符，是指納稅人申請稽核的海關繳款書，其號碼與海關已核銷的海關繳款書號碼一致，並且比對的相關資料也均相同。
不符，是指納稅人申請稽核的海關繳款書，其號碼與海關已核銷的海關繳款書號碼一致，但比對的相關資料有一項或多項不同。
滯留，是指納稅人申請稽核的海關繳款書，在規定的稽核期內系統中暫無相對應的海關已核銷海關繳款書號碼，留待下期繼續比對。
缺聯，是指納稅人申請稽核的海關繳款書，在規定的稽核期結束時系統中仍無相對應的海關已核銷海關繳款書號碼。
重號，是指兩個或兩個以上的納稅人申請稽核同一份海關繳款書，並且比對的相關資料與海關已核銷海關繳款書資料相同。
4、稅務機關於每月納稅申報期內，向納稅人提供上月稽核比對結果，納稅人應向主管稅務機關查詢稽核比對結果資訊。
對稽核比對結果為相符的海關繳款書，納稅人應在稅務機關提供稽核比對結果的當月納稅申報期內申報抵扣，逾期的其進項稅額不予抵扣。
5、稽核比對結果異常的處理
稽核比對結果異常，是指稽核比對結果為不符、缺聯、重號、滯留。
對於稽核比對結果為不符、缺聯的海關繳款書，納稅人應於產生稽核結果的180日內，持海關繳款書原件向主管稅務機關申請資料修改或者核對，逾期的其進項稅額不予抵扣。屬於納稅人資料採集錯誤的，資料修改後再次進行稽核比對;不屬於資料採集錯誤的，納稅人可向主管稅務機關申請資料核對，主管稅務機關會同海關進行核查。經核查，海關繳款書票面資訊與納稅人實際進口貨物業務一致的，納稅人應在收到主管稅務機關書面通知的次月申報期內申報抵扣，逾期的其進項稅額不予抵扣。
對於稽核比對結果為重號的海關繳款書，由主管稅務機關進行核查。經核查，海關繳款書票面資訊與納稅人實際進口貨物業務一致的，納稅人應在收到稅務機關書面通知的次月申報期內申報抵扣，逾期的其進項稅額不予抵扣。
對於稽核比對結果為滯留的海關繳款書，可繼續參與稽核比對，納稅人不需申請資料核對。
因此，若比對結果為滯留票，請繼續耐心等候下月比對結果;對於不符、缺聯、重號票，可至稅務機關辦理海關繳款書協查事宜。
二、操作流程
1、採集
(1)納稅人將取得屬於增值稅扣稅範圍的海關繳款書，在《通用稅務資料採集軟體(一般納稅人版)V2.4》中進行資料採集。
(2)採集完畢，按指定路徑，開始匯出。
(3)匯出成功，將匯出兩個檔案，請不要修改。
注意：
納稅人應當在開具之日起180天內通過《通用資料採集軟體》進行海關進口增值稅專用繳款書資訊採集、並向主管稅務機關報送申請稽核比對。
逾期(超過180天)未申請稽核比對的海關繳款書不予抵扣進項稅額。
2、上傳
登入電子稅務局，進入申報模組，點選“海關完稅憑證上傳”，將通用資料採集匯出的檔案進行上傳，參加稽核比對。
上傳成功後，可以查詢所有已成功上傳的憑證資訊。
注意：通用採集軟體可以多次採集。同樣，電子稅務局上傳海關憑證也可多次上傳，但是上傳的截止期為每月的最後一天，建議最好能提前上傳，防止月末因系統擁堵，無法上傳而影響下月正常抵扣。
電子稅務局自動對匯入的採集資料依照規則進行合法性校驗，系統顯示繳款書上傳內容及接收結果，校驗通過的資訊將上傳總局稽核系統進行比對。
3、比對結果查詢
納稅人採集並校驗通過資料上傳至總局稽核系統進行比對(總局比對三要素：繳款書號碼、稅款金額、填發日期)，原則上於次日生成稽核比對結果，此時納稅人可登入電子稅務局，在【海關稽核明細查詢】中進行查詢。
根據不同的比對結果，進行不同的處理，其中“相符”的發票即可在本月申報抵扣。
4、確認、下載稽核通知書
納稅人在次月申報期內必須下載和確認稽核結果通知書，且每月只能進行1次。
注意：
必須等到海關稽核明細中稽核結果全部出來，才能去點選海關稽核通知書下載。因為稽核通知書下載，一月只能點選一次。(最晚在申報期前兩日進行確認，否則系統將自動確認)，稽核相符的完稅憑證才能進入當期抵扣，異常、滯留、重號均不進入當期抵扣。
納稅人可以通過“海關稽核明細查詢”模組查詢上傳的發票是否稽核比對通過。
如果已下載確認海關稽核通知書，那麼通過“增值稅抵扣明細查詢”模組中的“稽核結果”-“通知書”中查詢下載確認的結果。
注意：納稅人上傳的海關完稅憑證資訊，原則上上傳次日生成稽核比對結果。比對結果包括相符、滯留、異常、重號四類。滯留的，系統下次繼續比對;不符、缺聯的，納稅人可在產生稽核結果的180 日內重新上傳、系統重新比對;重號的，納稅人向主管稅務機關申請協查。
5、申報抵扣
下載、確認後，進入納稅申報介面，點選附表二本期進項稅額明細表，進入“資料準備區”，選擇“匯入”。
無論是手工確認下載的稽核通知書、或是系統自動確認下載的，在申報時必須通過“資料準備區”匯入，否則將無法抵扣!請注意!