哈門內阿米巴(Entamoeba hartmani von Prowazek，1912)形態與溶組織內阿米巴極其相似而體積較小，曾一度被認為是它的共棲小宗。後經研究從形態特徵、生長代謝、免疫特性、藥物敏感及致病毒力等方面提出證據，確認為獨立種。
滋養體直徑3～12μm，包囊4～10μm.滋養體與包囊的`細胞結構和胞核等特徵，除大小外酷似非侵襲型的溶組織內阿米巴，糖原泡不明顯，擬染色體細小，亦呈棒狀小體，也熟包囊也有4個核。
本蟲不致病，傳播及分佈與溶組織內的阿米巴相似，常並存感染，僅感染率較低，對硝基咪唑類藥物也不甚敏感。病原檢查時識別該蟲的單純感染具有縮小防治範圍的實際意義。
流行病學調查中，測量包囊大小，以 10μm為界線，可與痢疾阿米巴包囊相區別。大小在界線交叉範圍者鑑別十分困難，有時須藉助血清學輔診。