當前，我國中小企業已經達到了4200萬戶，佔企業總數的99%以上。 從中也發現了一些問題亟待解決。
據國家發改委資料顯示.“十五”期間，國民經濟年均增長9.5%.而規模以上的中小工業企業增加值年均增長28%左右。中小企業創造的最終產品和服務價值相當於國內生產總值的60%左右.上繳稅收為國家稅收總額的50%左右。由此可見，中小企業已經佔據了我國經濟的“半壁江山”，成為我國經濟、社會發展中的重要力量。但綜觀中小企業的'稅收管理還存在著諸多問題，一方面影響了國家稅收收人的足額入庫，另一方面也不利於中小企業的持續健康發展。
當前中小企業稅收管理中存在的問題主要包括：
(1)中小企業稅收管理難度大。
由於我國中小企業點多面廣、經營方式靈活多樣、行業種類複雜繁冗，加之開業停業比較頻繁.因而生產經營情況不能及時反饋到稅收管理部門，造成稅收管理中欠稅、逃稅、漏稅現象嚴重。
(2)中小企業稅收會計核算不健全。
就我國目前情況來看，中小企業，特別是鄉鎮企業和個體私營企業普遍都是手工記賬.部分企業甚至不能按照稅收管理制度的要求設定相關會計核算賬簿;或者雖然設定賬簿.但賬目不全、賬目混亂。反映在企業內部成本核算缺少必要的手續.導致隨意分攤成本.偽造單據，虛構業務，造成產品成本核算不真實，外部取得的原始憑證專案不全.發票造假，缺乏真實性和合理性;濫用會計科目.如為了調節利潤多攤多提“待攤費用”“預提費用”，為了隱瞞收入，將“預收賬款”長期掛賬不予轉銷等。會計核算的種種不良行為掩蓋了企業的正常經濟活動，從而加大了稅收管理的難度。
(3)中小企業稅收管理上缺少科學、健全、有效的管理機制，稅務稽查檢查處罰力度不夠。
目前我國在稅收徵管機制上雖然引進了稅收砰估管理和納稅人信用等級評定管理辦法，但這種管理方式上只侷限於查對企業相關的財務報表，計算相關的經營資料，這種靜態的監督形式無從考查企業的動態運營情況，難以考證資料的真實性和準確性。加之我國稅收管理人員日常工作繁多，尚無有效的渠道和精力去獲取中小企業龐雜的資訊，難免出現評估效率低下、稅收管理欠缺。