制度基礎審計方法的出現，對於審計事業的發展起到了不可估量的作用。因為在制度基礎審計方法的指導下進行實質性測試，審計的方法方向和重點都比較明確，從而提高了審計工作的針對性，提高了審計工作的效率，保證了審計質量，並且在客觀上促進了企業的內部控制水平的提高。內部控制是制度基礎審計存在和發展的前提條件，它對於審計的作用主要體現在：
（一）內部控制可以降低審計風險。如果被審計單位建立了健全有效的內部控制，就可以在經濟業務處理過程中及會計資料記錄和會計報表資料加工過程中及時發現和防範可能出現的差錯和錯弊，從而減少會計報表的誤差，降低報表出現嚴重失誤的可能性。在審查會計報表時，審計人員可以依靠內部控制而不致出現大的審計風險。
（二）內部控制可以保證審計測試的質量。在審計實踐中，無論是實質性測試還是符合性測試，都存在抽樣誤差。如果被審計單位沒有建立健全有效的內部控制制度，則抽取的樣本很可能就正好是偏高或偏低的專案，據此樣本作出的審計結論就會有很大的審計風險；但如果被審計單位的內部控制制度健全，抽樣樣本代表性就強，抽樣審計的風險就小得多。
（三）內部控制會影響審計抽查的範圍和時間。審計的過程就是在分析評價被審計單位內部控制的基礎上，蒐集證據，分析證據，並據此作出審計結論的過程。審計證據可以分為資料證據和檢查證據。如果一個單位的內部控制健全有效，其會計記錄自然會是客觀真實的，審計人員抽查的資料就會較少，從而相應減少審計人員核查資料的時間；反之，則審計人員就要抽查較多的資料，甚至進行詳細審計。
（四）內部控制有助於確定合理的審計程式。審計工作是通過執行一定的審計程式來獲取所需要的審計證據，審計程式不同，所獲得的證據也就不同，進而會影響到審計結論。因此，設計合理的`審計程式，是審計成功的保證。如果被審計單位有著良好的內部控制制度，審計人員可以直接應用企業內部審計人員的資料，而不需要親自蒐集資料，節省審計時間。
（五）內部控制決定抽樣方法的應用和質量。制度基礎審計出現和發展除了受內部控制發展的影響外，抽樣方法的發展也功不可沒。抽樣就是運用概率統計的原理抽取一部分業務資料進行檢查，據以推斷業務資料的整體情況。抽樣極大地減少了審計人員的工作時間和精力。但是，如果沒有健全有效的內部控制，就很難保證所抽取的資料具有代表性，從而難以保證據以作出的審計結論的正確性。
二、內部控制制度在制度基礎審計中的侷限性
雖然內部控制制度對於制度基礎審計有著如此多的幫助，但是隨著時間的推移，內部控制本身的一些弱點也逐漸為人們所發現，在一定程度上阻礙了制度基礎審計的發展。具體表現在：
（一）成本收益因素。成本收益原則是當今企業經營管理最基本的原則，不論哪方面的決策，都必須考慮成本與收益的關係。內部控制固然能夠減少會計處理過程中錯弊的發生，提高審計效率，但如果內部控制的成本超過了可能發生錯誤造成的損失和浪費，企業的管理人員就會想方設法減少控制程式，這就使得內部控制總是存在缺陷。
（二）員工的串通舞弊。內部控制是通過進行明確的職責劃分來分離不相容職務，從而避免一個人獨立從事某項工作進行舞弊的可能性。但在有些方面，內部控制則是無能為力的，如兩個或多個員工合夥串通舞弊。
（三）人員素質。內部控制歸根到底是由人去理解執行的，如果執行人員素質不盡如人意，那麼，內部控制的效果就要大打折扣。而且，內部控制大多是針對普通員工和中低層管理人員的，但對企業的高管人員往往缺乏有效的監督和懲罰措施，如高層管理人員有意進行不正當活動，或管理當局授意下屬進行一些不正當行為以粉飾經營業績，內部控制往往無能為力。事實上，高層管理人員若作出不正當行為，其所帶來的損失和危害比普通員工要大的多。
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