一、醫院財務會計內部控制存在的主要問題
(一)缺乏科學有效的醫療費用管理系統。
在新醫改的背景下，醫院一直致力於探索一條完善的醫療費用管理系統。但是，在很多地區仍然存在著大量的亂收費行為，究其主要原因還是在於醫療收費系統的不統一給這些亂象開了後門，不法分子利用系統的漏洞大肆竊取醫療退費給醫院和人民帶來了大量的損失，造成了惡劣的社會影響。
(二)醫院財務會計的內部控制制度不健全。
在醫院的財務管理過程中，存在著許多漏洞導致醫院的財務管理產生了諸多的問題。醫院財務會計的內部控制制度的管理人員的管理意識不足是醫院財務會計內部控制問題產生的根源，作為醫院的主要管理部門，醫院領導階層的決策從根本上影響了醫院財務會計工作的發展方向和業務活動。同時，其內部的監察系統也不完善，醫院財務會計的內部監察部門人浮於事，沒有體現其應有的作用。主要表現在內部監察的獨立性無法實現，內部監察系統並未脫離醫院管理系統，既是運動員又是裁判員，導致其處事浮於表面，不能發揮應有的作用，導致權、責、利關係複雜，也加大了監察和管理的難度。
(三)難以建立起有效的追蹤問責制度和全面預算管理標準。
醫院的經營和社會活動的追蹤問責制度存在重大問題，醫院管理部門對於重大專案的監察漏洞仍然無法全面排查，醫院活動或者專案的監督管理無法得到有效的執行，責任無法落實到個人，同時財務審批的投資或者經營專案的決策權力僅僅握在少數幾個領導的手裡，無法做到群策群力，進行科學、全面的評測，導致建設或者經營過程中預算無法滿足現實的要求。
(四)醫院財務會計人員專業素質問題突出。
目前，在許多醫院的財務審計的關鍵部門的領導崗位人員的專業素質存在較大的問題。他們大多數都是在特殊年代轉業進入醫院管理部門，專業知識能力不強，這也是醫院財務會計內部普遍存在的現狀。內部審計人員的工作水平導致其無法從專業的角度來看待問題，侷限性較大，對於醫院各項經營活動缺乏專業的分析和評測，嚴重地影響了財務會計工作的進行。
二、完善醫院財務會計內部控制的有效措施
為了有效地提高醫院財務會計工作的效率，完善醫院財務會計內部控制制度，針對我國醫院目前存在的主要問題，採取合理、有效、科學的措施，從根本和源頭上完善醫院財務管理系統。
(一)建立醫院財務會計管理體系，改革醫療費用管理系統。
在目前醫院財務會計管理系統的基礎上，取其精華、去其糟粕。根據醫院現有的財務會計制度，建立起以財務會計審計為主的內部控制體系，調動醫院內部各個部門都能參與到醫院的經營活動中來，完善醫院收費系統，發揮各部門的作用，減少錯誤和降低醫療退費犯罪率。
(二)健全醫院財務會計內部控制制度。
醫院財務會計的內部控制是醫院財務管理的關鍵一環，健全醫院財會內部控制制度是保證醫院財務平衡和有效控制的關鍵措施。首先，從醫院的管理體系著手，對於醫院的財務會計管理人員進行監督和追責，有效地防範因為管理漏洞和決策失誤帶來的損失和外部的風險。而且在醫院內部的管理觀念上要進行關鍵的`轉變，儘量避免因為個人因素而產生的損失，加強醫院內部的財務會計管理人員的控制已實現內部控制和外部調控的完美結合，促進醫院財務的健康發展。
(三)實行崗位責任制、全面控制醫院財務預算。
由於財務的管理、交易、結算問題十分複雜，因此處理好財務管理的細節特別重要，如果涉及現金等問題，儘量落實到個人，實行崗位責任制。及時回饋財務的準確出入賬時間，賬目款項保證一致。對於醫院專案的預算，儘量發揮各個部門的智慧，群策群力。在各部門準確資料的基礎上進行預算編制和財務管理，將專案的各項收入和支出都能在預算中得到反饋，控制計劃外的支出，進行綜合的分析和全面的考核。
(四)以人為本，全面提高財務會計人員專業素質。
在新醫改的背景下，對於改革的部分的崗位變動要選擇合格的人才，讓員工的思想觀念和專業素質能夠跟上時代前進的步伐。定期進行新業務、新專業知識的培訓，更新其技能和知識水平。