薪酬制度是由公司根據勞動的負責程度、精確程度、負責程度、繁重程度和勞動條件等因素，將各類薪酬劃分等級，按照等級確定薪酬標準的一種制度。薪酬制度是薪酬系統其它組成部分的基礎和根本。薪酬制度不科學是其它薪酬管理問題的根源。
但很多中小企業沒有形成科學合理的薪酬管理制度，導致這些中小企業在工資體系管理方面卻問題明顯。
很多中小企業幾乎不做薪籌調查，即使做，調查範圍也非常有限，只是粗略考察市場總體薪酬水平，而且很多中小企業員工的工資標準約定俗成或由企業領導隨意確定，員工的各種工資性專案的核算缺乏明確的依據和科學的`方法，員工無法通過薪酬制度來了解自己的大致收入，嚴重損傷了員工的工作積極性。
薪酬制度缺乏彈性主要是指薪酬結構中不同層次和不同崗位員工的工資水平等級較少，在工資體系中與員工績效或企業效益掛鉤的專案較少，總體上表現出員工之間的工資差距較小以及員工的工資基本沒有起伏的現象，使得績效與薪酬沒能很好的掛鉤，無法發揮應有的激勵作用。