1.兩套稅制違反國民待遇原則，不符合世貿規則和國際通行做法。
國民待遇又稱無差別待遇，是世界貿易組織最基本的原則，其實質是非歧視原則。它一方面要求在同等條件下，外商所享受的稅收待遇不低於本國居民；另一方面外商也不能要求享受任何高於本國國民的稅收待遇。從我國的情況來看，稅收非國民待遇和超國民待遇同時並存。一方面外資享受了許多國內企業不能享受的稅收待遇；另一方面，由於內外資企業所得稅沒有統一，外資企業在享受稅收優惠待遇的同時，也存在一些非國民待遇，適用於內資企業的某些稅收優惠，如福利性、照顧性稅收優惠，外資企業不能享受。各國稅法一般是以區分居民和非居民來確定不同的納稅義務，而不是以資金來源的不同實行不同的稅制，採取不同稅收待遇。
2.兩套稅制違反稅負公平原則，不利於企業公平競爭。
外商投資和外國企業法規定，外資企業享有2年免稅、3年減半徵稅、再投資退稅等大量的稅收優惠政策。而內資企業不能享受同等的稅收優惠政策。目前內資企業的實際稅負大約為25%，遠高於外資企業實際稅負大約為15%的水平。這對內資企業是一種極不公平的待遇，特別是我國加入世界貿易組織後，外資將會大量進入我國，使我國內資企業將面臨極為不平等的競爭環境，在國內外激烈的市場競爭中處於極為不利的地位，不僅不利於各種型別企業的公平競爭，而且嚴重內資企業和民族的生存和發展。
3.兩套稅制違反稅收效率原則，不利於降低費用和提高效益。
一方面，效率原則要求稅務機關講究行政管理效率，儘可能節約稅收徵管費用，包括節約稅務機關的徵管費用和納稅人申報交納的費用。由於實行兩套所得稅制，有國稅、地稅兩個稅務機關、兩套稅務人馬分別徵收同一種稅，不僅極大地增加了徵收成本，而且加大了兩個稅務機關之間、稅務機關與納稅人之間的摩擦和矛盾，降低了徵收效率。
另一方面，效率原則要求稅收的額外負擔最小。所謂額外負擔，是指由徵稅造成的、超過稅收成本以外的經濟損失。由於實行兩套所得稅制，不僅導致稅收優惠過多過濫，稅收收入白白流失，而且因對內外企業的稅收待遇不同，背離了稅收中性原則，扭曲了市場經濟行為，影響了市場經濟的執行效率和資源配置的效益。
4.稅制不規範既加大了稅收徵管難度，又影響企業深化改革。
隨著經濟全球化的發展，資金的流入，流出日趨頻繁，資本流動超越國界。企業到境外投資再回國內投資和上市籌集境內外資金的現象日益增多，由於兩套稅制極不規範，不僅愈來愈難以區分“內資”、“外資”企業，而且增多了企業避稅的途徑和稅收流失的漏洞，加大了稅收徵管的難度，不利於強化稅收徵管，堵塞收入流失。同時，由於內資企業、外資企業稅收待遇不同，稅負相差很大，導致企業更多的根據稅收待遇選擇經營組織形式，不利於企業按企業制度要求深化改革。
5.稅收待遇不同導致所得稅執法不嚴，稅收流失嚴重。
由於內資企業、外資企業享有不同的稅收待遇，使企業之間互相攀比，要求給予更多的稅收優惠。加上所得稅為中央與地方共享稅，受利益驅動和地方保護主義影響，為了吸引外來投資，亂開口子時有發生，許多地方擴大稅前列支範圍，放寬稅收優惠政策，隨意減免稅現象屢禁不止，這是造成稅收優惠過多過濫、稅收流失嚴重的一個重要原因。
二、我國企業所得稅制度改革的主要原則和重點
為了解決上述問題，我國企業所得稅制改革的方向應當是，通過統一所得稅法，公平所得稅負，規範所得稅制，建立和完善既符合國際慣例、又適合我國社會主義市場經濟發展的企業所得稅制。我們改革企業所得稅制總的要求是，遵循WTO規則和國際通行規則，結合中國國情，認真借鑑世界各國的有益經驗，以保證我國稅制的規範性、性。具體地說，所得稅制改革應當遵循以下主要原則：