儒家史學是在商周早期史官文化的基礎上，由孔子、孟子、荀子等先秦儒家初步奠定其理論框架的。強調史學必須為宣揚儒家學說服務與樹立;因損;結合的歷史觀，是先秦史學的主要內容。經過兩漢經學、宋代理學與明清實學三個主要階段，儒家史學不僅形成其各自的史學思想特色，而且，儒家史學思想日漸豐富與始終居於中國史學的指導地位。其中，將經世致用與實事求是精神較好地相結合，是宋代史學的主要特色，對明代、乾嘉以前的史學產生重要的影響。乾嘉以後，儒學由實學轉向注重訓話考訂的樸學，僅僅發展了宋代史學的實事求是精神。章學誠首先系統提出;六經皆史;說是乾嘉史學的主要特色之一。至中國近代，由於經世致用精神的迴歸與私人藏書數量日漸增加，掌故學成為一種新的史裁與史學的旁支。中國史學數千年來發展的以上主要脈絡所形成的史學思想，對朱次琦產生明顯的影響，使形成於近代中國的朱次琦的史學思想，成為中國古代史學的殿軍。
一、史學必須服務於儒學
春秋戰國時期是中國古代史學發展的萌芽時期，出現大批以《春秋》命名的諸侯國的國史，是先秦史學發展的最主要貢獻。針對由孔子編纂的《春秋》與其他《春秋》的區別，孔子率先提出史學必須服務於儒家學說的理論。據《孟子離婁》，孔子指出由其編纂的《春秋》的特點是:;其事則齊桓、晉文，其文則史;;其義則丘竊取之矣。;清人萬斯年對此解釋雲:;《春秋》書拭君，誅亂賊也。然而趙盾、崔杆之事，時史亦直載其名，安見亂賊之懼，獨在《春秋》而不在諸史?曰:《孟子》言之矣。《春秋》之文則史也，其義則孔子取之。諸史無義，而《春秋》有義也。義;者，是指宜，即是儒家思想。因此，以孔子為代表的先秦儒家強調史學的目的不僅是記錄史實，更要服務於儒家學說。
1858年，朱次琦開館家鄉廣東南海九江禮山草堂，以;五學;治學章、;四行;修身條教育門徒。其中，;五學;包括經學、史學、掌故之學、性理之學與辭章之學。在《朱九江先生講學記》一文中，朱次琦開篇即指出其開館講學的'原因:嗚呼!孔子殘而微言絕，七十子終而大誼乖，豈不然哉?;誼;即是;宜;，意思與;微言;相同，是指闡發孔子思想的;微言大義;。因此，朱次琦講學就是闡發孔子思想，史學作為其;五學;的內容之一當然也是如此。在論述《春秋》、《明史》時，朱次琦也是強調其宣揚了儒家學說的;微言大義;。;《春秋》之作，懼邪說也。孟子其通《春秋》之微，告誡於百世者矣。;;《明史》屬稿，有布衣萬季野焉，史局諸臣鴻博選也，越六十年而書成，故史誼之精，獨越群史。;
擺脫漢唐章句註疏之學，注重義理闡述以成獨斷之學，是宋代儒學越漢唐，以重振先秦儒學的主要做法。其義理闡釋主要就是闡發儒學大義。對於註疏之學，朱次琦主張義理與訓話合一。;佔今名家聲音訓話，去其違而終之經誼焉可也。
二、史學必須經世致用
將史學的價值定位為經世致用，首先體現於《春秋》的;微言大義;集中反映在所見世的哀、定、昭三朝歷史當中。至宋代，張載、程顆，程頤等均主張經世致用。張載提出;以禮治國;，二程認為，;學者不可不通世務。天下事譬如一家，非我為則彼為，非甲為則乙為。;
朱次琦認為致用是讀書的根本點。;讀書以明理，明理以處事，先以自治其身心，隨時而應天下國家之用。;具體到對《六經》的闡述時，朱次琦則多次強調經世致用與通經的重要性。朱次琦認為:;《六經》者，古人己然之跡也。《六經》之學，所以踐跡也。踐跡而入至室，善人之道也。;;經誼，所以治事也。分齋者歧矣。經學，所以名儒也，分門者窒矣。;州甲《六經》是記載古人的言行事蹟，學習《六經》必須探尋古人事蹟背後潛藏的治國安邦的大道理，因此，學者必須博通經典，只有通經，才算是一名合格的儒者。史學作為經學的內容之一，當然必須做到經世致用。與此一致的是，在《復邑學曾廣文書》、《復友人言舉主書》、《三寄草堂諸學子書》等文章中，其弟子簡朝亮不斷強化讀書報國的思想。;所以圖報天子養士之意，即所以報國。;;今日之遇古人之風，永懷報國。;;救民以言，此亦窮而在下位者之責也。;
三、史學必須實事求是
史官文化的直筆傳承並非來自孔子，比較鮮明且大規模地提出史書必須遵循實事求是原則的是司馬光、鄭樵、劉放、吳繽、朱熹、歐陽修等宋代史家。在《新唐書糾謬·序》一文中，吳繽將史書的作用概括為事實、褒貶、文采三結合。以追尋事物的本真出發，宋代出現的一場疑經運動，提出以文獻以外的金石、碑刻等原始史料訂正史傳的失誤，使金石、考異成為宋代史學研究的新方法，也使史學轉向實證與研究歷史，在一定程度上開乾嘉樸學之先河。
譜書源於史官，因此，姚鼎、紀晌等均認為譜學即史學，朱次琦、簡朝亮也有此看法。;譜碟之學，史學也。1869年，朱次琦、朱宗琦兄弟二人用11年編纂完成《南海九江朱氏家譜》。將;直而不汙;的信史與;信而有徵;的實證作為撰寫譜書的主要原則。其中，臨文不諱、實事求是、考證源流、分辨正誤是其具體做法。有必要指出的是，朱次琦精於金石研究，惜其著述己佚。
四、史學的資治意識
從司馬光的《資治通鑑》開始，宋人的;資治;意識可謂蔚然成風。其主要表現有:一是地方誌的編撰;二是出現奏議集、紀事本末體等;三是注重以史學重振儒學;四是借史書的編纂突出倫理綱常在歷史中的關鍵地位;五是以是否遵循從綱常作為評介歷史人物的最高標準;六是注重研究本朝史與撰寫野史筆記。宋人;資治;意識的諸種表現，在朱次琦的學者生涯中多有體現。
1.支援鄉人馮拭宗編纂《九江儒林鄉志》
《九江儒林鄉志》是繼《南海九江鄉志》之後廣東南海九江又一種志書。在《九江儒林鄉志·序》一文中，馮拭宗雲:;鄉中老宿朱子襄徵君，馮愛之封君建議輯之，徵君並手寫採訪條款，己敦聘裡彥次第採訪而募修焉。;萬印戶朱子襄即是朱次琦，《九江儒林鄉志》的採訪條款出自朱次琦筆下。因此，其編纂必然受到朱次琦的史學思想影響，如馮拭宗明確指出，;臨文不諱;是《九江儒林鄉志》列傳八卷的撰寫原則。同時，《九江儒林鄉志》以一卷的篇幅專論江防水利和廣東南海九江水患，明顯反映馮拭宗的實學精神和鄉上意識。
2.對通鑑體、紀事本末體的論述
朱次琦認為，;《資治通鑑》，史學之大用也。雖百世可為王者師矣。畢氏之續未逮也，然續者獨推焉。;;通鑑書戰者詳，兵謀之蓄也。;;紀事本末，其尋之也易，不亦宜備乎?;對於宋代史學出現的新體裁，由於其極強的實用性，並將這種實用性用於軍*戰爭，朱次琦均不遺餘力地給予稱頌。
在先秦儒家中，荀子首先打破孔子所云的;軍旅之事，未之學也;，率先關注軍事史與戰爭史。在《荀子·議兵》中，荀子提出以德兼人、以力兼人與以富兼人的3種策略。宋儒呂祖謙也在田賦、兵制、地形、水利等下功夫。1852年冬天，任山西襄陵縣知府的朱次琦驚聞太平軍破武昌、安慶，據南京，北至揚州，於是撰寫了《晉聯關隴三難五易十可守八可徵之策》一文，成為朱次琦唯一的論兵之文，惜全文己。在朱次琦晚年，偶有與門人論兵，將民心作為戰爭勝利之本，主張西器源於中國。;兵莫患於不堅，上下軍民聯為一體，我之堅也。;;泰西水法，而不必自泰西為之也，我用泰西也，非泰西而不必可為之者，泰西機器也，漏厄也，泰西用我也。;
3.以史學重振儒學
朱次琦認為，經學、儒學之分是由於學術分門而治所致的，其所提出的;五學;治學章也是其產物。在;五學;治學章中，朱次琦首列經學，次列史學。在論述經學與史學的關係時，朱次琦認為，;史之於經，猶醫案也。;;《書》與《春秋》，經之史，史之經也。;;通鑑、編年，《春秋》也，以此見治經治史，不可以或偏也。;朱次琦將史學作為經學的史料，認為《書》與《春秋》經史不分，因此，治經必須治史，反之亦然。朱次琦的;經即史;說，與章學誠;《六經》皆史;說相類，但是，朱次琦旨在以史學重振儒學，與章學誠將經學降格為史學是不同的。由於經史相通，朱次琦主張運用以史證經與以史通經的方法註疏儒家經典。
4.以儒家倫理綱常評價人物
大節與小節相結合，重大節，略其小節，是中國古代評價歷史人物的方法。孔子傾向於將安邦定國者定義為大節，孟子、荀子則呈現貶低事功，趨於道德評判的強烈傾向。孟子、荀子與孔子評判標準的差異性，在宋代直接發展為朱熹、陳亮等人的義理與事功之爭。
四行;修身條是朱次琦育人的信條，內容包括:敦行孝梯、崇尚名節、變化氣質、檢攝威儀，與朱熹主張的道德審判的義理派相一致。由於鄉人掃地北不愛千金而愛其弟，也能使家人相愛，朱次琦認為掃地北是實踐孝梯的典型。在評價《三國志》時，朱次琦稱美作者陳壽不仁二朝的王朝意識。;壽自國亡入晉，當時相重，薦以為官於晉，終身未有之改，乃晉臣也，既為晉臣，不得不尊晉，晉之天下受之於魏，然則魏者晉之祖宗，陳壽所事之君，所北面事之者也。若以魏為偽，偽魏為偽晉也。如何行得?
5.重視研究本朝歷史
《國朝名臣言行錄》、《國朝逸民傳》、《性學源流》、《五史徵實錄》、《晉乘》、《論國朝儒宗》、《紀蒙佔》是朱次琦臨終前夕焚燬的7種著述。其中，;國朝;即是朱次琦生活的清朝。;晉之《乘》，楚之《禱機》，魯之《春秋》，一也。;《紀蒙佔》是朱次琦根據1852年出使蒙佔的見聞所寫的著作。因此，朱次琦的著述具有明顯的時代性。
與朱次琦大異的是，簡朝亮是以註疏經典著述迫近當下時代。對於《尚書》，簡朝亮認為，;《書》以道政事，今從事在《書》，不日是亦為政乎?;對於《禮》，簡朝亮強調:;《禮》時為大，夫時者，非謂其時俗也，謂其時義也。;《孝經》，簡朝亮則將其作為;導善而救亂之書也。;因此，簡朝亮是以迴歸經典關注他所身處的中國近代。
五、倡明掌故學
掌故學是打通編年體、紀傳體與紀事本末體等的一種新的史學體裁。近代私家藏書著述豐富與經世致用興起，經濟有補實用，掌故則有資文獻。據朱傑勤的《龔定意研究》，;近數十年來，士大夫誦史鑑，考掌故，慨論天下事，其風氣定公開之。;近代掌故學始於龔自珍，同時期的俞正燮也極大地促進了掌故學的影響。俞正燮治學範圍相當廣，程恩澤認為，;正窮乃稗，稗窮乃注，注窮乃金石。;
首次將掌故學作為一種學科來教育門人，並取得顯著效果的是朱次琦。掌故學在;五學;治學章中緊隨經學、史學之後，朱次琦認為，;《九通》，掌故之都市也。士不通《九通》，是謂不通。;;掌故之學，至頤也。由今觀之，地利軍謀，斯其矣。;;知掌故而不知經史，青吏之才也;經史之誼，通掌故而服性理焉，如是則辭章之發也。;凡關涉國計民生的政治、經濟、軍事、水利、文物、制度等均屬於掌故學的範圍，朱次琦將掌故學擺在一個等同於經學、史學的高度，體現他經世致用與救國救民的決心。
在《金明館叢稿二編》中，陳寅格這樣評價清代史學。;有清一代經學號稱極盛，而史學則遠不逮宋人。;沒有將經世致用與實事求是較好地相結合，這是陳寅格有此評價清代史學的原因。若於此意，朱次琦的史學思想是上接宋代史學，下連近代史學的。朱次琦的史學思想是其學術思想的一部分，瞭解朱次琦的史學思想，不僅有助於全面理解朱次琦的學術思想，而且能夠更加全面、深入地認識廣東近代史學的面貌。