一、當前在企業運營中全面預算管理存在的問題
1.企業運營中對全面預算管理缺乏認識。在市場經濟成為趨勢的條件下，企業面對越來越激烈的競爭市場，建立起了一種全新的管理模式--全面預算管理。但我國的一些企業對於全面預算管理缺乏認識，還採用的是計劃經濟時期的傳統的生產經營，以生產為導向，而不是以市場為導向。即使有的企業表面上承認應把市場作為管理的出發點，但實際預算編制時只仍以內部生產為重點，有時甚至把生產、銷售人員都排除在預算編制以外，沒有發揮全面預算管理應有的職能，使預算目標脫離實際而無法執行。並且應該糾正預算只是一堆報表數字的錯誤認識，真正用資料來指導企業的發展，發揮其價值。
2.企業運營中全面預算管理的組織機構設定不到位、考核機制不健全。合理的組織機構設定才能保證全面預算能夠順利執行，當前企業中全面預算管理組織機構設定不到位，缺少全面預算管理的最高管理機構一一預算管理委員會。致使董事會在全面預算管理中的各項許可權幾乎無法有效實現，對全面預算管理的控制、監督等權力大部分都落到了總經理和總會計師的手中，削弱全面預算管理對企業集團的整合作用、資源配置作用及控制作用。此外，預算作為評價各責任層次與單位的工作成績和經營成果的重要槓桿，它為考核評價各個部門的工作業績提供了依據。但是當前大多數的企業中還存在考核不力的現象。主要體現在企業考核部門不明確，其考核的內容缺乏具體的考核標準，並且考核的形式沒有統一的規劃，從而會導致執行能力不夠，能保證企業的預算管理體系的全面實施。
3.預算編制方法、程式不合理。預算編制包括以下環節，依據預期將要達成的目標以及過程中的執行計劃，評估實現所需要的資金、各類成本等，並根據上年度的執行情況編制下年度的預算。然而，當前已經證實的有效方法彈性預算、零基預算，並未被企業所重視應運。大部分企業仍然採用傳統的由上及下的垂直預算方法，造成預算過程缺乏民主、會計資料失真等，給企業長期發展帶來危害。
4.預算執行效果不佳。我國大部分企業一年中僅進行一次全面預算分析，這導致預算機構的監督控制作用的影響力有限，僅僅是在預算編制過程中或是預算執行完後對結果進行分析時作用明顯，執行過程中則無力控制。因此這種分析只是一個完全的事後評價的功能，並不能控制執行中的發生狀況與修正。此外，很多企業在本企業進行預算評估時僅靠經驗對專案進行預算評估，造成財務的管理與企業的實際情況不符，對企業的考核及員工的評價方面缺乏一定的科學和有效性，所以說其隨意性很大。並且這種情況在全面預算管理相對完善的大型企業集團都時有發生。
二、改善企業運營全面預算的管理對策
1.建立真正的全面預算管理意識。我國目前雖已建立起具有中國特色的社會主義市場經濟體制，並正在不斷的進行完善，但長期的計劃經濟體制所留下的思想依然存在，所以一定要清除計劃經濟體制的思想殘餘，建立起以市場為導向的思想觀念。經營決策者要把眼光盯住市場，根據市場的變化進行合理的計劃，去防範市場的風險；要充分理解市場與計劃的相互融合才是實行全面預算管理的邏輯起點，通過市場中的計劃導向與計劃中的市場導向相互結合，實施全面預算管理。培養對全面預算管理的正確認識，把一系列的財務資料真正運用與企業經營的每一個環節，而不是隻留於形式，切實為企業發展增強活力。
2.嚴格執行預算，建立現代企業。企業集團實施全面預算管理之所以會出現組織機構設定不到位，預算執行鬆弛的問題，其深層次的原因就是中國的企業集團尚未具備真正有效的法人治理結構，還沒有完全達到“政企分開、產權清晰、權責明確、管理科學”的要求，使得全面預算管理在實施過程中由於缺乏制度的保障無法將許可權進行合理的劃分與制衡。因此完善的企業集團治理結構、建立現代企業制度，才能為實施全面預算管理提供製度保障。此外在企業全面的預算管理過程中應該具備預算、資金、考核、獎勵等四個方面，並對企業在生產、銷售、管理財務以及市場等方面的.綜合評價和考察，便於制定出嚴格的預算執行考核手段。另外，在全面的預算過程中對業績的考核指標以及獎懲措施應該根據企業的實際情況作出調整，不能固守陳舊的考核指標。這樣才有助於全面預算的建立和考核，進而促進企業健康的發展。
3.改進預算技術與方法。不少企業由於管理技術、水平低下，不會採用先進的科學預算編制方法。為此，可以發揮科研院校、諮詢機構的作用，與企業結成互助性質的夥伴，企業向其提供理論實踐基地，院校為其提供最新的預算技術與方法，互相提高其在各自領域中的發展水平，進而提高了企業的預算水平。另外針對不同企業在其發展的不同階段中遇到的特殊預算狀況，要切實從企業自身經營狀況、企業規模、管理情況出發、從預算的實際需要出發，制定出有利於企業發展的科學的預算編制方法，真正提高其全面預算管理水平。
4.完善市場資訊的管理平臺，提高全面的管理效果。在企業中應該制定科學的預算管理流程，資訊化管理網路的建立，能夠在預防預算的管理編制規程中流於簡單化和集中化，這樣便於形成一個網際網路的網路系統，便於企業全面財務管理的實施。全面預算管理能夠保證企業各個部門、單位和員工的主動性得到正常的發揮。從而使得企業各個部門和員工實現各司其職、各得其所、各取所需。完善市場資訊化的管理平臺能夠完善財務資訊的查詢系統，便於達到一定的預算監控的目的。建立資訊互通的制度，能夠加大財務與生產營銷部門密切的結合，同時逐步實現財務核算系統與營銷系統的管理，從而確保財務資訊的真實性、相關性以及有效性。