一、積極推進依法理財，建立科學健全的內部控制體系
財政部門內部控制制度的健全性、科學性決定著財政部門控制的有效性。財政內部控制，是財政部門對內實施管理的一種自律性監督。其特點主要是通過組織規劃，制度設計的健全和優化，建立一種科學的、自動制衡的機制。
(一)根據“科學、制衡、效率”的原則，合理設定機構，規範運作程式。
1.所謂科學原則，就是在設定內部分工，調整內部機構佈局以及程式設計時要依據現代內部控制理論，符合當代財政管理要求。確保機構不重疊，職能不交叉。執行程式暢通優化，能最大限度的體現內部分工佈局和程式設計的科學性。
2.所謂制衡原則，就是在落實崗位職責時要體現“不相容職責分離”原則。各個職能部門都要有特定的崗位職責，且不相容職責科室之間、上下管理層級之間能各負其責，相互制衡。在這方面要重點突出“限制接近、記錄控制、獨立稽核”等內部控制要素。一切職能接近的科室必須合併，所有日常管理工作必須實行記錄控制，系統內的財政監督機構和系統行政監察機構必須對內部監督負責。
3.所謂效率原則，就是財政系統內的每個職能科室都要有相應的考核標準和系統的工作目標。並在此基礎上建立相應考核、問責機制。實行責任追究，真正使每一項的控制偏差能落實到具體責任人身上。以實現內控質量效率的最優化。通過以上工作，化外部監督為管理的內在需求，實現監督與管理的高度融合，相互滲透，建立起一種完善的內部控制機制。系統內部機構的設定問題之所以十分重要，是因為事關基礎、事關全域性。內部機構設定科學與否直接影響財政控制效能。稀水財政局2002以前內部機構的設定存在著嚴重的不合理。機構重疊、職能交叉、內耗不斷，一局之內，兩個監督機構並存(社會收費稽查局、財政監督辦)，股室徵管職能不分(如財政綜合股既是土地收入管理股，又直接負責收入徵收)，嚴重地影響了財政管理效能2003年年初，烯水縣財政局根據上級機構改革精神和本局實際，對原有機構進行了合理配置，整體優化:一是歸併政府採購辦和社控辦;二是將“社會收費稽查局”和“財政監督辦”合二為一，成立財政監督局;三是成立國庫股，實行預算編制與預算執行分開;四是按照徵、管、查分離原則，轉移局內管理股室的徵收職能，成立農稅稽查局。通過以上工作，大大地優化了內部機構配置，加強了財政部門控制，減少了內部磨擦，提高了財政管理效能。
(二)按照公共財政需要，構建現代財政管理制度。一是改革預算分配製度。
通過改革，逐步建立“公開透明、健全、穩固、規範、高效”的預算管理機制。以細化預算為切入點，推行零基預算和綜合預算，積極探索部門預算改革。併成立專門的預算稽核小組，實行預算評審制度。對每年預算草案的出臺都要進行反覆地論證、稽核、質詢、修正，以確保預算的'質量，真正實現預算編制的“細化、前瞻、剛性、透明”目標。二是規範公共收人管理。全面推行會計集中核算和零戶統管制度，取消收入過度戶，按照公共收入的性質類別，依法依規進行管理。其中預算收入直達國庫，預算外資金收人實行“收支兩條線”。此外，還要加強票據管理，嚴格執行處罰與收繳分離，委託銀行代收和票款分離制度。三是加強預算執行監督。制訂預算執行計劃，開發預算執行資訊系統，建立財政收支預警機制，實行國庫集中收付和政府採購制度，從嚴控制追加支出。並在此基礎上建立大額撥款專案檔案庫和跟蹤問效制度。對預算資金使用實行全程監督。
二、完善內部審計制度，實施統一規範的內部監督機制
內部審計制度是內部控制系統的有機組成部分，是對內部控制效果進行持續而獨立的評估。因此，內部審計是圍繞內部控制進行的，其目的在於建立三個機制，即事前預警機制，事中糾偏機制和事後懲戒機制。財政部門內部審計制度的構建也是基於以上目的，並按下列要求切實加以規範。首先，要明確財政監督機構在財政內部審計監督中的主體地位。財政部明確規定，各級財政監督機構是本級財政內部監督的主體，履行內部監督職能。監督內容涵蓋本系統財政財務收支乃至預算編制、執行、調整、決算的全過程，這就需要財政監督機構與相關業務科(股)室之間建立規範流暢的溝通協調機制和工作聯絡制度。尤其是要與系統行政監察機構加強聯絡，共同負責，聯合行動，以形成監督合力，提高監督效能。在制度中規定凡涉及預算收支的重要檔案，專案立項、編制、執行、調整等。財政監督機構都要提前介入，事前控制，參與會籤與複核，實現監督關口前移。確保內審機構享有知情權和執法監督權，為財政監督機構開展內部審計工作創造良好的執法環境。
其次，要明確內部審計工作的目標和任務。財政監督機構要根據本單位的工作實際，部署好內部審計工作，制訂年度內審工作計劃，明確工作目標，強化工作職責。並在此基礎上提出切實可行的措施，工作中既要突出重點，又要兼顧一般;既要注重事前預警，又要注重事後懲戒和事中糾編;既要搞好日常檢查，又要搞好專項監督;既要獨立行使職責，又要顧全大局，服從單位領導的統一安排。再次，要遵守財政系統內部監督準則，建立有效的內審監督機制，規範執法行為。按照財政部出臺的《財政部門內部監督辦法》規定，結合各地的實際，制訂出科學、有效地內部審計制度和其他必要的配套制度，使財政監督機構對內監督時能有法可依。同時，財政內審人員在工作中必須嚴格依法辦事。無論在檢查過程中還是在處理問題時都要遵守法定的程式。公正執法，不拘私情。
堅決克服怕得罪“內部人”的“護短”思想。樹立“內外並重、一視同仁”的監督理念，公正、公平地開展內部監督工作，依法依規處理內部違紀問題。第四，要加強財政監督隊伍的自身建設，提高內部監督質效。採用多渠道多途徑，不斷提高財政監督隊伍的整體素質，加強人員學習，注重業務培訓，強化實務操練，並在此基礎上不斷充實精幹力量，運用科學監督手段，探索新的檢查方法，提高內部審計質效。