審計署明確了以資訊化手段增強審計能力的目標，把審計資訊化建設作為工作重點，各級審計機關應用系統初具規模，審計組織、審計手段和審計管理等發生了重大變革。但審計資訊化建設在實際工作中，還存在一些不容忽視困難和問題，制約了審計資訊化建設和發展程序。
一、充分認識審計資訊化建設的重要性和緊迫性
隨著計算機資訊技術在審計客體的廣泛應用，傳統的審計理念和審計技術手段正受到強烈的衝擊和影響，審計資訊化是審計發展的必然趨勢。審計署已明確提出，審計資訊化是一場革命，能不能在這場革命中掌握主動權，直接關係到今後審計事業的發展，關係到審計工作的前途命運。相比傳統手工審計，審計資訊化有以下優勢：一是有利於提高審計效率，降低審計成本，實現海量資料的快速處理，解決在紙質和手工條件下，審計人員想做而不可能做的事情。二是有利於擴充套件審計視野，擴大審計的內容和範圍，將財務資訊、業務資訊和外部資訊納入了分析範圍。三是有利於前移審計關口，事中審計甚至是事前審計的探索得以逐步開展。四是有利於完善審計思路，運用系統論的觀點指導審計，分析過程更為科學。五是有利於實現審計管理和質量控制數字化，全面提升資訊化環境下的審計管理和決策水平。
另一方面，隨著稅務、海關、財政、勞動保障、國土、公安等單位的資訊系統納入國家資訊化建設範圍，審計客體的資訊化發展程度日新月異，已全面實現資訊化和網路化，基本建立了一個業務覆蓋全面、功能強大、監控有效、聯網執行的資訊管理系統。同時，也加強與其它部門的資訊系統的資訊共享，逐步實現跨部門的網路互聯。可是我們目前在應對關係國計民生重要行業的複雜業務系統，企業ERP系統，資訊系統審計以及聯合國審計任務等方面，仍然存在不少不足。因此，我們如不充分認識審計資訊化建設的重要性和緊迫性，加快審計人員的知識更新和培訓，加快審計資訊化建設步伐，“失去三個資格” (即審計人員不掌握計算機技術將失去審計的資格;審計機關的領導幹部不掌握資訊科技將失去指揮的資格;審計機關的管理人員不運用計算機技術將失去任職的資格)的職業風險隨時出現。
二、審計資訊化建設存在的主要問題
(一)傳統思維方式和組織方式制約著審計資訊化的發展。首先，存在著傳統思維方式看待審計資訊化，沒有真正認識到審計資訊化將帶來人們思維方式、組織方式和管理方式的變革。其次，缺乏推進審計資訊化的思路，仍然存在目標不夠清晰、方向不很明確、概念比較模糊等問題，還未完全建立審計工作要實現“三個轉變”的思路和對關係國計民生的重要部門和行業實現“預算跟蹤+聯網核查”審計模式。其三，審計觀念和組織方式陳舊，還停留在手工審計的思維模式，對資訊科技產生畏難情緒和恐懼心理，未能建立資訊化條件下新的審計業務與技術觀念。審計時未能完全將審計資源優化組合、資訊共享、業務協同、構建資料集中處理平臺。
(二)審計人員綜合素質和業務水平不高制約著審計資訊化發展。目前，審計機關面臨的較大問題是審計業務水平與審計資訊化建設發展的要求不相適應。一方面，由於審計隊伍的老化，部分審計人員雖然有豐富的會計、審計知識和經驗，但計算機知識缺乏，較難提出符合資訊化規律的審計需求，將傳統的審計技術方法轉換為計算機可以操作的語言還需要培訓學習。另一方面，年輕的審計人員雖然掌握一定的計算機知識，但由於非計算機專業畢業，缺乏深層次的計算機系統設計、程式編譯和檢測技能，還不能有效分析系統結構，需依靠專業的技術人員協助，加上審計經驗不足，造成獨立性減弱。
(三)資訊化投入和產出不匹配，績效不明顯。隨著金審工程不斷推進，各級審計機關都在不斷加大對審計資訊建設的投入，尤其是硬體的配置不斷更新，但裝置和資訊利用程度及使用效率卻不高，對審計軟體開發和推廣應用辦法不多，效果不明顯。部分審計人員的計算機應用水平僅停留在辦公自動化和收集資訊、檢索資料等階段，沒有發揮其應用的作用，缺乏審計現場應用和審計資料的篩選、歸納，使得計算機網路原理、分析資料處理等功能沒有充分發揮出來，造成資源浪費。
(四)審計機關資訊化程度與被審計物件不對稱，造成計算機審計的“短缺與過剩”現象並存。一方面，在金融、稅務、社保、海關等資訊化程度較高的領域，由於審計系統資訊化建設與這些部門相比開發較晚，加上這些部門單位資訊化建設步伐和更新改革較快，使審計人員的計算機審計水平難於滿足對這些行業的審計需要;另一方面，在涉及農業、基本建設等領域又由於審計物件資訊化水平較低，不具備開展計算機審計的條件，也影響了審計資訊化建設和發展。
(五)審計資訊化建設還存在不少誤區，不同程度影響著計算機審計作用的發揮。首先，計算機審計審前準備不夠充分，審計重點不夠突出，制定的審計方案操作指導性不強。其次，存在“五重五輕”現象。當前，個別地方存在著重建設輕應用、重開發輕推廣、重資料庫構建輕載入更新、重裝置配置輕人員培訓、重形式輕實效等現象，不同程度影響著計算機審計作用的發揮。此外，計算機審計存在“資訊孤島”現象。由於我國資訊化建設在地區之間，層級之間發展很不平衡，審計資訊共享程度低，在審計機關之間、審計機關內部職能部門之間，審計機關與政府其他部門之間還沒有形成一個有效的資訊共享鏈，尚未對分散的資訊資源，實行統一管理和使用，還沒有為聯網審計提供更加便利的條件和環境，從而造成審計資訊資源的浪費。