自然壟斷行業，通常是指面對一定規模的市場需求，與兩家或更多的企業相比，某單個企業能夠以更低的成本供應市場。那麼自然壟斷行業企業審計的重點應該注重哪些方面呢?
一、自然壟斷行業基本內涵
(一)含義
現實中的自然壟斷行業以公用事業為主，如供水、供電、煤氣供應等，輔之以其他一些特殊產業。這些自然壟斷行業的初始投資往往十分巨大，如果任由市場競爭機制發揮作用，政府不加以適當規制，可能會產生不利於社會福利改進及資源最優配置的結果。
(二)特點
第一，壟斷性。自然壟斷行業一般都是規模經濟較明顯的行業，即規模大、生產成本低。如煤氣公司需輸送煤氣，就必須鋪設管道，而鋪設管道的成本是非常高的，但一旦鋪設完畢，向管道泵注入更多的煤氣則不需要更多的資金注入，以至於邊際成本趨向於零。同時，自然壟斷行業有大量的“沉澱成本”，即資金一旦投入就難以在短時期內收回，也難改為其他用途。如果多個企業之間進行競爭，勢必導致重複建設，造成資源的大量浪費。因此，一般要求由一家企業進行壟斷性經營。
第二，公益性。自然壟斷行業主要是為社會公眾提供公共服務的行業，它所提供的私人邊際效用小於其社會邊際效用。如電力產業所提供的效用，就不僅僅為電力消費者所享有，而且還對整個社會的生活和生產、整個社會的正常運轉具有至關重要的作用。
第三，不可選擇性。由於自然壟斷行業的經營者一般都是唯一的，因此對消費者來說，這些服務具有不可選擇性。要麼接受經營者確定的交易條件，要麼就不與其發生交易關係。
第四，部分業務具有可競爭性。並非自然壟斷行業的所有業務都具有自然壟斷性，有些業務是可競爭的。如電力業包括電力裝置供應、電力生產(發電)、高壓輸電、低壓配電和電力供應等多種業務領域，這些業務中只有高壓輸電和低壓配電屬於自然壟斷業務。而電力裝置供應、電力生產和供應則屬於競爭性業務。
(三)壟斷形態
第一，國家壟斷。是指國家作為一個法人實體實施的壟斷。國家壟斷具有以下特徵：國家壟斷是以國家名義實施的壟斷，是一種國家行為;國家壟斷以保障國家安全、增加國家財政收入或促進社會整體利益為目的;國家壟斷依憑國家強制力保證實施;國家壟斷是一種合法壟斷，不受司法審查。
第二，經濟壟斷。是指自然人、法人或其他經濟組織運用經濟力排斥、限制或妨礙競爭的行為。經濟壟斷的特點是：經濟壟斷是一種私人壟斷，壟斷的主體是自然人、法人或其他經濟組織;經濟壟斷是依憑經濟力來實施的。經濟壟斷的目的是為了獲取壟斷利潤，是一種非法壟斷，除法律規定可以豁免的外，經濟壟斷一般為各國反壟斷法所禁止。
第三，行政壟斷。是政府及其所屬部門濫用行政權力限制競爭的行為，是一種非國家意志的行為。其主要特徵：憑藉政府行政權力形成的壟斷。行政壟斷是一種地方政府行為或國家經濟管理部門的行為，行政壟斷具有強制性，通過具有普遍約束力的行政規章或具體的行政命令來實施，其主體是政府行政機關，包括地方政府行政機關和中央各行政管理部門。
二、自然壟斷行業企業審計重點
(一)政府管制與企業經營情況審查
一是充分了解其管制主體和國有企業的關係。壟斷經營的主體是國有企業，而管制的主體是行業主管部門或地方政府，在這種體制下，行業的投資、價格等重要決定都由政府負責，國有企業不可能成為真正的決策者，而是被動的執行者。二是檢查企業生產經營風險的最終承擔者。企業的很多較大投資專案一般都由國家計劃投資安排，而企業缺乏實質的生產經營權，如果企業發生虧損政府會給予財政補貼，一方面加重了國家財政負擔，另一方面企業沒有經營壓力和風險，也就缺乏發展的動力。三是檢查政企不分的弊端。政企不分使得政府對企業的經營管理進行直接干預，這一方面導致政府職能過多、機構膨脹，另一方面也會阻礙公平、公正的市場競爭環境的`形成。
(二)企業改制方式情況審查
一是檢查是否實行細分類管理。即完全具有自然壟斷性的部分，對企業進入、價格、服務等要嚴格管制，保證其經濟合理性的實現;自然壟斷性弱的部分，適當的放松管制，引入競爭，激發企業活力;不具有自然壟斷性的部分，就應該放開競爭，讓這些業務在市場經濟中得到充分發展。二是檢查放松管制的方式是否可行。放松管制的同時引入激勵性管制方式，包括最高價格上限、特許價格投標、社會契約制度等，刺激被管制者提高效率、降低運營成本。三是檢查是否引入競爭機制與完善產權制度並存。積極改革產權制度，可以採取國營企業與外資或與民營企業合資的方式，擺脫企業和政府的關係，使企業在經營中自負盈虧，真正進行產權制度改革。
(三)國有資本退出情況審查
在部分競爭性領域，國有企業將實現一定程度的退出，發展混合所有制經濟。一是國有企業股權兼併、重組、併購的多元化過程中，是否以市場化為導向來進行決策，是否存在為了實現股權多元化的“政績”，而違背市場規律的情況。二是國有企業股權兼併、重組、併購的多元化過程中，是否嚴格按照相關的法律法規規定公開、公平、公正地進行，是否存在違法違規造成國有資產流失的情況。三是國有企業股權多元化的結果是否能夠促進公司經營管理方面的多元制衡和科學決策，是否仍然存在原來國有資本“一股獨大”造成的經營管理機制僵化的問題。四是股權多元化改革是否按照國有企業個體的不同而有所區別，是否存在由於“一刀切”導致國有企業在關係國計民生的重要行業和領域控制能力弱化的問題。
(四)工資性收入審計查
在自然壟斷行業企業中，普遍存在高收入、高福利、高階層的現象，審計要重點關注以下幾方面：一是賬面工資是否完整，檢查在費用、往來等明細賬中是否有隱性的工資福利性收入。二是工資發放是否合規，與企業利潤是否成正比，是否符合國家工資性法規規定。三是個人所得稅是否足額繳納，全部工資性收入是否納入計稅基數，是否足額納稅。四是審計分析高收入體制性原因，提出審計建議，建立壟斷超額收益上繳制度和工資增長約束機制。
(五)自然資源可持續發展情況審查
一是自然資源管理政策的科學性和合理性，是否貫徹執行，是否符合客觀規律，能否促進自然資源的開發利用和可持續發展。二是自然資源資金的籌集管理的經濟性、效率性和效果性，資金籌集是否合法合規，資金撥付是否到位，資金使用是否專款專用。三是檢查自然資源的開發保護的可持續發展性，開發保護是否符合自然資源利用現狀，有無破壞浪費、有無流失、有無危害安全、是否及時得到補充。