一、貨幣資金流進控制
對於醫院貨幣資金流進的控制，重點是門、急診收費和住院押金收費的控制，這部分金額大，單據多，收費職員多且地點分散。
其一，門、急診收費和住院收費一日清單制。天津醫科大學總醫院的日均門、急診量近4000人次，日門、急診收進和住院收進合計約200萬元。這部分收進不僅是該院貨幣資金流收進的主要來源，而且每筆都關係到患者的親身利益，因此必須做到每筆收進的合規正當、公然透明，逐日為門、急診患者和住院患者列印用度清單，讓患者明明白白。實踐證實，幾年來，該院沒有由於醫療收費的差錯發生較大的醫患糾紛，從而保證了醫患之間的***關係。
其二，門、急診和住院現金收進當日清算、當日上繳銀行。現金的活動性最強，為保證現金收進的安全，對門、急診收進的現金和住院押金應加強治理。該院採用由銀行上門收繳，院方出納職員監盤的方式，做到現金收進當日結算。
二、貨幣資金支出控制
各項開支應嚴格按照預算審批金額執行，有計劃、有目的、公道地使用資金，控制非法和不公道的資金流出。
第一，支付申請。支付申請應符合規定，任何人用款，必須提交正規的書面申請，杜盡口頭、字條等形式。
第二，支付審批。審看原始憑證是否有稅務監製章、財政監製章和出票單位財務專用章或發票專用章；審看數目、金額是否正確、大小寫是否一致、接受單位名稱是否正確；審看是否有經手人簽字、是否寫清用款目的、是否附有相關證實檔案（如會議通知等）；審看批准此次用款的相關及主管部分領導簽字是否齊全、手續是否完備。
天津醫科大學總醫院對於每筆支出都要求經手人填寫相應的報銷單，並且，首先要得到科室負責人的批准，再報送主管處室批示，待主管處室同意後報送分管院長，院長做出批示後報財務處，財務處處長稽核同意後，由制單職員根據醫院報銷制度及稽核程式進行支付審批。
第三，支付複核。支付複核應全面，不可敷衍了事，複核申請的支付範圍、許可權、程式的正確性，手續及相關單證齊備，金額計算正確等。
第四，支付辦理。出納職員應根據稽核無誤的單據辦理支付手續，複核職員還應審查資金支付是否按審批意見和規定的程式辦理。
三、固定資產控制
綜合醫院的大型精密裝置和儀器數目多，價值高，內部會計控制必須到位，要在主管院長的同一領導下，將各職能部分與使用單位組成治理體系，明確職責，制定制度，從論證、決策、實施、使用到清理的全過程進行有效的控制，建立健全三賬一卡制度，防止資產流失、轉移。
第一，編制預算，統籌安排，公道利用。各部分應在上年末提交下年度購置裝置的申請，預算，由裝置部分同一編制預算，組織專家進行論證。最大限度地減少盲目性，降低空置率，全面進步裝置的使用效率，實現院內資源共享。財務部分根據預算和裝置採購合同支付款項，對超出預算的支付申請，不符合合同規定的支付申請果斷不予支付。
第二，固定資產驗收合格後，財務部分根據驗收單據及時辦理財務轉賬手續，增加固定資產。
第三，正確計價和確定固定資產計提折舊的方法。對購進的固定資產，應按照實際支付的買價、包裝費、運輸費、安裝本錢、交納的有關稅金等計價；對自建的固定資產，按照建造過程中實際發生的用度計價；對捐贈的固定資產，按照市場同類固定資產的價格或捐贈方提供的發票賬單加上接受捐贈的固定資產時發生的有關用度計價；對有關部分批准，無償挑唆的固定資產，按調出單位賬面價值和新發生的相關用度計價；融資租進的固定資產，按合同協議價加上運費、保險費等計價；同時按照本單位實際情況採用公道的固定資產計提折舊方法提折舊。