薪酬制度是人力資源管理的一個重要環節，對於外企，制定適合中國經濟、文化背景的、科學合理的有效激勵方式，是吸引並留住人才的有力武器。
目前有相當數量的外企，特別是跨國公司總部在制定薪酬政策時，往往忽視中國與其他地區在薪酬環境上的差異，試圖以總部的薪酬體系原樣不動地搬到在華的分支企業來，因而往往存在著一些偏差。
在華外資企業的薪酬制度大致面臨以下幾方面問題：
組織發展階段制約薪酬制度的完善程度
通常而言，外資企業在華投資的規模存在一個從小到大的發展過程，在企業業務的不同發展階段，員工的數目、層級有著相當的不同。在進入中國市場的初期，往往規模很小，員工數目也很少，重要職位均由外籍員工擔任。
在這一階段，員工的薪酬制度多沿用總部或亞洲地區其他分支機構，尚未根據中國市場形成完善、成熟的薪酬制度體系;而當業務進一步發展時，員工數目開始膨脹，本地員工逐漸增加，由於業務調整的要求，內部組織結構經常處於變遷之中，此時最大的問題，是人力資源管理體系的建設及薪酬制度的完善程度相對滯後。
其實，外資企業進入中國，必須對薪酬體系的本土化建設要有較為長遠的規劃，應充分考慮到中國是一個相對獨立的大市場，要避免因業務的發展而頻繁調整薪酬體系，因為任何的薪酬波動都會無可避免地對員工心理和組織架構的穩定性帶來衝擊。
薪酬制度缺少連續性由於跨國公司機構龐大，其內部存在著複雜的組織層級關係，因此，為維繫其有效營運，必然存在諸多授權關係，這種“委託-代理鏈”廣泛地存在於跨國公司的財務、業務、行政關係中。具體到外企的日常營運，突出體現於績效考評與薪酬間的扭曲。即對於公司的管理層而言，其接受上級的授權，以實現特定的績效目標為目的進行工作，並獲取被許諾的薪酬。
這些績效目標在任職的一段時期(如一個財務年度)是確定的，並以若干的資料指標被描述(如銷售額目標、同比增長指標等等)，同時，完成或超額完成這些資料指標的收入是可預期的。這種做法被普遍採用，並被傳統的管理理論認同。
然而問題是這些資料指標作為一種抽象的描述形式，並不能涵蓋所有的績效目標。這使得員工，特別是中高階經理人員以追求特定的指標來取代對績效的追求，通過一定的商業方式來迎合、滿足報表上的要求。為此，甚至不惜損害公司長遠的利益，薪酬的激勵作用因此被扭曲。
加之市場環境處於不斷變化之中，而在一段時期內的“數字化”績效目標又是確定的，這一問題就變得更加複雜。由此，如何制定切合中國市場環境的完善的績效目標，並使得薪酬制度能夠真正有效促使這樣的績效目標實現，就成為外企薪酬本土化程序中不可或缺的一環。
境外公司的整合對國內外企的影響
受國際資本市場購併風潮的影響，倘海外母公司進行重組，作為其在華的分支機構，無論是獨資還是合資企業都無可避免地要進行整合。
研發、產品線、營銷渠道等企業的各個環節都要歷經深刻的變革再造過程，其中一個重要的環節是人力資源管理體系的整合，而其中的薪酬制度的調整又是最為困難的。
由併購引發的薪酬制度再造的具體操作主要會涉及三個方面的內容：工資及獎金制度的調整、福利安排的調整和期權期股等激勵制度的調整，由於受政府資本管制等方面的制約，基於境外上市公司股權為特徵的可變激勵機制，如期權期股等，尚無法在在華分支公司的中國籍員工中實現，因而薪酬制度的再造僅涉及前兩方面內容。
對於併購的兩家企業而言，其文化背景、價值理念上必然會有所不同，在薪酬整合過程中，兩家企業不同薪酬體系在對內的公平性或對外的競爭性上肯定有相互衝突的一面，也就是說彼此間薪酬文化背景存在不可相容性。
如果分屬產業鏈中的不同位置，那麼在內部公平性上的整合難度會比較大，因為兩家企業內的人員、機構、職能往往迥然不同，難以進行比較;而如果過去兩家企業是相互競爭的關係，那麼兩家企業薪酬體系中對外部競爭性的取向則會有很大差異甚至是完全對立的。
謀求兼併後不同來源員工的平等待遇，更多地是通過增加工資而非降低工資來達到。另外，在併購過程中為留住核心人才，往往會通過簽訂新的獎金方案或保留協議(也被稱為“金手銬”，即企業承諾，如果該員工在企業的工作達到約定的期限將給予其特殊獎勵)。綜合這些因素，必須對整合薪酬體系所引致的費用增加有個正確的估計。
福利制度上的合併就更加複雜。為了顧及計劃的連續性與成本的經濟性(某些保險專案終止或調整後再重新啟動新的方案的代價經常是高昂的)，在合併後相當長的時期(甚至是員工終生)都沿用合併前各自企業不同的福利計劃，僅對其中的差異進行補充補償。